，我们可以更精确地定义细胞的亚型，追踪它们的发育谱系，确定克隆型和表现型之间的关系，绘制不同细胞之间的相互作用和空间关系图，从而从多个维度描述TME。此外，还需要通过一系列体内和体外实验来验证结果。我们总结了使用scRNA-seq研究的最新出版物
B细胞受体(Bcellreceptor，BCR)是一种能识别并结合特异性抗原的膜免疫球蛋白，在B细胞的分化成熟过程中起着重要作用。BCR由两条重链和两条轻链组成，其中可变(V)、多样性(D)和连接(J)基因序列的重组创造了B细胞的多样性。这种多基因的复杂性使得鉴别不同的受体变得困难。然而，由于每个B细胞通常表达一个单一的受体，潜在的抗原特异性受体可以通过给定的原细胞链发现。BCR的两个主要功能如下。首先，它通过诱导B细胞激活过程中肌动蛋白骨架的实质改变和各种基因的表达来激活B细胞。其次，它介导抗原的鉴定和提取，从而导致加工过的肽在主要组织相容性复合体II(MHCII)上呈现给T辅助细胞。因此，BCR测序有助于进一步了解B细胞分化的轨迹及其特异性识别抗原性的机制，特别是当与单个B细胞的完整转录组身份配对时，这为了解癌症的发展提供了线索。更重要的是，BCR测序可以追踪来自单细胞的群体，揭示克隆型和表型之间的关系。ScRNA-seq技术在BCR测序中具有天然优势，因为含有UMI的微流控系统可以保证同源VH-VL配对的保存，而这些同源VH-VL配对在B细胞批量测序中可能会丢失。BASIC是一个在单细胞分辨率上进行BCR测序的平台。作为重建配对全长BCR序列的工具，BraCeR为B细胞的克隆推断和谱系追踪提供了一个完整的管道。LIBRA-seq是一种高通量的方法，将BCRse-序列与其同源抗原特异性连接起来，可以用来绘制特定对象中数千个B细胞的抗原特异性。
研究免疫球蛋白以探讨体液免疫的复杂性
免疫球蛋白存在于肿瘤和血清中，在肿瘤中起双重作用。抗体通过其片段可结晶(Fc)支配功能，并受翻译后修饰调控。通常，免疫球蛋白是由骨髓和脾脏的浆细胞(PCs)分泌的。组织炎症区域和肿瘤内部的pc，特别是在三级淋巴结构(TLS)中，分泌肿瘤相关抗体并直接在肿瘤上诱导原位效应。在抗肿瘤功能方面，IgG是最重要的一类人免疫球蛋白，因为它能够结合巨噬细胞和自然杀伤细胞上的Fcγ受体，并促进、ADCP和CDC的作用。此外，IgG对抗原处理和呈递至关重要，因为抗原呈递细胞(APCs)上的Fcγ受体可以与IgG包被的免疫复合物结合，激活T细胞。抗体和抗体分泌细胞(APCs)的单细胞测序有助于进一步明确B细胞体液免疫的复杂网络。已经报道了一种单细胞液滴微流控测序方案，用于特异性结合靶细胞的抗体，这也适用于初级人类是一种液滴微流体系统，用于高通量单细胞筛选分泌IgG的原代细胞，一方面，通过基于荧光的液滴内单细胞生物测定检测IgG活性，另一方面，用反转录对配对的V基因进行测序。
外周血未成熟B细胞通过高内皮静脉进入B淋巴滤泡。在B细胞滤泡中，na?veB细胞(CD27)通过固有apc(包括DCs和滤泡树突状细胞(FDCs))接触抗原，之后激活BCR信号诱导抗原提取、内化和加工，将肽呈现在MHCII上。然后，B细胞迁移到与T细胞相邻的滤泡区边缘，将抗原呈递给滤泡辅助T(Tfh)细胞。因此，Tfh细胞刺激BCR，诱导na?veB细胞分化，主要包括记忆B细胞(MBCs)、短命B细胞(short-livedPCs)和生发中心(germinalcenter，GC)B细胞。这些不依赖GC的MBCs表达RGS13，可能增加GC抗性。此外，它们缺乏B细胞进入和离开GCs的CCR7和GPR183。为了分化为GCB细胞，它们首先进入GC的暗区(darkzone，DZ)，在那里它们的膜表面免疫球蛋白通过体细胞高突变(，SHM)发生变化，称为亲和成熟。接下来，它们在亮区(LZ)经历一个竞争过程，在那里许多B细胞聚集，它们的命运取决于它们与Tfh细胞的相互作用，可能有能力捕获和呈现抗原，并发生类转换重组(CSR)。这个过程也依赖于Tfh细胞分化的结果，导致B细胞的结果。低亲和性B细胞成为长寿命MBCs，高亲和性B细胞成为PCs，其他细胞凋亡或重新进入****Z进行SHM和克隆扩增。最近的研究表明，cMyc+LZB细胞亚群包括亲和力较高的PC前体或未来的DZ进入者，以及一些亲和力较低的MBC前体。值得注意的是，BCR在这个过程中起主要作用，B细胞分化的体液免疫过程中两个重要的检查点是na?veB细胞和GCB细胞上的抗原提呈，这可能会提高体液免疫应答。此外，在单细胞水平上的完整转录组字符化将特别有助于确定na?veB细胞向PC分化过程中的转录轨迹和异质性。
B细胞分布不均一