：“你们要充分利用‘新旅’已获得的社会影响，把国民党地区的抗日宣传工作坚持下去，动员更多的人把抗日战争进行到底！你们的钱一定坚持要国民党出，但‘新旅’这个民间团体的独立性也必须坚持。”周恩来同志的亲切接见，使他们乐得雀跃欢腾，增添了无穷的力量。
当时的武汉，由于抗日统一战线工作搞得好，政治空气空前活跃。文艺活动和各项宣传工作，对那里的人们起了很大的鼓舞作用，群众发动起来了。全市人民在“保卫大武汉”的口号下奋力抗战。但在国共合作的背后，始终有一个驱之不散的幽灵，时隐时现地威胁着全民族团结抗日的大业。这幽灵也没有放过新安旅行团。“新旅”一向是以一个自发的民间抗日儿童文艺团体的面貌出现的，但国民党当局始终怀疑它和共产党有联系，因此千方百计地想把它吃掉。于是，在“新旅”到达武汉不久，以陈诚为首的国民政府军委政治部，就利用“新旅”在经济上的困难，提出要把它收编为政治部的一个下属组织，以便从政治上、组织上、经济上加以控制。如果不接受收编，那就得解散。“新旅”在周恩来同志的指导下，坚持作为民间抗日团体，保持独立自主，为向国民政府要求经费补助，同国民党反动当局展开了合法的斗争。有一天，陈诚亲自出马，他说：“新安旅行团的成立，那是为了抗战；现在已经抗战了嘛，就没有必要存在了，可以编到政工队去……”
周恩来同志当即用不容置辩的口气对陈诚说：“这些小朋友早在全国抗战之前就自己组织起来，宣传孙中山先生遗嘱了，跑了几万里路，走遍大半个中国，到处唤醒民众共赴国难，工作很有成绩，在国内外有很大影响，大家都很钦佩他们的爱国精神。诚然，现在抗战了，可宣传抗日的人，还怕多吗？你把他们整编掉，这对国民党又有什么光彩呢？！”他见陈诚哑口无言，就继续说道：“‘新旅’的小朋友不愿到政工队去，何必强迫呢？依我看，他们可以作为军委政治部的一个特约团体，由政治部发给工作和生活费用，他们定期向政治部作工作报告，这样不好吗？”在周恩来的支持下，终于击破了陈诚吞并“新旅”的阴谋，最后和国民党当局达成协议：“新旅”作为军委政治部一特约宣传团体，由政治部按四十五人的编制发给生活费，并按照一般宣传队的惯例，兼电影放映队，发给活动经费。这样，在周恩来同志指导下，“新旅”既解决了经济上的困难，又赢得了独立自主的权利。在武汉，“新旅”的组织得到了发展，团员发展到二十多人，并开始有了女团员。“新旅”的孩子们活跃在武汉街头，活跃在大江两岸。他们同孩子剧团共同发起建立“武汉儿童团体星期座谈会”，参加宣传抗战献金活动，发动武汉市儿童参加“写三十万封慰问信”，慰问保卫武汉的前方将士。
一九三八年十月十日，这是“新旅”建团三周年的纪念日。三年间，他们在战斗中成长了，队伍壮大了。周恩来听说他们要庆祝自己的节日，高兴地说：“我一定来参加你们的庆祝会。”临开会的那天，周恩来同志有重要的事情要处理，实在无法抽身，但他不愿使“新旅”的孩子们失望，于是委托邓颖超同志去看望小朋友们，向他们致以节日的问候。邓颖超向孩子们讲了长征的故事，还为孩子们写了一首诗，其中有一句说：“你们走了三万多里路，我们也走过二万五千里！”孩子们看到邓颖超同志，像见到久别的妈妈一样，围着她，接受她的抚爱，聆听她的慰勉。这一天，他们沉浸在幸福里；这一天给他们留下了难忘的印象。他们没有辜负周恩来同志的期望，在保卫大武汉的战斗中，散传单，贴标语，画漫画，冒着敌人的炮火前进，出色地完成了自己肩负的任务。由于日寇的进逼，国民党文武官员纷纷向大西南撤退。就在这样的紧急关头，周恩来同志坐镇武汉，坚持斗争。对“新旅”，他嘱咐留下一个“新旅”武汉工作队（后改为第二团）在武汉继续战斗，安排其余的团员向长沙转移。留在武汉的“新旅”工作队，继续在街头做宣传工作，直到一九三八年十一月武汉被放弃的前两天，才奉命撤到长沙。
在“新旅”建团三周年庆祝活动时，陶行知先生刚从国外回来，曾即席赠诗一首，赞扬“新旅”的革命精神。诗中写道：
陶行知先生在讲话中还勉励“新旅”小朋友不但要学习真理，还要“骑到真理的背上去”！
自武汉失守后，国民党反动派的反共投降活动日渐猖狂起来，国共两党团结抗战的形势开始逆转。周恩来同志给“新旅”小朋友分析形势时说：现在有人不想抗日了，要妥协了；我们就要抗战到底。这个“底”就是要收复东北三省以及一切失地；全部驱逐日寇出中国，实现中华民族的完全独立和解放。这话给“新旅”全体成员敲了警钟，也增强了他们斗争的勇气、力量和胜利的信心。
在长沙，他们遵照周恩来同志关于到群众中去的指示，又展开了多种多样的宣传活动：在街头，演出抗日节目；在医院，对伤兵作慰问演出；在学校，教儿童唱抗战歌曲。“新旅”很快受到群众的颂扬，到处都有人欢迎他们，帮助他们，保护他们……