舒常骑马赶到广州时，孙士毅已调动抚标二个营、肇庆协和广州协各一个步兵营、虎门协和顺德协各一个水师营，加上原有的二千余名澳门驻军共计六千官兵，将澳门葡人区围个水泄不通。澳门葡人总计不到四千人，葡兵四百多。孙士毅是个文官，对决胜没有把握。此时，潘振承派信差转呈荷兰及法国商人要求出口湖丝的禀帖。孙士毅亲自接见荷商法商，说他已批准他们要求购买湖丝的禀求，问他们对即将发生的澳门战事的看法，荷法商人一致认为，炮战枪战打不过葡人，如果是肉搏，中国的兵多，胜负就很难说。
孙士毅焦急万分地恳请舒制军调动督标、军标、提标增援。舒常认为夷务不可绕开理夷官员，上十三行会见潘振承。潘振承介绍情况道：“除英吉利，其他外商在澳门留守人员全部撤离澳门。一旦开火，炮弹没长眼睛，只要伤到一个英吉利人，英吉利人都有理由帮助葡萄牙人。”
舒常总督两省军事，对英吉利战舰的威力多有耳闻。“英夷为何不走？”舒常不解道。
潘振承也很疑惑。这个谜只有中国的鸦片贩知道。英国东印度公司与澳葡达成秘密协议，英国的鸦片船只可悬挂葡萄牙国旗驶入澳门，交少许税金便可同中国的走私贩交易。
“舒制宪，为拿一个钦犯发动一场战争，想必不是皇上所愿看到的。更严峻的是，倘若英吉利卷入，孰胜孰负，老夫就不好妄断。老夫恭请制宪大人三思。”
舒常责令孙士毅撤军。孙士毅人没抓到，灰溜溜撤军，弄得好没面子。于是他下了一道抚谕给澳葡当局，“谅尔等葡夷惊悚丧胆，夜不成寐，遂萌悔过之意，伏乞恭顺。天朝向来以德驭民，故撤回天朝雄师，以示天朝恩威。”孙士毅仍没忘记敦促葡夷交出天朝钦犯蔡伯多禄，“速交出邪教徒蔡伯多禄伏法，以证尔等确已向化，痛改前非，实为良夷”。
澳葡总督法利亚也跟孙巡抚开了个玩笑，写了一封没盖公印的私信给孙士毅：“尊敬的孙士毅巡抚，本督不得不向您通报，受中国当局迫害的虔诚天主教徒蔡伯多禄，已于公元一七八四年十月三十日深夜乘坐里斯本号商船离开澳门，前往大葡帝国在印度的属地果阿。估计里斯本号已过马六甲海峡，恭请您向大葡帝国驻果阿总督席尔瓦下达天朝巡抚令，勒令他交出天朝钦犯蔡伯多禄，送往天朝伏法。”
孙士毅来到潘园，递名剌“拜见”潘启官，向启官表示歉意。启官叫仆役退下，亲手斟茶侍奉孙抚台，启官宽宏大量，令孙士毅放下心来，把澳葡总督法利亚给他的私信给启官看。
启官看后心中暗笑，不动声色把信退回给孙抚台。
“启官，本抚过去也收到澳葡总督的禀帖，还翻阅过前任存档的禀帖，口气无一不卑恭卑敬。”
“孙巡抚那么相信禀帖？以往的禀帖，其实就是平等交往的公函，经中国通事翻译润饰过，才一律成了恭恭敬敬的禀帖。”
“蔡伯多禄外逃，要不要禀报朝廷？不禀，皇上还要敕令下官继续缉拿钦犯；禀嘛——”孙士毅打了个寒噤，没往下说。
“老夫直言不讳，倘若实禀，恐怕皇上会责备你办事无能，摘你的顶子；更重要的是，钦犯逃到海外，有损皇上的天颜。”
“启官，你说下官禀还是不禀？”
潘振承思忖良久，说：“不能不禀，但不能实禀，做臣子的保全皇上的天颜最要紧。就说案发后抚臣遵上谕锁拿钦犯，蔡伯多禄知其罪孽深重，惶惶不可终日，本想投案自首，被身份不明夷人劫持至澳门，又劫持上国籍不明之夷船。据传，南海突发风暴，沉船无数，此艘夷船自此消失，老天有眼，代我天朝惩罚邪教奸徒蔡伯多禄。”
“启官，这是没有的事啊？你在教下官欺君。”
“为了皇上的面子，该瞒的事情还得瞒。孙抚台一定听说过前任巡抚李湖护贡进京，送去十八箱西夷贡土。哪是什么贡土？然而，不撒谎，那么多番族土司在场，皇上和朝廷都丢不起这个脸。”
“倘若澳葡总督把内幕抖出来呢？”
“不管何国的夷人，他们再猖狂，内心还是惧怕大清的。天朝皇帝钦命广东巡抚上澳门拿人，澳葡当局抗旨不遵，他们怎么会公开声明已经把天朝钦犯蔡伯多禄转移到果阿去？”
孙士毅觉得潘振承言之有理，照此意思生花妙笔写了一份奏折。果然，皇上再也没提及追捕邪教刁民蔡伯多禄。
总督舒常本来就没插手哆罗教案，如何了断广东教案的查办，他要孙士毅自己擦屁股。孙士毅只得亲自出马押罪夷哆罗和奸民李刚义等进京，准备挨皇上的训斥。
这期间，英吉利商船赫符斯号炮手开炮炸死两个中国船民。总督舒常和粤海关监督穆腾额轻罚英船赔死者四十元番银的安葬费，乾隆帝大为不满，下令孙士毅处理此事。孙士毅在江西新淦县收到上谕，火速赶回广州。他吸取哆罗教案的教训，征求潘振承意见，不到三天，就取得圆满结果，逼迫英方交出肇事炮手，处以绞刑。
转眼就是乾隆五十年二月，皇上召回总督舒常，着他出