三十一军攻取厦门。
1949年10月1日，毛泽东和一大批开国元勋在天安门城楼上，宣布中华人民共和国成立。召开国庆大典之际，叶飞正在签发十兵团给三野司令部的电报，电文如下：
一、汤匪总部、五军军部率二零零师驻小金门、二十二兵团率四十、四十五、二零一师共三个师驻金门，汤前指及五十五军军部率二十九、七十四、一八一师与五军之一六六师及战车营驻厦门，该敌连日来在原有永久性筑城（前已呈报）基础上，积极修加副防御工事和地堡群。
二、由于泉漳地区工作基础不强，再加上语言不通，船工逃跑及躲避现象非常严重，现我正以最大力量加强对船工的领导和教育，并已开始训练水手。
三、据以上情况，我们以十天时间进行训练水手、动员教育船工及加紧对岛屿要塞战的战术和技术准备，预定本（10）月13日或15日对金厦发起攻击，具体时间和部署另电呈报。
根据以上情况，若10月中旬以一部兵力西出汕头，时间来不及，故于月底执行攻击汕头的任务。
10月11日，十兵团给三野的电报：
我二十八军二五一团、二十九军二五九团于10月9日6时发起对大嶝岛的攻击，20时顺利登陆突破，于10日晨迫敌退守双沪、阳塘。10日晚我继续攻击，22时全部结束战斗。我军歼敌二十五军四十师一一八团、一一九团大部，俘敌副团长以下1800人，毙伤700余人。
10月11日，野司给十兵团的电报（野司同意十兵团7日电对金厦作战部署）：
7日电同意，你们来电部署依战役战术要求，最好在来电同时攻歼金、厦两地之敌。但请你们考虑，根据金、厦两地敌我双方实力、敌之内部情况（刘汝明、王修身之关系如何）及我方准备程度（尤其是船只），如以五个师攻厦门（有把握），同时以两个师攻金门，是否完全有把握。如考虑条件比较成熟，则可同时发起攻击，否则是否以一部兵力（主要加强炮火封锁敌船以阻援与截逃）牵制金门之敌——此案比较稳当，但有使金门之敌逃跑之可能。究竟如何，请你们依实情办理，自行决定之。总之，以充分准备，有把握地发起战斗为宜。
叶飞接到野司复电，再三斟酌，分析野司电报精神。他认为，野司虽在电文的最后，要他们“依实情办理，自行决定”，但在前面，还是倾向于先取厦门。叶飞举棋不定，遂召集兵团领导干部们再次研究。
会议开始后，大家一致认为，厦门、金门战役与以往的各种大小战役所不同的是，这是一场渡海战役，必须要有足够的船只，这样才可运兵运粮——有兵无船等于无兵。他们初步统计，至10月上旬，二十九军只有运载三个团的船只，三十一军也只有运载三个团的船只，而二十八军只有运载一个团的船只。金门岛上敌人有八个团，若二十八军只上去一个团，此战怎么打？
研究结果决定，还是采取先厦后金的方针。
声东击西取厦门
大的方针确定后，叶飞仍不满足于已有的船只，继续号召部队掀起筹船和练兵热潮。为了筹集到足够的船只，各部花了很大精力，投入了大批人力。各军成立了由军参谋长负责的船管会，从各师团抽调熟悉水性的干部负责此项工作。他们紧紧依靠地方党委，依靠地方群众，经过艰苦细致的工作，二十九军、三十一军都征集到了大量的船只。叶飞常常到各部队检查筹船情况，要求各部队对船只倍加爱护。为了防止遭敌机的袭击，他要求部队在夜间演习结束后，立即将船只伪装好。海边风大，他要求大家将船拉到沙滩上，以防损坏。
在训练场上，叶飞要求训练符合实战要求，不搞花架子，仗怎么打，兵就怎么练，注重实效。他还提出，指挥员和基层干部及战士分开练。指挥员主要进行沙盘作业，重点练指挥、练战术；基层干部和战士主要练上船、划船航行、启渡编队、航渡中观察联络和保持队形、抵滩下船、徒涉海滩、破除障碍、攀登陡岸等课目。
国民党军侦察机对我军一切准备工作进行了细致地侦察，他们从飞机上看到闽江上大小舟帆齐集，尤其金门对面的同安、集美等地，行舟操练，灯火通明，大小船只不计其数，陆上则军运频繁。
这一信息被及时报到了蒋介石那里。蒋介石急得食不甘味，夜不能寝，忧心忡忡。特务头子毛森火上浇油，将汤恩伯贪生怕死，把指挥部搬到军舰上的事密报给蒋介石。蒋介石被气得雷霆大发。一阵狂风暴雨后，他冷静下来，不甘心坐以待毙，决定坐轮船到厦门，亲自督战。
蒋介石的厦门之行，行动诡秘，汤恩伯事前一无所知。只有毛森所带的几百人，站在码头边列队等候着蒋介石父子。当汤恩伯接到耳目的报告时，蒋介石父子已离开了码头。汤恩伯风风火火地赶去拜见蒋介石时，蒋介石拉下面孔，厉声问道：“听说你的指挥部已移到了军舰上，这可是真的？但我不希望这是真的。”
汤恩伯闻听此言，立即明白——有人告了黑状。他眼珠一转，对策就有了。