之棺争夺战中风耀失手杀死自己的妹妹风影后性情大变。
雪皇还告诉火麟飞等人，要想冲出玄冥黑洞就要用冥王的异能量冲击黑洞的奇点，苗条俊等人蓦地想要天羽帮忙，但天羽怕出去后伙伴跟冥王决一死战，不愿帮忙，认为留下来会更好。雪皇告诉天羽和解问题，天羽经再三思考，最终答应。
天羽发出绝招，试着攻破奇点，不料被卷入其中，就是因为自身异能量与冥王有百分之零点零三的不同，造成现局。
冥王感悟到女儿天羽有生命危险，为救女儿，打开玄冥黑洞，雪皇等人顺利逃出玄冥黑洞，天羽又再一次见到了冥王。
见面后冥王和雪皇和解失败，双方各使出必杀技（圣辉星云·玄冥星云）看到此情形火麟飞等人为阻止俩人的同归于尽，进行超兽四合体，用夜凌云变成的云蝠盾去冲击雪皇和冥王的星云体。
说时迟，那时快，黑洞和白洞瞬间被化做为一个点，除了冥王等人，除风耀外天羽等超兽战队的人被卷进巨大能量产生的虫洞（时光隧道）。
回到十万年前的世界。火麟飞去了第七平行宇宙，龙戬去了第五平行宇宙。泰雷去了第三平行宇宙，夜凌云去了第四平行宇宙。而苗条俊用异能锁复活了玄武号，在云蝠军团亡灵的帮助下也踏上寻找他们的旅途。
龙戬则在10万年前的第五平行宇宙遇到冥王，此时他是狼族首领，因不相信真实世界中的残酷与无情，后被冥王送回第二平行宇宙，亲眼见证十万年前的龙族内战，救走了龙莹，异能锁变异，给了龙莹。
龙戬信念崩溃，失去信心，认为自己的使命已终结！泰雷信念崩溃的原因是他回到十万年前，亲眼目睹金象族人性丑恶的一面，元正长老把自己的异能锁给了鲸鲨王，并承诺自己以后不再使用武力。
泰雷认为这一切都是徒劳的，扔掉了异能锁并失去信心！夜凌云和十万年前的自己大战，最终说服十万年前的自己放弃争夺云蝠军团领袖的位置。
鬼谷为了制造玄冥之棺，在Baboo家族集体吸收天地精华时抢走能量使得Baboo家族只剩3只，Baboo为了救苗条俊被鬼谷打死，鬼谷重伤苗条俊。10万年前的Baboo救了苗条俊后被苗条俊带走。
火麟飞在风耀失手杀死自己的风影之前救了风影，风耀受鬼谷迷惑对火麟飞风影大开杀戒，苗条俊带二人逃跑。
之后在10万年圣战前超兽战士们都失去了异能锁，（夜凌云的是在十万年前给了夜枭子，火麟飞的是被狮王借走了和风耀决战，风影的是冥王被封印后自动消失，苗条俊的是为了让玄武号逃脱雪皇追杀放在了玄武号上），超兽战士们亲身经历了十万年前的那场圣战（其实是冥王自愿被封印）。
鬼谷率领士兵冲入冥界，被冥王之前所设的玄冥黑洞所封印。火麟飞等人因成为冥界战士所以没事。
他们已分不清孰是孰非，分不清正义与邪恶。这是一场信念的对决！他们的敌人就是自己！苗条俊用玄易子的话使超兽战士明白自己的使命，没有异能锁的他们提升自己十倍的异能量，进入武装，他们最后通过时空转移回到第5平行宇宙。
鬼谷露出本来面目——鬼王，此时无人能敌。狮王为了救冥王被杀害。这时超兽6人组驾到，风耀天羽重新加入，在最终决战中超兽战队成功异能量聚变为超兽神七合体，在最后的决战之时，超兽战队成功在七大平行宇宙分离的最后一瞬间消灭了鬼王，导致他们回到了属于自己的宇宙，十万年后他们都在第一平行宇宙重逢。
里面的主要角色都有自己鲜明的特征，以及很骚气的台词。
1)如果我是弱者，那么请消灭我;否则，我必让你灭亡!《超兽武装》
2)失败并不可怕，放弃才是可耻的!--龙戬《超兽武装》
3)天堂还是地狱，我没有选择的权力，只有我被选择的命运。《超兽武装》
4)这世上有两种人，一种人生命的目的，并不是为了存在，而是为了燃烧，而另一种人却永远只有看着别人燃烧，让别人的光芒来照耀自己，究竟那种人才是聪明人……《超兽武装》
5)有没有机会我不知道，我只知道如果不全力以赴肯定没有机会。--泰雷《超兽武装》
6)貌似没有威胁的，往往是致命的。《超兽武装》
7)在我面前，敌人不是逃之夭夭，就是一败涂地!--火麟飞《超兽武装》
8)爱与恨最大的不同，就是爱使人憧憬未来，而恨只能让人想起那些痛苦的往事。《超兽武装》
9)这个世界的背叛与猜疑，并没有你所想象的那么多!--火麟飞《超兽武装》
10)一个狂妄的人是可怜的，一个不懂得爱的人是渺小的。--火麟飞《超兽武装》
1)没有打不到的敌人，也没有，闯不过的难关。--龙戬《超兽武装》
2)武力，改变不了一切，而爱，也同样改变不了一切。--泰雷《超兽武装》
3)你们是想一辈