取消地方政府对农民征收的各项非税收入。改革成功地减轻了农民负担，却也加剧了其他的潜在问题（值得一提的是，农村税费改革的思路是在江朱执政时期最早提出并小范围试点，大范围铺开是在胡温执政期间）。1999年农村税费改革在安徽开始试点，最初旨在规范农业税收制度，将农业税及附加并入官方收入预算，取消村提留、乡统筹和其他各项收费。这样，农民只需缴纳一两种税，以利于抵制地方政府对农民的各项乱收费。乡镇通过四处张贴的通知来宣传这一信息，通知上标明了农民只需缴纳何种税费。这对农民是好事，却也导致了村财政收入的下滑。中央财政发放的补贴（估算）只占失去的税费收入的35%。因此，中央政府要求政府机构精简以降低成本。但是，就我们所知，精简措施并未得到很好的贯彻。结果是财政收入降低，整体行政成本却未见减少。
第二次改革取消了农业税。该项改革自2003年开始，2006年结束。2003年全国仅完成农业税收330亿元，占全部税收收入的1.7%，因此取消农业税对中央财政来说并不意味着很大的损失。但对于一年到头辛苦劳作仅从土地上收获几千元的农民来说，减免的意义却是巨大的。很多地方农民的收入因此提高5%～10%。但此次改革也带来了很大的问题。据傅安恒和黄佩华的估算，乡村两级财政剩余的财政资源又减少了30%～50%，使得它们更加依赖中央转移支付。但是，当时这一转移支付尚且不存在，村政府仍然需要自己去想办法弥补资金缺口。乡镇一级行政机构被进一步弱化。1995年中国共有47136个乡镇，今天只剩下34400个。这是中央政府将权力下放的结果，减少对乡的财政拨付，扩大县的权责和实力，使县承担医疗教育职责（自2002年以来），乡干部基本上只抓计划生育和农业。很多人希望不久的将来乡镇一级机构将不复存在。
社会主义新农村建设带来相当多的好消息。继2005年投入3000亿元之后，2008年中央财政在农村地区和农业的投入很可能达到5620亿元。绝对金额增幅很大，但在政府总支出中所占份额没有发生变化。2005～2008年，中央财政在农村地区的总支出比率始终为9%。
过去几年农村基础设施投入有实质性增长，现已成为村级政府的主要支出。世界银行的一项调研显示，2004年，村人均基建支出为43元，人均经常开支为40元。但这一估算忽略了来自各上级政府的转移支付，如果计算在内，村人均基建支出从2000年的48元上升为2004年的191元（而且这一数据还不包括村民义务劳动折资）。正如蔡晓莉所指出的，村和乡的基础设施投资有了明显增加，但没有恰当地反映在官方统计数据中——这意味着本已十分壮观的全社会固定资产投资规模或许还是被显著低估了。上级政府提供超过50%的资金。这对数百万农户来说是生活质量的改善，他们可以喝到清洁的饮用水，通上煤气，通上电，享受更好的道路和清晰的移动电话信号。
农村财政悬而未决的问题
下拨到农村的资金增加了，但仍有一些问题悬而未决。一是资金的用途特别多，超过50%的转移支付是“专项”资金，也就是中央政府要求该笔资金必须用于特定用途。当然，指定用途的目的是确保资金不被地方政府随意挪用。但不利之处在于地方在资金使用上没有灵活性，无法用于地方和当地群众特别需要的方面。此外，还存在着专项转移下拨迟缓或规划欠妥、不同筹资部门之间缺乏统筹等问题。并且，缺乏对项目完成结果的独立评估。我们读到的各级政府报告中充满着花了多少钱之类的信息，很少有具体实现的目标和资金使用效率的数据。这是一个问题，因为或许其中存在着很大的浪费，似乎钟摆太快超出了中央政府的驾驭。改善农村生产生活条件的下一阶段可能不得不包括给予地方政府更多权力，以及对它们行为的有效监管，以确保不发生权力的滥用。
还有长期得不到解决的行政机构人员过于臃肿的问题。2000年，省级及省级以下公务员达到4000万人，到2005年这一数字增加到4600万人，其中大部分为县、乡镇级公务员。每一个政府部门基本上最低拥有部、厅、局、处4级行政级别，导致大量的重复劳动以及纳税人的沉重负担。图66列出了村一级政府的人均支出。村干部工资占总预算的21%，总运行成本的三分之一。部分地区基层政府财政负担非常重，农民养猪养牛还要养干部。傅安恒和黄佩华认为，县、乡政府机构膨胀的部分原因在于全国统一的公务员薪酬结构。一个县内公务员基本工资差别不大。在经济较发达的地区，县、乡公务员工资还能获得来自市级或工业园区的“奖金”；在经济落后的地区，公务员工资与当地平均水平相比相当不错而且十分稳定。所以公务员岗位非常热门，官员们想方设法将亲戚朋友安插进来。世界银行调研人员发现，2003年某县的经常性开支预算中，农业局99.5%为工资性支出，林业局为99.5%，畜牧局为98.8%。直至目前，能够证明这一问题