会前夕，国际奥委会被迫宣布取消对印尼的制裁。但国际奥委会仍然禁止1963年参加过印尼新兴力量运动会的运动员参加奥运会。为此，印尼和朝鲜民主主义人民共和国正式宣布抵制东京奥运会。
1968年第19届墨西哥奥运会男子200米短跑发奖仪式上，分获第1名和第3名的美国黑人选手史密斯和卡洛斯悄悄脱下了运动鞋。高奏美国国歌时，他们低着头，脚蹬黑色袜子，突然举起了戴着黑色手套的拳头。顿时全场轰动，主席台上的国际奥委会主席、美国人布伦戴奇更是横眉竖目，温色难掩。两天后，史密斯和卡洛斯被遣送回国。
布伦戴奇当然清楚，这是美国黑人对美国以及国际奥委会个别人对黑人种族歧视的公开抗议。
1962年2月，布伦戴奇领导的国际奥委会决定重新接纳南非进入国际奥运大家庭。这一决定立即受到了非洲、中美洲、东欧一些国家以及苏联的强烈反对。它们声明，如果国际奥委会不改变这一错误决定，他们将抵制奥运会。
同时，美国黑人大学生也向美国奥委会提出了几项要求。其中包括必须禁止实行种族隔离政策的南非参加奥运会，在美国奥运会代表队中增加一名黑人教练，恢复因拒绝到越南打仗的阿里的拳王称号等。黑人学生的行动立即扩展到整个美国社会，形成了一次全国范围的学潮，而且他们的斗争要求已经不仅局限于奥运会了。在这期间，卡洛斯还曾作为代表前往纽约会见了黑人运动领袖马丁·路德·金。马丁·路德·金表示对学潮全力支持，但不久，他即在纽约一家旅馆遭到暗杀。
美国政府的这一行动并没有吓倒黑人学生，反而激起了他们更大的愤怒。他们决心在更大的范围内抗议种族歧视政策。
在黑人学生运动已经不可能被遏制的情况下，美国奥委会接受了黑人学生的请求，国际奥委会召开了一次特别会议，撤消原来恢复南非参加奥运会资格的决定。
但是美国黑人的社会地位并没有因此而改变，马丁·路德·金的冤仇未报。于是史密斯和卡洛斯在奥运会领奖台上举起了愤怒的拳头。
此外，非洲国家在奥林匹克运动中争取民族平等的斗争也从未停止过。
1972年慕尼黑奥运会前，国际奥委会邀请了实行种族歧视的罗得西亚。20多个非洲国家宣布将抵制第20届奥运会。国际奥委会被迫撤回了对罗得西亚的邀请。
但是，国际奥委会仍然坚持允许以色列选手参加奥运会。许多阿拉伯国家宣布采取抵制行动，国际奥委会听之任之，结果在奥运会期间发生了“黑九月”流血事件。
在1976年蒙特利尔奥运会上，非洲20多个国家因新西兰曾派橄榄球队去南非比赛而抗议新西兰参加奥运会，先后退出了比赛，使本届奥运会的规模比慕尼黑奥运会的规模大大缩小。
1980年，在美国总统卡特的建议下，62个国家抵制莫斯科奥运会，抗议苏联出兵侵略阿富汗。
1984年，苏联又带领东欧一些国家抵制洛杉矶奥运会。
往事不堪回首。这些人为造成的外界因素，对于运动员个人来说，也许就毁了他的体育生命；对于一个国家的体育事业来说，也许会贻误她几年甚至几十年的时间。
特别值得提出的是，萨马兰奇在改革国际奥委会组织机构时，没有忘记给占世界人口一半的妇女留下发言权。
古代奥林匹克竞技会不仅没有女选手参赛，而且由于竞技者皆赤身裸体，妇女是绝对禁止人场观看的，敢于违犯这一戒律的妇女将会因此而丢掉性命。
现代奥林匹克运动会自第二届开始便有了女选手参加，但是国际奥委会却一直是男子一统天下的局面。然而这个局面在萨马兰奇担任国际奥委会主席以后也被打破了。
萨马兰奇对妇女一直是很尊重的。他认为，奥林匹克精神的一个重要原则就是公平竞争。国际奥委会，不应当有种族的隔阂，不应当受政治观点的影响，更不应该有性别的歧视。无论男人女人，都应该按照自己的能力，在领导层占有相应的地位，任何不尊重妇女的表现都应该得以纠正。
“如果说国际奥委会做了一件我为之骄傲的事情，那就是我们在国际奥委会里增添了女委员。然而这还不够。妇女的重要地位不能只表现在体育方面，而且应当表现在各个领域。我们将更加坚定地沿着这条道路走下去。”萨马兰奇在国际奥委会一次执委会议上情真意切地说。
萨马兰奇把国际奥委会的大门向妇女敞开。1980年到1990年，共有7位妇女成为国际奥委会委员。她们是：委内瑞拉人弗洛尔·伊萨瓦·英塞卡，美国人阿妮塔·德弗兰茨，玛丽·艾莉森·格伦—黑格，芬兰人皮尔乔·海格曼，加拿大人卡罗尔一安妮·莱瑟伦，英国安娜公主和列支敦士登人诺拉。
萨马兰奇还积极倡议创立运动家委员会，通过它来听取各国运动员对国际奥委会的要求和愿望。在过去，对奥运会的任何规定和条例都完全由国际奥委会讨论决定，很少征求运动员的意见，运动家委