嘉靖皇帝清醒过来后，不久就知道了端妃与宁嫔死得极其冤枉，心里显然不可能愉快。若干年后，有一次皇帝寝宫失火，嘉靖皇帝先被救出来，方皇后尚在寝中。太监们还要冲进去救方皇后，当时，嘉靖皇帝阴沉沉地看着大火，说了一句：“赶快去叫人救火。”结果，方皇后连烧带吓，几天后就死在寝宫里了。
人们普遍认为，方皇后之死，实际上是早在那时埋下的祸根。
从此，嘉靖皇帝移居西苑，就是今天的太液池周围一带。一直到临死的那一天，才被移回大内。
十来天后，十一月初二日，皇帝以宫婢之变，诏告天下。
诏书的大意是：在卧室的床上，两个御用逆妇勾结宫女大肆谋逆，如果不是天地神灵、祖宗考妣的保佑，不是上天神人默许我皇朝国家福泽万万年、连绵不绝的话，我不可能化险为夷云云。
一篇煌煌诏书，等于什么都没说。人心惶惶、飞短流长不但没有止息，反而弄得天下人更是一头雾水，什么难听的说法都出来了。
当时，民间流传最多的一个版本是：
本朝开国皇帝、太祖朱元璋的第十六女宝庆公主，下嫁给了驸马都尉赵辉。这对夫妻的感情可能很不错。赵辉一直做了六十九年的驸马，直到成化年间才逝去，死时已近百岁。据说其长寿的原因，在于这位驸马爷善于采阴补阳。
他是怎么做的呢？说来很恶心，也很简单，就是一年四季，不论寒暑，坚持不间断地饮用女子经血。
据当时的官方记载，嘉靖皇帝从二十岁左右开始，不停地向民间征索八到十二岁的处女，前后累计近千人，就是要采她们的初潮经血以入补阳之药。宫女不堪凌辱，方才铤而走险。云云。
比较接近事实真相的，也许是当时朝鲜国王派驻北京使节的报告。
据这位使节报告，当今皇帝虽然很宠宫人，可是，一旦宫人犯错误，哪怕是微小的过失，他都不能容忍，动不动就鞭打杖责，因此而被打致死的人，大约早已经超过了两百多人。有很大的可能，是这样积累起来的怨毒，导致了这起骇人听闻的事件。
这位朝鲜使节还向自己的国王作了另外一个报告，其中内容，和我们所听到的传言就十分接近了：皇帝痴迷于道术，炼丹服食，性寝躁急，喜怒无常。宫人等不胜怨惧，同谋构乱。等等。
无论如何，让我们想象一下，一群十来岁到二十岁的女孩子——足有十六个，聚在一起，冒着灭九族的风险，讨论怎样杀死皇帝，并且讨论了很多天之后，真的付诸行动。想起来真正不可思议。（以上事见《万历野获编》卷18，“宫婢肆逆”）
要知道，在我们帝国，皇帝事实上就是人间的神，是至高无上的。帝国臣民对他的崇拜是无条件的，比今天少男少女们的追星可要深切得太多了。按照当时人们的记载，比如《万历野获编》中就记载过，那时的人们，见到皇帝时，会紧张得浑身战抖，汗如雨下，最严重的时候，会被吓得大小便失禁，口失声，耳失聪，大脑完全失去思维的能力，而且会长达几天之久。
早在太祖时代，一位读书人就曾经在拜见朱元璋时，被吓得昏死过去。这位江西诗人邓伯言，以文名被推荐给朱元璋。朱元璋命他当场赋诗来看，他于心情激荡之中写好后，忐忑不安地呈献给皇帝。皇帝读完，很欣赏其中的几句，不禁拍案而诵。伯言以为皇帝动怒，大惊之下，当场昏厥过去，直到被抬出东华门，方才苏醒过来。
这绝不是耸人听闻。有一位常年在皇帝身边工作的人，职位还不算低，就是这样被吓死的。此人就是许绅。
许绅是工部尚书兼掌太医院，相当于今天的中央工程建设部部长兼中央医院院长。当时，嘉靖皇帝被勒，晕死过去之后，被方皇后紧急召来的御医们面面相觑，谁都不敢上前。许绅万般无奈，开方下药，救活了皇帝。
几天后，他自己却病倒了，他对慰问者说：“唉，我知道不行了。这病是被吓的，没药可治。当时，我不去救或者救不好，都得被杀头，太紧张了。唉，我的病不是药石能治得了的。”没多久，许绅果真去世了。
由此，我们实在无法想象，究竟是什么，才能促使这些女孩子如此行事。
到此时为止，嘉靖皇帝是否具备令臣民信服的品格，也大成疑问。
从这时起，直到死去，在长达二十三年的时间里，嘉靖皇帝基本上不再上朝，不见群臣，长期躲进深宫修斋醮，建雷坛，从事道教修炼。同时，通过太监与几位轮流值班的内阁大学士联系，通过奏疏批答和偶尔接见内阁大学士处理国家事务。这使嘉靖一朝几位类似今天气功大师的道士，拥有了极为显赫的权势、名声与地位。据说，其显赫的程度，甚至连内阁首辅都要请求他们的理解与支持。
与此相映成趣的，则是嘉靖朝极为有名的一连串“青词宰相”。
青词，也叫绿章。就是把对上天神灵的敬爱和自己的愿望，用红笔写在青藤纸上，于神灵面前焚香祷告后，将其焚化。据说，这样就可以到达上天神灵的