（1352年），覃垕联络夏克武、八鼓皮、田大、茅头等九溪十八峒上万人举行反元起义，首先攻占了茅岗的吴氏都元帅府。吴都主仓皇逃往了桃源蓼江坡。元朝廷很快派了指挥官任文大等前来围剿镇压。任文大将元兵分成两路。一路由茅头关、黑枞关进抵温阳关，一路由桑植进抵神挡坪。覃垕先在七年寨附近路口设伏，将进犯元军杀退。继而在神挡坪埋伏设卡。其时，有数百元军乘夜来到卡口偷袭，覃垕守兵因连日作战疲劳过度，一个个打了瞌睡。正在危急时刻，忽有一只飞鸟突然撞击挂在树上的铜锣。众守兵惊醒了，立刻掀动擂石，元军猝不及防，结果被打得人仰马翻，纷纷向后溃退。覃垕乘机率部追下山去，元军阵脚大乱，最后争过一座木桥逃命时又将桥压断，人马大半摔死在深涧中，覃垕部获得大胜，时人传为神助，故其地名后被称做神挡坪。
第二年，元军在南方各地被农民起义军打败，覃垕就杀出茅岗，很快攻占了慈利州。红巾军首领陈友谅这时便给覃垕、夏克武授予了慈利军民安抚使正副职。
至正二十三年（1363年），陈友谅兵败鄱阳湖。朱元璋夺得天下，不久命杨璟为湖广平章。杨璟率部进驻澧属三江口。覃垕在大军压境下，乃赴三江口与杨璟讲和，同时派儿覃仁等表示愿归附朝廷。明朝廷仍授覃垕为慈利军民宣抚使职，秩正三品。但朝廷对覃垕当宣抚使掌兵很不放心，不久又改任他为湖广理问，这个职务只是一个掌管行省刑事诉讼的官职，没有多大实权，覃垕亦不满意。他依然留守在慈利，并在澧二水交汇的永安渡修筑了一城，作为宣抚使的治所。
明洪武三年（1370年），明朝廷为剿灭四川明玉珍的起义军，派了数万大军从湘西北过境。其年正逢慈利一带天干大旱，粮食绝收，官民流离失所，明军又要地方供应军需，覃垕被迫无奈，只得联合九溪十八峒的土司于四月揭竿而起，宣告反抗明军起义。明太祖朱元璋闻讯大惊，乃命湖广平章杨璟率兵急讨。朱元璋在谕中还批示：“此役宜多方取之，碍其山寨，绝其樵采，乘机剿捕，胁从开释，收复镇抚，以络远人。”又批示：“今师入其境击之，但使远去，不令出扰州县可也，不必虏其巢穴，更宜约束麾下，慎勿逐利轻进。”杨璟领命，率四万大军前往进剿。覃垕率部与明军对抗，双方先后经历了4次激战。
第一次激战在慈利永安渡。覃垕据城防守。杨璟挥兵将此城包围，双方激战数日，覃垕弃城退走。
第二次激战在今武陵源景区的百丈峡。覃垕利用峡谷险据守数日，其大将田大在此力战而死。覃垕率部退至官坪观音山。
第三次激战在桥头乡肖家峪二卡子隘口，一场短兵相接，双方伤亡都很惨重。覃垕接着退至茅岗。
第四次在茅岗溪峒，覃垕据险固守，杨璟久攻不下。此时明军粮饷不继，杨璟在永顺羊峰山扎了大本营，双方对峙多时。覃垕派人诈降，乘机将杨璟部将黄永谦扣留。接着，覃垕又派兵偷袭明军粮草供应队伍，将其军粮夺走。杨璟吃了亏，又捉拿不到覃垕，只得向朝廷请求增兵。朱元璋下谕申斥杨璟道：“尔违吾言而妄动，不能平贼，既已答矣，又中其诡计，陷尔之部将，尔之智谋何在？今命参议戴德以兵从尔，凡诸山寨，限以日月平之……若再违朕命，以潞州失利之罪治尔。”（见《明史》卷《杨璟传》）杨璟奉令再向茅岗进攻，却始终没找到覃垕踪影，最后劳师无功，只得不了了之。
杨璟征战失利后，覃垕于洪武五年（1372年）春，再集九溪十八峒举行反攻，一举攻占了慈利、石门各县；长沙各地积积响应。明朝廷引起震动。朱元璋下令卫国公邓愈和江夏侯周德兴统兵十万进剿。面临朝廷大军压境，覃垕后又退往茅岗地区进行固守。邓愈和周德兴分北南两路向茅岗进攻。北路由观音寨、二卡子、野鸡山、神挡坪包抄袭七年寨，南路进军龙伏关、大庸所、茅寨子、茅头关、黑枞关、温阳关包围七年寨。覃垕在各个关卡设防阻敌，由于寡不敌众，这些关卡先后都被明军冲破了。覃垕最后退至七年寨，凭着天险进行顽强抵抗。明军久攻七年寨不下，周德兴采用分化瓦解办法，给覃垕的叔父和女婿封官许愿，让这二人效力围剿覃垕。覃垕的女婿朱思济被封了“毅用元帅”。朱思济在一天夜里来到七年寨，对覃垕劝道：“好汉不吃眼前亏。今七年寨被围已久，孤军在此固守，实难持久。我的家乡慈利九都有个观音寨，千军万马打不开。何不留一部分人守此，你亲去九都观音寨，以为犄角，再作良图。”覃垕思索了一下，觉得女婿的话有道理，乃点头道：“就依此计，我们去观音寨吧！”说毕，留下一部分人守七年寨，就亲自带着贴身护卫何英、姚祖，当夜用葛藤掉下岩壁，直向慈利九都观音寨方向走去。那何英和姚祖暗中也被朱思济买通，一行人来到金岩寨边的灭亲垭，路旁草丛中忽然冲出一队人马，一个个大叫道：“不许动，快快受缚！”
覃垕一惊，他急忙叫道：“我的护卫何在？”
何英和姚祖同时应声而道：“主公莫怪，我们已降明军，你也投降吧！”说毕，两人就动手将覃垕用绳子五