之后，更加隐蔽的导师制取代了之前的制度，成为钦天监的组织制度。单线联系的方式不但隐蔽，也比先前更加直接与有效率。钦天监教众以倒置的树形结构分散开来，秘密地执行各自的使命。
在周武帝时的损失使得钦天监教众更加谨慎，不愿再将赌注押在一个人身上，而是希望遵从教义，分别支持各种势力。
同时由于大量钦天监教众被清宗剿灭，人手极度匮乏，钦天监不得不在内部重整结构的同时放松对外围成员的遴选。基于以上种种原因，以及根据新制定的六条原则，某位不知名的钦天监教宗想出了名为“种子”的制度。 所谓“种子”制度，实际是钦天监基于导师制的一套渗透计划。
钦天监的导师们在完成对年轻弟子的基础教育后，便将他们安插在将来的重要人物身边，接近他们并试图用各种方法操控他们。钦天监摒弃了周武帝时毕其功于一役的简单急躁做法，所有的“种子”最初需要做的只是接近这些重要人物并试图攫取更多权力，与一般有着上进欲望的世家子弟并无二致，直到导师觉得合适的时机已经到来并对“种子”做出进一步指示。
就像启动了某种指令，潜伏的“种子”开始“发芽”，从小受到钦天监影响的弟子们将在“发芽”过程中用行为实践他们的信仰，为此甚至不惜付出巨大的代价。钦天监相信，每一次“发芽”都使得整个九州大地离平衡更近了一步。“发芽”是“种子”走上钦天监之路至关重要的一步，只有经过“发芽”的“种子”才被钦天监承认与相信，并继续进行教义与秘术的培养。有些“种子”因为需要而埋藏得很深又或者是因为能力、信仰不够而被导师抛弃，终其一生都没有一次“发芽”的机会。而“种子”与“种子”之间，往往也互相并不知道对方的存在；
钦天监相信，不知情条件下的自然反应与种子之间可能发生的冲突，会更利于平衡的实现。
“种子”制度为在周武帝时期大大削弱的钦天监提供了喘息与生长的机会，相较于核心的长老而言，年轻弟子即时失败，也是轻得多的损失；而相对隐蔽的行动方式，也使钦天监自身更加安全更容易达到目的。
通过“种子”制度，钦天监就像躲在幕后用星辰傀儡线控制玩偶的秘术士，暗暗地操纵着九州的局势朝着自己期望的方向前进。 控制了皇帝行为的，主要还不是皇室大臣们，而是庞大的内监体系。
皇帝的“私臣”被称为“内监”，这些人原则上说只服务于皇帝个人，贴身照顾皇帝和后妃们的生活起居。因此他们也无一例外的是阉人。但是内监同时负责了监督皇帝的个人生活，他们有责任及时把皇帝在私生活中好和不好的事及时转告给皇室大臣和皇族宗老会，并且及时予以规劝。
规范皇帝生活的准则被称为《帝伦释典》，这部包含无数律条、繁复得令史家都犯难的准则，仅仅为了一个人而设立，就是皇帝。真正能够掌握这部准则的，只有内监集团的领袖们。这部准则被称为是始皇帝周胤亲自起草，其后经过历代皇帝添加，并且经过白氏宗老会批准的，对皇帝友善的限制和约束。
但是毫无疑问周胤那种人是很难写出这样庞大严密的著作的，他自己都吊儿郎当的，连周朝最重要的《大律》都看不明白。而历代皇帝也没有必要给自己增加更多的约束。这部准则应该说是内监集团、大臣集团和宗老会合作的产物，用于约束皇帝的行为。
当然周清像周胤一样没有遵从《帝伦释典》，因为他完全没有被作为可能的继承人来培养，所以他在当皇子的时候完全没有研究过这部皇帝的必修课。而他日后听到内监们提出《帝伦释典》对他进行规劝的时候，也总以他不曾读过、完全不知道那是什么予以回绝。
内监集团的领袖的头衔分别是掌香、掌剑、掌册和掌印，原意是皇帝身后捧着香炉、宝剑、典籍和国玺的四人。不过后来演化为掌香内监真正负责皇帝的生活起居，掌剑内监负责带领金吾卫维护皇宫的安全、掌册内监事实上是史官，负责记录皇帝的生活起居细节，掌印内监则有责任协助皇帝处理公文，但是绝不允许私自对朝政发布建议。不过对于掌印内监的限制事实上很难实现，因为他们的意见都是通过皇帝的笔来书写，只要皇帝允许他们发言，则无人可以阻止。
皇帝和内监之间的关系也非常的微妙，皇帝讨厌内监，却也依赖他们。因为内监的存在，只能以皇帝为依托，皇帝也依靠内监们的力量和皇室大臣们巧妙的博弈着。
周朝的皇城被称为太清宫，由两部分组成：南半部的“廷”与北半部的“宫”。它们被高大的围墙与护城河包围，气势宏伟，格局谨严，堪称宫殿建筑群的典范。
皇城城墙高三丈六尺，阔二丈四尺至三丈不等。砖石结构，外包青砖，更以红粉刷面，庄严肃穆。其位置在天元正中，后因移南墙而略偏南方。东南西北各开一门，分别与太阳、谷玄、填盍、印池四门相对。由金吾卫和掌剑内监所部共同守卫。
所有朝廷机构均在廷内，计有枢密阁、三公府、九卿府等，治防司与各部、御史台在廷中分