影响到家电业务。在2004年的前9个月，科龙还产生了2亿元的利润，而第四季度剧烈滑坡的销售把全年业绩再次拉入泥潭。2005年4月，科龙电器发布预亏公告，称全年亏损约为6000万元。5月，中国证监会以涉嫌违反证券法规为名正式宣布对科龙电器进行立案调查。公司的正常经营业务顿时乱成一团。所有银行均对科龙全面停贷，有的甚至直接截留经销商的回款。从6月起，全国空调、电冰箱供应商陆续停止对科龙供应原材料，科龙生产线开始逐步停工。有记者前往科龙顺德基地采访，写道：“半年前还热火朝天的车间突然变得死寂，从空旷的生产线边走过，仿佛嗅到了坟墓的气息。”
这段时间，顾雏军一直在北京四处奔波。他知道溃败已成定局，现在唯一可做的是将科龙尽快出售，以求全身而退。他先后向长虹、海信等业内同行抛出绣球，不过他又明确地对外表示不会卖给tCL和海尔，因为“他本人不看好这两家企业的发展”，即使身处绝境，此人亦不改张扬无忌、好指点江山的本性。7月29日，顾雏军突然与所有的部下失去联系，第二天他们被告知，“顾雏军被佛山市公安人员带走控制起来了”。
声誉扫地的顾雏军回天乏力，身陷囹圄的他，眼睁睁地目睹这些年来处心积虑得来的财产被众人瓜分。9月，他在看守所里与青岛海信的代表签署了股权转让协议。这家山东的彩电企业最终以6.8亿元的出价意外地成了科龙的新主人。收购合肥美菱是顾雏军继科龙之后最得意的手笔。10月，上海的《每日经济新闻》率先披露，老牌彩电企业四川长虹有可能收购格林柯尔手中的美菱电器股权，这项交易最终在2006年春季达成。被顾雏军收入囊中的亚星客车也很快逃离将沉的大船，扬州市政府迅速冻结了格林柯尔所持的股权，一年后，东南汽车成了新的收购者。所有被顾雏军染指过的公司中，襄阳轴承也许是受伤最轻的一家。顾雏军被拘留的新闻一传出，襄阳区政府就宣布解除与格林柯尔达成的股权转让协议，该协议一直没有得到中国证监会的正式批复，此时因祸得福。
10月26日，中国证监会对科龙电器的调查结果正式曝光。该报告称：“顾雏军等人及‘格林柯尔’系有关公司涉嫌侵占、挪用科龙电器财产累计发生额为34.85亿元。”2006年1月，毕马威会计师事务所对科龙集团的现金流走向进行调查，发现不正常的现金流量累计超过75亿元。8月，一拖再拖的科龙电器2005年的年报终于千呼万唤始出来，这又是一个挑战股东心理极限的数字：高达36.93亿元的巨额亏损，一举刷新了当年度内地上市公司亏损纪录；牵涉93宗诉讼官司，数目之多也创下近年来内地上市公司涉案之最；公司的净资产则为-10.9亿元。
就这样，从潘宁“被迫”退休的1998年冬天算起，7年之间乾坤倒转，中国内地效益最好、最具现代气质的家电企业沦落为一家亏损累累、官司缠身的“烂公司”。
在顾雏军出事后，与潘宁有过交往之谊的北京大学周其仁教授发表评论认为：“不是科龙改制才给了格林柯尔机会，而恰恰是没有及时改制。科龙的主要教训就是潘宁时代没有及时发起并完成产权改革，否则顾雏军就不会有入主的机会。”他在一篇专栏文章中写道：“读科龙的报道，被一个问题折磨：要是还由创业老总潘宁那一代人领导，科龙至于落到今天这步田地吗？知道历史不容假设，可忍不住就要那样想……科龙的结局似乎是时也，运也，命也。欲哭无泪。”
周其仁教授给专栏文章起了一个很特别的标题，这是严谨的经济学家们很少采用的语式——《可惜了，科龙》。