由大赚其钱，只有根除分配不公，才能实现社会进步。这场大辩论把大名鼎鼎的陈独秀也卷了进来，他在《新青年》上刊登《上海厚生纱厂湖南女工问题》的长篇调查，认为厚生纱厂的做法是榨取剩余价值，穆藕初应该“由个人的工业主义进步到社会的工业主义。”这场辩论在当时思想界影响甚大，也是马克思理论在中国工商界的第一次实证性亮相。上海社科院学者钟祥财评论说，“这次分歧实际上是企业家的商业伦理和革命家的社会伦理之间的分歧。实业救国思想和晚清改良主义思想实际上是一脉相承的。在实际效果上它们可能没有社会革命来得那么干脆和痛快，但是它们在制度演进上的作用是很实在的，微观又务实。”
让人惊奇的事实是，尽管穆藕初有如此先进的专业技术和科学管理水平，却还是在1924年的经济大萧条中尝到苦果，在那次因棉花价格暴涨而诱发的产业危机中，他的三家工厂相继陷入困境，德大被荣宗敬收购，厚生因发生股东争吵而清盘，郑州豫丰更是因为地处军阀混战的主战场而受波及，后来被迫抵押给了美国慎昌洋行。穆氏败局似乎表明，中国的确存在一种独特的商业土壤。
1928年，穆藕初被他的美国大学同学、蒋介石的“钱袋大管家”孔祥熙推荐为国民政府的工商部次长，他相继编订了众多的工商法规，包括《工厂法》、《工会法》、《劳资争议处理法》等等。这位深得美式商业伦理精髓的实业家认定，“在人事日趋繁颐，社会日趋复杂的现在，无论什么团体，都要以法治为本，然后有一定的轨道可循，有一定的规矩可遵。”
抗战爆发后，穆藕初担任农产促进委员会的主任委员，为了改善后方棉布急缺的情况，他发明了“七七棉纺机”，这是一种脚踏式的木制纺织机，每机有纱锭32个，每日工作10小时，可纺棉纱1.5市斤。由于该机每台仅需1人操作，生产效率超过旧式手摇纺机数倍，因而在国统区和共产党的西北根据地大为流行，“七七”之名，在于让民众毋忘“七七事变”的国耻。这种“技术创新”跟穆藕初当年在美国大学的所学知识已经相去甚远，却也是这位全中国最懂棉花的人，在专业上的最后一次贡献。
1943年，穆藕初因罹患肠癌去世，简陋的奠堂之上，最醒目的一条挽联是四个字——“衣被后方”。
后世商业界很少有人知道穆藕初了。他的名字偶尔出现，却是在八杆子也打不到的戏曲圈。穆藕初长得风流倜傥，一表人才，平生喜欢昆曲、书法、学佛、养鱼和斗鸟，是一个少见的才子型企业家。1921年，他感于古老昆曲的日衰，便赞助成立了昆剧保存社和昆剧传习所，这些机构为昆剧的流传居功至伟，昆曲大师俞振飞在怀念他时说：“我国戏剧自清末皮黄崛兴，昆曲日益式微，经先生竭力提倡，始获苟延一脉，至于今日。”
因此，“棉花天王”穆藕初在本业被彻底遗忘，却常常为千里之外的戏剧人士所感恩追念，这倒应了昆曲里的那句台词：“嗟夫！人世之事，非人世所可书。”