和29个企业网站，其网站数目之多、性质之杂、烧钱之多都让人惊叹。
在这一时期，三九的发展战略已经从之前的“八大产业并举”，变成了“以生命健康产业为主营，网络信息和金融租赁两大产业为支柱”。赵新先的表述是：“主营好像是飞机一样，支柱则像飞机的两个发动机，它们推动主营发展。”
这样的描述看上去无比鲜亮，它既坚持了三九的中药路线，同时又嫁接了当今商业圈最炙手可热的两大产业——互联网和金融。三九的战略始终看上去非常美好，但是在执行中却缺乏整合和深耕，第二次的扩张，仍然没有让三九实现决定性的飞跃。
一个事实是，三九集团自1990年之后便再也没有开发出一个成功的中药产品。后来的10多年里，它一直靠三九胃泰以及皮炎平等“老臣”支撑着天下。2000年，深圳召开全国性的高科技商品交易会，三九集团一口气推出了一大批带有高新科技含量的医药医疗设备，如精制中药电子调配中心、三九智能煎药机、网上中医诊疗系统、近红外线乳腺癌诊断仪、数字化心脏介入C臂系统等。另外，还有一批网络信息产品亮相，如“VIOP”电话系统、三维数码立体图像制作系统、东方新干线网络信息系统等。这些新产品让三九成为高交会上最耀眼的明星，人们对它的科研开发能力大为惊叹。然而，让人遗憾的是这些高新产品最终都没有形成规模生产，自然也没有为三九带来相应的经济效益。
2001年8月27日，三九在猝不及防的情况下遭到中国证监会的警告。这天晚上，赵新先在中央电视台的新闻联播节目中意外地听到了自己的名字。新闻称，中国证监会公开通报批评三九医药，指称其在募集资本的使用上与招股说明书不符，大股东及关联方占用上市公司资金超过25亿元，占公司净资产的96％，严重地侵占了广大中小投资者的利益，直接威胁到上市公司的资产安全。通报还公开点名批评三九医药的董事长赵新先，称其“有重大失职行为，情节特别恶劣，应当予以谴责”。这是中国证券史上，中国证监会第一次用公开通报的方式，对一家上市公司董事长进行点名谴责批评。
这则新闻对一向形象良好的三九而言，损害之大可以想见。在过去的1年里，庄家吕梁事件、银广夏事件以及基金黑幕等证券市场的负面新闻已经让人们对上市公司失去了信心，中国证监会的公开谴责一发表，三九顿时成为又一个“股市巨骗”。
赵新先对这次事件毫无预知。在他的意识中，三九集团和三九医药本就是他的左口袋和右口袋，资金挪用应属正常之事。想当年他创办三九，便是把建职工用房的钱擅自挪用去买设备了，因此还被传为佳话。有一次，他去北京大学做演讲，还曾用嘲讽的口吻讲过一段他与外国投资商的“斗争”逸事：“当初外方收购我们的股权时，按照当时我们的财务管理，外方的钱进来，是进到财务结算中心的，这个财务中心的钱放在这里，大家可以花。我拿这些钱，搞了房地产，搞了旅游，外方不满意了。按他们的企业管理规则，公司的钱母公司不能占用，宁可存在银行里也不能动。外方的几个代表就到上级管理机关告我们的状，说你们的赵总花了我们的钱。上级领导也是业务干部，就说，你们看看《中外合资法》，上面写的是，为了利用外资搞中外合资企业，为什么赵新先给你们打工？不就是为了钱吗？”据记者记录，赵新先的这番话，“引来了巨大的掌声”。
没有想到此一时彼一时，反差如此之大。不过尽管内心不满，他还是表现出了企业家的风度和理性。3天后，他出现在中央电视台记者的镜头前，第一句话是“接受批评”，第二句话是“道歉”。不过他始终认为，自己“其实没有错”。他对记者说，我们这些项目没有造成国有资产的流失，而是为将来国有资产的增值做了保障。