总后勤部出资1亿元从广州第一军医大学手中买下南方药厂，第二年，药厂更名为三九集团。解放军总后勤部对三九集团的管理实行的是最为宽松的法人代表个人负责制。其做法是，解放军总后勤部给赵新先充分放权，在组建企业集团的文件中明文规定只管赵新先一人，他对企业全部资产的增值和安全全权负责。在三九集团内，赵新先是总经理兼党委书记，下面不设副总经理，集团总部只设党务部、财务部和人事部3个机构，甚至连总裁办公室都没有，赵新先之下设5个秘书，分别处理相关具体事务。赵新先将这种管理设置，得意地称之为“一人机制”。
三九的管理模式，在当时国内的所有国有企业中绝无仅有，甚至是不可想象的。它突破了僵化的国有体制对企业的束缚，带来的结果是真正的政企分开，从而解决了国有企业10多年来始终难解的老大难问题。这是所有国有企业家们梦寐以求的制度设计。许多年来，他们受困于体制，如“笼中之狮”。而赵新先正是凭此硬是让自己合理合法地挣脱在绳索之外，使企业的成长始终牢牢地控制在自己的手中。在相当长的时间里，三九集团一方面享受着国有企业的种种制度优势，另一方面又靠“三九机制”而保持自由成长的空间。
关于“一人机制”最戏剧性的一幕出现在1992年9月。时任国务院副总理的朱镕基到三九集团视察，看后十分满意，临走时朱镕基提出要跟药厂的领导合影留念。他对赵新先说：“老赵，把你的那些副厂长叫来一起照。”赵新先说：“副总理，我这儿没有副厂长，领导就我一个人，我是厂长、书记、总工程师一身兼。”
这个细节被记者写进了报道中，赵新先的“一人机制”顿时在国内传为美谈。1993年，中央电视台编辑播出了一套介绍国有企业改革经验的电视专题片，第一篇是“海尔经验”，第二篇就是“三九机制”。1994年8月，《人民日报》在头版头条的重要位置，连续发表了关于三九速度、三九机制和三九精神的长篇通讯，这种带有强烈政治意味的报道全面肯定了赵新先的改革成绩。
客观地说，一直到赵新先退休的那一刻前，他一直牢牢地掌控着这家国有企业。在其后的10多年里，三九的故事如过山车般跌宕刺激，而其得失成败也可谓“成也一人，败也一人”。
至少在20世纪90年代中期之前，三九因产品之卓越、机制之先进而无敌天下。“三九胃泰”实在是一个太优秀和能赚钱的产品，在后来的20年里，它几乎没有太多的更新换代，每年就可以给三九带来10亿元的销售额和上亿元的利润，在胃药市场上，没有出现过一个比它更成功的产品。“一个过于优秀的产品，常常给了企业家更多犯错误的机会。”这是所有商业规律中最让人欷歔的一条。
1995年5月1日，在美国纽约曼哈顿最繁华、也是最具有商业标志意义的时代广场，竖起了第一块中国公司的广告牌，在可口可乐、索尼、丰田等国际品牌的旁边，“999三九药业”的霓虹灯广告十分醒目。赵新先专程赴美召开记者招待会，他站在广告牌下接受数十家中国以及美国媒体的采访，侃侃而谈，顾盼生风。这应该是他企业家生涯中最值得骄傲的时刻。第二天的《纽约时报》报道说：“这是中国企业第一次在世界上广告密度最大、最有影响力的商业区做了中文广告，时代广场由此出现了一种新的广告语言——中文。”
在后来的几年里，很多人出国到曼哈顿，必去参观这块三九的广告牌，它成为中国公司进入全球化的一道风景线。三九，让人们看到了中药复兴的曙光。