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当时，大兵压城，兵部尚书向首辅请示方略，首辅点拨他说：“若是在边境上，打败了还可以找理由，在天子脚下失利，谁负其责？这是一帮饿贼，吃饱了自然远走高飞。”这位帝国最高军事长官居然就此办理，任敌人在城外烧杀抢掠。后来，如徐阶所说，援兵陆续开到，敌寇也抢掠得差不多了，于是，真的远走高飞了。
然而，城中的皇亲贵戚和大宦官们不干了。原因是，他们的大部分产业都在城外，此次损失最为惨重的倒成了这帮家伙。千夫所指之下，这位兵部尚书锒铛入狱。据说，被抓走前，严嵩就告诉了这位尚书一句话：“有我在，必有你在。”
于是，尚书一口咬定，不派兵出战的决策端出自自己，与别人没有关系。就此，皇帝下令将其处死。据说，直到刽子手的大刀已经提在手里了，这位尚书还在等着严嵩来救他。最后，大刀举起来时，他嘶声喊叫道：“嵩贼误我！嵩贼误我！”从而，为他的家属和在场者留下了这段记载。
有两件事情，差一点让皇帝恨上徐阶，并险些被派个苦差将其逐出京城。一次是请求早立太子，一次是为已故皇后安葬。本来这都是礼部分内的事情，且徐阶的报告也都符合帝国规定。谁知，不合皇帝心意，“帝大怒”。吓得徐阶赶快撤回了自己的提案，并立即重新上了一个完全顺从皇帝的折子，才算把事情缓解下来。据说，当时，严嵩听说了徐阶上的折子后，很高兴，马上和儿子严世蕃商量，看看如何给他再上点眼药，突然听说徐阶已经悄悄撤回原议，方才悻悻作罢。
有一天，严嵩和皇帝聊天，聊到了徐阶，严嵩先是把徐阶夸奖一通，然后，轻描淡写地说了一句：“徐阶这个人缺的不是才华，是多了一点儿二心。”有一种说法，说是皇帝颔首，对此深以为然。
徐阶危矣。
有史家评论徐阶之为人时，说他“外示人以名节，内济之以权术”，和他的隔辈老师王阳明几乎一模一样。清末民初的章太炎，把徐阶和王阳明相提并论并不是没有道理的。
面对险涛恶浪，徐阶处理得相当艰辛。
一方面，他倾全力精益求精地治青词，以期挽回帝心。
另一方面，徐阶平日之为人开始发挥作用。徐阶平时礼贤下士，姿态极低。按惯例，吏部作为帝国最高干部人事机关，是个极度敏感、人人警觉性特高的衙门。因此，至少在表面上，吏部官员对于前来办事的其他众官——不论是京官还是地方官员，一般都是公事公办，三言两语打发走人了事。而徐阶当吏部侍郎时，对所有来人，均“折节下之”，就是毫无架子，而且必定促膝攀谈，不管边疆内地，吏治社情，民间疾苦，全都深入请教。结果，搞得大家每个人都暗自欢喜，以为徐长官特别看重自己。《明史》说，大家皆“愿为用”，就是都愿意替徐阶办事。
此刻，这种情形开始发挥作用。皇帝在他身边来来往往的人们那儿，时常可以听到一些徐阶的好话。
而最重要也最难办的，则是严嵩。
可能是因为徐阶当政之后做了不少好事，人们为贤者讳的缘故，所以，史书中谈到徐阶巴结严嵩的情节时，大都隐讳简约，吞吞吐吐，欲说还休。其实，这大可不必，所谓清者自清。有一些污点，反倒恰好可以反证出清者之艰难。
事实上，在相当长一段时间里，徐阶在严嵩面前，可能远远不止是像历史学家们告诉我们的那样，只是谦恭和委曲求全而已。实际情况可能还要不堪一些。比如，他可能将自己的孙女许配给了严嵩的儿子做妾；比如，以躲避倭寇的名义，入南昌的户籍，以便和严嵩攀上乡亲之谊。
我们知道，除了杀老乡夏言之外，严嵩极为看重乡里之谊，曾经多方提携和援助过江西老乡，并且，可能花费不算小地在家乡大量架桥修路，举办慈善事业。从严氏父子一生行状及其被抄家后的记载看，他花的肯定不会是自己的钱。不过，人们并不在意钱从何来。据说，直到今天，有些他当年修架的路、桥还在使用之中。至今，许多江西分宜人并不承认严嵩是奸臣的结论。
以是之故，徐阶与另外一位同时的内阁大学士，被当时的人们称为“严嵩的两个小妾”，应该不是无根谣言。这也是后人相当同情徐阶的原因。如丁元荐在《西山日记》中，就将徐阶比喻为含垢忍耻、卧薪尝胆的勾践。不管怎样，徐阶当时饱受屈辱应该是真实的。
即便如此，严嵩并没有放弃挤兑徐阶。
比如，有一个胆子极大的大将军，曾经在倒霉时求严嵩帮过自己，从此，认严嵩为义父。此人最突出的一项事迹是：一次，蒙古族骑兵前来袭扰，他不敢出战，派人花重金请敌人改一个地方攻打，不要到自己防区来。于是，敌人真的换了一个方向。他却就此向皇帝报告，说自己取得大胜，云云。从而，极受皇帝喜爱，被连连加官晋爵。后来，升了大官的此人有些得意忘形，不愿意再和严嵩保持义父子关系，连续得罪了严嵩和陆炳。结果，在陆炳的安排下，案发。
这个家伙曾经和徐阶一起工作过，严嵩便求见皇帝，想将