崇祯十三年（1624年）四月，罗汝才等复陷夔州，秦良玉率部征剿。其先锋谭稳已袭击马家寨，斩敌首七百三十级。都司秦篆设伏留马桠，斩其魁首东山虎，生擒敌三十三名。裨将秦永祚，在水口袭击，歼击敌五百余人。秦翼明同别将张全追敌至谭家坪，斩首一千一百一十八级。秦良玉又亲率马祥麟部，在仙寺岭夺获罗汝才大旗。是役总计斩敌首八千余级，缴获甲仗马骡无数。敌方丧胆，乃不敢再西犯。但罗汝才败后与张献忠合股，于是年七月再占川中。其势锐不可挡。朝廷这时派杨嗣昌来川督师。杨嗣昌将守川精锐兵力撤往湖南，放弃了川中许多关隘。四川巡抚邵捷春只带弱卒一万驻守重庆。秦良玉率部增援。两军在重庆附近驻扎，互为犄角。此时有绵州牧陆逊之被罢官到谕。邵捷春让他到石柱军中巡视。陆逊之看罢石柱兵营后，击节赞叹道：“不图今日见细柳营娘子军，名不虚传也。”秦良玉摆下酒席，款待陆逊之时说：“邵公不知兵，吾一妇人受国恩，谊应死，独恨与邵公同死耳。”陆逊之道：“何出此言？”秦良玉道：“邵公移我自遁去，所驻重庆仅三四十里，而遣张全守黄泥洼，殊失地利，贼据归、巫万山之巅，俯瞰吾营，铁骑建瓴下，张令必破，今破及我，我败尚能救重庆急乎？且督师以蜀为壑，无智愚知之。邵公不以时争山夺险，令贼不敢即我，而坐以设防，此败道也。”
陆逊闻此论，不禁肃然起敬道：“夫人深知兵法，邵公不如也。他闻警畏敌，不敢主动出击，势必变被动也。可惜吾一罢官州牧，亦难说服他。那杨嗣昌名为督师，又把精锐撤往楚地，致使川中关隘失守。杨督师与邵巡抚相互不合，蜀中形势危在旦夕也。”
不数月，张献忠果然占得地利，连破官军于观音崖、三黄岭，大军从上马渡过河。秦良玉偕张全急忙拦阻，无奈寡不敌众，一场激战，所部三万余人战败溃散。秦良玉飞马来到巡抚邵捷春处告急道：“邵公，今事急矣，贼已逼近重庆，请尽发吾溪峒卒，可得二万，我自禀其饩之，官犹足办贼。”邵捷春摇头道：“大势已去，只有坚守勿出。”竟谢其计不用。张献忠部遂攻陷了剑州、内江、泸州等地。其后不久，邵捷春被朝廷逮问处死罪。杨嗣昌在襄阳失守后亦饮药自杀。
崇祯16年（1644年），张献忠部尽陷楚地，复谋攻占蜀地。秦良玉图全蜀形势，上书给巡抚陈士奇，请其派兵守十三隘口，陈士奇未能用其计。秦良玉又上书巡按刘之勃，刘觉其计虽好，但无兵可派遣，致使张献忠大军长驱直抵夔门。秦良玉率部驰援，终因寡不敌众而败溃。不久蜀地尽陷。秦良玉这时召集其部将，慷慨语众曰：“吾兄弟皆死王事，吾以一孱妇蒙国恩三十余年，今不幸至此，岂敢以余年事逆贼哉。”说罢，乃决定分兵守四境要隘，对手下将领曰：“有从贼者，族无赦。”其部将都听其约束，各把守关隘，形成了石柱的一统割据局面。张献忠虽占全川，又铸金印，遍招土司，却无一处响应，敢侵犯石柱，川中来石柱避乱者摩踵相接。又过不久，李自成率军攻陷北京，明崇祯帝在景山自缢，消息传来，秦良玉乃知明朝气数已绝，虽悲恸一时，却已无可奈何。其子马祥麟接着又患病逝去，秦良玉自此更加抑郁不已。至戍子年，秦良玉病卧不起，临死时，她将孙子马万年、马万春等招至榻前吩咐曰：“我死贼来，若曹不能拒，城东万寿山上平下险，我近积火药粮草于其上，汝率兵民往避之犹可活，此地生灵也。至董戒士卒务在法律严明，守御慎密，贵在和协众志。”言毕，溘然而逝。其寿七十有五。孙子马万年、马万春等将其葬在城东十五里地之回龙山，其墓碑上镌明忠贞侯太子太保，官爵在都督总兵之上。
秦良玉死后，马万年当了石柱土司，在十年时间里，仍安居独统一方。后来世局再乱，马万年遵其祖母秦夫人的嘱咐，率万余人避居万寿山。不久，朱容藩占据石柱，围攻万寿山月余未克，时涪州李占春提兵来援，乃将朱容藩追至郧阳诛灭。清顺治十六年，石柱土司向清朝廷投诚。继而遭吴三桂之变。石柱附近流寇土豪四起，马万年率部仍屯守万寿山，并多次击溃进犯来敌，直到清兵入川占领全境，石柱地方仍被朝廷封为宣慰使司，马万年始得回署修理残局。石柱马氏入清朝后又承袭了数代土司，到乾隆二十六年才改设流官。在马氏土司前后十七代的历史中，秦良玉可算是最为出色的一代土司掌门人。她的传奇经历，经权威的二十五史之《明史》记载后，已经熠熠生辉并将永远流传不朽。