哪一学派，一般都主张轻税，唯有商鞅独树一帜，坚持重税政策，而且非农产业的征税一定要多，市场贸易的租赋一定要重（“不农之征必多，市利之租必重”）。他认为，只有“重关市之赋”――加重商品的流通税，才能让商人产生“疑惰之心”。秦国的租税有多重，迄今已无完整记载，不过商鞅曾提出，大幅提高酒肉的价格，按原价征课十倍的捐税（“贵酒肉之价，重其租，令十倍其朴。”），由此类推，税率之高可以想见。
商鞅还主张矿山国有化，把“山泽之利”全部收归国家，这既可以增加国库收入，又阻挡了一条非农的发财之道。按他的说法，把矿山收归国有了，那些不愿耕作、懒惰刁钻、追求暴利的民众就丢掉了饭碗，不得不重新回到田里去种地。（“壹山泽，则恶农、慢惰、倍欲之民无所于食，无所于食，则必农。”）由这段文字可见，商鞅把所有不愿意从事农业的人统统归类为“恶农、慢惰、倍欲之民”。他还命令所有商贾的奴仆必须服役、所有在朝的官员不得雇请佣人，这样一来，既提高了雇工的成本又逼迫贵族子弟必须亲自耕作。
商业之繁荣，关键在于人口流通，商鞅深谙其中奥秘，所以，他针对性的出台了几条极其严苛的法令。其一，他下令在全国进行户籍登记，命令百姓不得擅自迁居，这是中国户口登记制度的开端，迄今仍在延用；其二，他出台法令禁止私人经营旅馆业，其目的是大大减少人口的流动。
此外，商鞅还对货币抱持敌视的态度――这是古今中外所有计划经济主张者的“传统”。他对货币和粮食有一种很奇特的看法，在他看来这两者是互相排斥的，“货币活跃了，粮食就萎缩了，粮食丰裕了，货币就没有用了（“金生而粟死，粟生而金死”）。如果有一斤铜生在国境之内，就会有十二石的粟死在境外；如果有十二石的粟生在国境之内，则一斤铜死在境外。”在他变法的二十余年中，秦国一直是以物易物，直到他死后三年，才开始铸币，由此可见，秦国的商业流通在各国之中是非常落后的。
商鞅的这些变法，前不见古人，用司马迁的说法，“卒用鞅法，百姓苦之，居三年，百姓便之。”也就是，变法实施之后，民怨沸腾，三年之后，居然大见成效。
秦孝公见变法初战告捷，当即任命商鞅为左庶长。庶长为秦国最高行政官员，分大庶长、右庶长、左庶长和驷车庶长四职，其中只有左庶长一职可由非王族大臣担任。
商鞅开始第二轮更为广泛且深刻的变法。其中最重要的政策，就是建立了军爵制度。
自夏商周以降，中国的政治体制是封建制，各诸侯分封天下，爵位世袭，形成了一个贵族世代统治的体制。进入春秋末期，平民阶层已隐然崛起，几乎成为一个开放、自由的社会。史载的诸多名将、儒士均为贫寒之士。当代史学家许倬云曾对春秋时期的名士进行过统计，在初期，非贵族出身的寒微之士占总人数的百分之二十，而到末期已占到百分之四十四，诸如苏秦、张仪等人都是“特穷巷掘门桑户卷枢之士”。到了战国，这一趋势更加明显。比商鞅早二十年左右，同样是卫国人的吴起在楚国进行改革，就提出“使封君之子孙三世而收爵禄”，王室子孙的爵禄继承只能延续三代，然后就要把封地收归国有，重新分配。吴起因此遭到贵族的嫉恨，终被射杀。二十年后，商鞅再提此议，并且做得更为彻底。
商鞅的政策是两条。第一，“宗室非有军功论，不得为属籍”。也就是，收回贵族所有的爵秩，取消特权，重新分配，只有在战场上立下功劳，才能够重配爵秩，列籍贵族。第二，“有军功者，各以率受上爵。”也就是，只要有军功，无论贫贱都可以获得贵族的爵秩。
商鞅设计了二十个等级的爵位，都以杀敌多少来计算。比如，作战时杀一甲士，凭其首级可赐爵一级，并赐田一顷，宅九亩。杀得两个首级，可当“百石之官”。杀得三十三个首级，可成为“屯长”。如果率军杀两千到八千颗首级，就可升任到大将。有奖当然有罚，作战之时以五人为一屯，百人为一将，如果作战结束，“一屯”或“一将”居然没有杀得一颗首级，那就要处死为首的“屯长”和“百将”。
除了诱以利、惧以刑之外，商鞅还尊之以身后之名，他出台法令规定，秦国民众从小夫到大夫，爵级一等，就可在死后的墓地上种树一棵，也就是军功越大，墓上植树越多，树木繁茂，足以光耀子孙。
这一军爵制度可谓开天辟地，它彻底抹煞了贵族与贱民的界限，人人可以通过战争而获取功名富贵。在世界各文明古国中，中国是最早打破贵族制度的国家，这其中，商鞅的作用可谓最大。
以国史论之，到了隋唐时期，政府又发明出科举制度，为底层的知识分子打通了另外一条猎取名利的通道。由此，“王侯将相宁有种乎”，军爵制（武士）与科举制（文士）互为勾连，构成了延续千年的平民社会的稳定性。这两个制度的形成，再加上政权对商业的道德蔑视及制度打压，最终构筑了中华文明的重要特质，千百年来，全中国有才能的中国人，无一能经受住名利的诱惑