拥有自己的育婴堂、普济院，带有鲜明的自助性质。
在会馆专业化程度最高的佛山，甚至出现了东家行和西家行，前者由业主、作坊主组成，后者则是手工业工人的组织，很多劳资矛盾通过两行的“通行公议”来解决，东家行和西家行还通过共同祭祀的方式来调适双方的关系。
商人会馆的兴盛，意味着明清商人在组织化程度上已超越前代，其运作模式呈现出非常鲜明的自治特征，是非政府组织（NGO）在中国的最早试验，因此也有人将之视为中国进入近代化的一个重要标志。到了二十世纪初期，随着工业化运动的萌芽，各地商人开始打破地缘局限，组建新的商会组织，会馆商人正是商会筹建的重要组成部分。譬如在1902年，上海创建商业会议公所（两年后改名为上海商务总会，后又更名为上海总商会），在沪的60个会馆就以团体代表的身份集体加入，成为“合帮会员”。
一个十分耐人寻味的现象是，数以万计的明清会馆在史书上很少有准确而详尽的记载。曾对会馆史做过深入研究的王日根在《乡土之链：明清会馆与社会变迁》一书中便说，商人会馆不同于一般官方的公馆或宾馆，属于民间的自发性组织，故在“正史”中无人论及，即使在明清地方志也都多有缺略。
会馆在史书上的“缺席”，就如同它的主人们被刻意忽略一样，是中国工商文明的一大特征。