原红四方面军的部队（4军和31军）纳入129师编制，随刘伯承、邓小平同志去了太行山。徐向前副师长、倪志亮参谋长和一部分干部随军出征，还有相当一批原红四方面军干部留在边区不好分配工作。这里有几种情况：一种是与张国焘关系密切，不能使用的，如原9军军长何畏，后来叛变投靠张国焘去了。一种是部队打光了，不好按原有级别安排。西路军的军、师长们都属于这样的情况，有的原来是营、团级干部，回到陕北又从战士重新干起。李先念原来是30军政委，回到陕北后只给安排了一个很低的营级职务。毛泽东听说后，认为这样对待李先念是不公平的。他把李先念找来谈话，热情鼓励他，并交代给他任务：要他以中共豫鄂边省委军事部长的名义，回鄂豫皖老区去再把队伍搞起来。李先念深受感动，带上几十人再次踏上征程，开始了新的战斗。
许世友、王建安、洪学智等无辜判刑的同志被释放后，暂时安排在抗日军政大学学习。洪学智当了抗大第三大队一支队的支队长，许世友当了抗大的校务部副部长。可这是个什么“官”呢？实际上是个光杆管理科长。他的战友邓岳（解放后任南京军区副司令）回忆说：“毛主席放出他（许世友）以后，让他在红军大学当管理科副科长，手下没有一个人。胡子拉碴，没有衣服，没有被子。住的那间小破房，连我现在的车库都不如。我当时给了他一床被子，又把我的一套衣服送给他了。有时弄点酒，弄点肉，他就来吃一顿。喝酒用碗，一吃肉就是一大盆。”
最受委屈的还是西路军干部。原红30军参谋长黄鹄显被马家军俘虏后，想办法逃出来，回到了陕北。但是有人说他有“叛变”嫌疑，说他曾带着马家军找西路军埋藏的枪支。就凭着这些传言，黄鹄显被关进清凉山看守所“审查”。关了一个时期，没有证据，才被释放。以后到八路军总部当作战科长。在东北解放战争中，黄鹄显勇猛善战，很受林彪重视，打算破格提拔他当师长。在打电报向毛泽东请示时，林彪还特别提到黄曾受过“审查”的事，在毛回电同意后，林彪才放心大胆地使用黄鹄显。
西路军妇女团团长王泉媛被俘后，被强迫嫁给马家军一个团长。王泉媛死不屈服，终于找机会逃脱了马家军的魔爪。当她找到兰州八路军办事处时，已经是1939年3月了。她要求归队，却遭到拒绝。办事处的人告诉她说：根据上级规定：西路军失散人员“一年之内回来的收留，二年之内回来的审查，三年之内回来的不收留”。说完，给了她5块银元当路费，把她送出办事处大门。王泉媛九死一生跑回来，组织竟然不要她了，她伤心得泪如雨下，只说：“这里不收留我，我不怨你们，只求你们向党组织转达一句话，我王泉媛永远是党的人！”
红四方面军干部因张国焘的影响，受到不公正的对待，精神上的压力和痛苦是相当大的。但是除了极少数几个人叛变，绝大多数同志是忠于革命事业的。尽管他们的职务降得很低，不受重用，不能到前方带兵打仗。但是他们没有怨言，叫干什么就干什么。毛泽东感到：能否正确对待四方面军干部，是关系到党的团结的大事。这个问题必须公开提出来，并且一定要处理好。在1942年7月的中央政治局会议上，毛泽东提议专门讨论对待原红四方面军干部的态度问题。毛泽东指出：过去四方面军干部除何畏以外，都是好的。经过六年证明这些干部是好的。原四方面军有的干部犯了错误，要按错误的性质加以处理，不要把什么都说成是张国焘路线。政治局一致同意毛泽东的意见，会后作出了《中央关于对待原四方面军干部态度问题之指示》。全文如下：
（一）原四方面军干部绝大多数都是工农出身，由下层工作渐次提拔上来的，他们在国内战争中表示了对革命对党的坚定与忠诚，在克服国焘路线之后，又一致拥护党中央；在民族战争中也表示了他们的英勇与忠诚，只有极少数几个干部投降了敌人，但这是不足为奇的，原一、二方面军干部中，亦有极少数分子投敌。
（二）原四方面军干部，在国焘路线统治期间，是服从与执行了国焘路线。但必须区别国焘路线的单纯追随者与积极帮手之间的分别，只有几个人，对国焘路线的发展是起了积极帮手的作用，压倒的大多数，由于文化政治水平关系，由于国焘的愚民政策和压迫威胁政策，由于军队的集中原则等等原因，因而服从和执行了国焘路线。抗战五年来的实践，考验了原四方面军干部，在本质上是诚实的、坚决的，证明了1937年反对国焘路线时，中央所作的结论是完全正确的。这里所指起积极帮手作用的几个人中，并不包括徐向前、李先念等同志在内，他们在国焘路线时期，从未起过此种作用。就是对国焘路线起过积极帮手作用的几个同志，中央的政策亦是争取教育，使他们觉悟转变，而不是抛弃他们，这一政策亦已经收到了效果。
（三）对原四方面军的干部的信任与工作分配，应当和其他干部一视同仁，不能因为他们过去执行过国焘路线而有歧视，应当根据这些干部的德（对党的忠实）才（工作能力）资（资望）分配他们以适当的工作，凡原有工作不