助学不止的行为难以理解，他则很明确地说，“宁可企业收盘，绝不停办学校。”双方拉锯，最终议定对厦大和集美两校的经费支持，限定每月为5000元。随后，陈嘉庚采取化整为零的办法，将几家尚有利润的企业租给自己的女婿和亲信，约定年终分红时，对方所得的一半或三成充为学校经费。他还向族内富商募捐11.5万元，加上自己的16万元，购买橡胶园400英亩，作为厦大的基金，月可入息2000元。到1936年5月，陈嘉庚实在无力接济下去，只好给国民政府写信，恳请政府将厦大收归国立，他愿将所有产业无条件奉送，并自请取消董事职位，在信中，他十分自责地说，“每念竭力兴学，期尽国民天职，不图经济竭蹶，为善不终，贻累政府，抱歉无似。”2个月后，国民政府批复同意，此时的厦门大学已发展到文、理、法商3个学院9个系，是当时国内科系最多的5所大学之一，鲁迅、林语堂、顾颉刚等著名学者都曾在此教学。
抗战爆发后，陈嘉庚在南洋积极募捐支持抗日，1938年10月，香港、马来亚、印尼、菲律宾等东南亚华侨联合成立“南洋华侨筹赈伤兵难民总会”（简称南洋总会），统一领导海外华人的抗日救国活动，陈嘉庚当选总会主席，在其后几年间，总会先后组建702个基层救亡组织，为募兵集资起了很大的作用，据军政部长何应钦1939年的报告，全年军费18亿元，华侨赈款占了五分之一。1940年3月，陈嘉庚率南洋华侨慰问团返国，先后考察慰问了重庆和延安，大大鼓舞国民士气。一年后，太平洋战争爆发，日军侵占东南亚，出赏一百万元缉拿陈嘉庚，他辗转避祸于印尼的爪哇诸岛，他把一小包“氰化钾”藏在怀里，随时准备殉国，当时多有传闻说他已蒙难身亡。1945年，日本战败，陈嘉庚重返新加坡，消息传回国内，竟成一重大喜庆新闻，当年11月18日，重庆举行了“陈嘉庚安全庆祝大会”，郭沫若、邵力子、黄炎培、陶行知等500多人与会，远在延安的毛泽东也送来单条，题“华侨旗帜、民族光辉”八字，与会者都深度认同黄炎培的感叹，“发了财的人，而肯全拿出来的，只有陈先生。”
1949年5月，陈嘉庚受毛泽东的邀请归国定居。1961年8月12日，他在北京去世。逝前留下遗言，遗产334万元全数捐于学校及乡社建设，其子女，男子无职业者，每月供给生活费20元，女子每月15元，如有职业或出嫁就不得支取，每人如逢结婚或丧事，各给费用200元。他去世后，北京丧仪极为隆重。周恩来总理、朱德委员长亲自执绋送葬，东南亚各地华侨自动分设灵堂祭奠，在新加坡，300个社团、近万人与会追悼，大会挂一对挽联，右联“前半生兴学，后半生纾难”，左联“是一代正气，亦一代完人”。
1991年1月，中国科学院将一颗小行星命名为“陈嘉庚星。”所谓与日月同辉，陈公得矣。