果松永等人又继续待在织田家的旗下。看起来，煽动这次叛乱的，可能就是足利义昭。一直到五年后，松永才真正起而叛变，并因此丧命。
松永久秀等人引起的这场骚动告一段落后，七月信长又率五万大军进攻小谷城。这次信长在虎御前山筑起山寨，并命明智光秀、中川重政、丹羽长秀等人在湖西筑城，打算展开真正的长期作战。
战事持续了五十天，直到朝仓自越前率两万大军来援，信长才退回横山城。在此期间，木下藤吉郎另外率领了一批人马攻打阿闭贞征镇守的山本城，但也只不过取下五十多个首级，成为信长的长子信忠初次披挂上阵的彩头。
战线依然呈现胶着状态，没有太大的进展。虽然织田家已经一步一步地将小谷城纳入掌控，攻下只是时间问题，但来自各方的反击也日益增强，情势益发艰苦。而且此时又有一个极大的威胁开始迫近，那就是甲斐的武田信玄正率领精兵朝京城迈进。
北方的敌人朝仓、浅井依然安在，西方则有本愿寺和三好三人众。盘据根据地尾张侧腹的长岛门徒宗势力未见衰退，领国内各地皆有门徒宗的反抗据点，而松永久秀等人的动向也不甚稳定。在这些内忧外患煎熬下，没想到以骁勇善战着称的武田骑马队竟然也攻来了。
“信长的命脉，恐怕就像风前烛火吧。”
不少人都抱持着这样的看法。整个场景中，几乎可以听见成功地织网将信长团团围住的足利义昭放声大笑的声音。在这个仓皇困顿、难关重重的时期，待在木下藤吉郎秀吉身边的小一郎秀长到底在做甚么，事实上完全没有纪录可考。
从元龟元年到元龟二年，藤吉郎经常不在横山城，但也未见任何记载显示负责留守的是小一郎，反倒是竹中重虎或蜂须贺正胜等大将的名字出现在留守的纪录上。
很可能小一郎是和哥哥一起行动，而且和哥哥一同历经了许多危险的场面。然而，不管是当时或事发之后，这个克尽幕僚之职的弟弟，从来也未曾说过只字片语来夸耀自己的功劳。
只有一个非常明显的事实，暗示了他这个时期可能的动态，那就是日后藤吉郎取得浅井家过去的领地时，许多曾依附浅井家的近江武士都成了小一郎的家来。由此推测，他一定曾默默努力怀柔北近江的人，以创造有利的作战环境。
<hr />
注释：