长确信想攻就能攻下，然而还不打算一举攻下。他想的是尽可能不折损一兵一卒。另外还考虑到如果开起火来，以石山的佛法为中心，方八町的门前町、浪华方圆十几里内的商铺、港口、桥梁都要化为灰烬，太可惜了。
他的兵马表面上声称用鹰猎鸟，在大阪近郊示威巡游的同时，停留在洛中的佐久间右卫门和宫内卿法印等外交家奉命全力游说关白近卫前久，怂恿他劝本愿寺一方撤离大阪。他们的理由是：“这是为本愿寺着想，不，应该说是为了保住佛灯不灭，拯救数十万僧众。”
近卫前久与信长十分亲近，但是与本愿寺新门迹的教如和其父显如上人更是亲密。正因为关系密切，他才主动请命担此重任，表示粉身碎骨在所不辞。他请来敕命，首先晓谕本愿寺一方可保其平安无事。然而本愿寺在这十一年间，凭着所有门徒的鲜血与信仰，与信长对抗至今，虽说现在失去了依靠，也很难决定马上撤离大阪。
新门迹的教如是强硬派的领头人物。其父显如说：“再这样下去……”，刚要表达撤离之意，他马上号令说：“我们寸步不离石山的佛殿，哪怕是父亲率其他门徒离开。”然后他加筑防御工事，号召大家同心协力，又发布檄文，声称要与信长决一死战，士气空前激昂。
然而让他们撤离大阪的通知已经不是近卫前久的调停，而是朝廷的圣旨，是敕命。当时的记录如下：
众说纷纭之时，皇恩浩荡，遣使者前来调停。关于要求他们退出大阪城一事，敕使说，本愿寺的僧侣、夫人、重臣们，关于是否撤离一事，不必害怕信长，尽可畅所欲言。
经过几番众议，最终只能得出如下结论：第一，敕命不可违背；第二，即便与信长对抗也不可能战胜他；第三，看大多数门徒的现状可知，他们已经领悟到了错误，继续牺牲无辜性命并非信佛之人应走的道路；第四，保存佛灯。另外还可以举出数条理应撤离的理由。而强硬派的玉碎主义说到底是将武门与佛门的立场混为一谈了。
最终他们在五月宣布撤离大阪。其后虽然也有过纠纷，七月下旬到八月初，顽抗到最后的强硬派教如一党也都撤离了大阪。最后一天可以说是浪华津有史以来最值得一看的日子。
织田家的家臣矢部善七郎负责接收佛法。本愿寺设在大阪市内外的附城、栅门、城寨等共五十一处防御被挨个拆除。石山的佛殿如今已毫无防御，直到矢部善七郎率领众多士兵进驻那天，教如和显如上人以及六七名随从还迟迟不肯离去。善七郎质问道：“你们是打算切腹吗？”
“不，不！”上人率随从无可奈何地从包围中走出，悄然离去。
从海外舶来的宝物和佛具中的七珍八宝悉数被遗留在庙宇之中。“如果信长来检视的时候说我们仓皇出逃就是耻辱了。”因此本愿寺一方离开之前将所有什物宝器展列出来，一一记录在册，拂去灰尘、擦拭干净。正如人们常说好来不如好去，他们走之前把这里收拾得干干净净。停留到最后关头的教如在离去之前往袈裟的袖子里塞了一个茶叶罐儿。据说当天他们就逃到了泉州佐野川河畔。
当时的太田牛一对于大阪建市以来的繁荣和显如、教如等人的自杀深感惋惜，在手记中记述如下：
自大阪城创建之初，已度过四十九个春秋，恍若昨日之梦，观世间之相、时世之相，生死去来、有为转变之作法如电光朝露，唯一声称念之利剑。以此功德，如至无为涅槃之部。话虽如此，今思及故乡离散，上下垂泪。然而退离城池之后，信长公将会前来检视，知晓其意，退去之前命众人打扫干净建筑的各个角落，外面陈设弓箭铁炮等武器，记录其数量，里面摆放资财用具，将其重新装饰一番，交给奉旨前来的众人。
八月二日未时，从杂贺之浦、淡路岛招来数百艘船只迎接，让附城的人先登船，分左右两路行进，沿着陆路海路四散而去。时刻终于到来，松明火把加上吹来的西风，众多庙宇被焚烧殆尽，大火燃烧三个昼夜，最终化为一团黑云。
是人为的，还是自然的？如此一来，石山本愿寺极为合法地被腾出来，其后一把火烧毁了山上的庙宇殿堂、还有多年修筑的防御工事。熊熊大火烧了三天三夜，在大阪上空划过一道历史的光焰，一切化为灰烬。
火是执行一切裁决与清扫时的守护神。残留的白灰则会促进土壤中萌发新的文化萌芽，完成它施肥的使命。此时谁又能想到不久后会有一位经世治国之才在这片废墟上建造府邸呢？更何况是出现一个比安土城大数倍的大阪城。人们更加无法预料的是，那位君临大阪城的人便是如今镇守中国地区一隅的筑前守秀吉。即使当时有位伟大的预言家明确预言此事，也不会有人当真吧。