据地搞得轰轰烈烈，红军一度发展到2万多人。自从执行左倾机会主义路线的中央分局代表夏曦来到洪湖，开始大搞肃反。他给一大批红军干部，尤其是团以上干部扣上“改组派”、“第三党”、“国民党”的帽子，严刑拷打，大开杀戒，著名的红军将领段德昌，国民党出重金买他的头而不可得，却被夏曦在肃反中杀掉了。洪湖苏区的干部战士被夏曦杀了3000多，师团级的干部大部分被杀。村苏维埃的干部也被杀掉十之八九，包括贺龙的两个兄弟。甚至贺龙的生命都受到威胁，贺龙元帅沉痛地回忆：“那时，苏区丢了，干部杀完了，只剩下4个党员（夏曦、贺龙、关向应、卢冬生），其余都不是党员。是党员的也不敢承认是党员，好像一个小孩子失掉了依靠，就剩下一面红旗。红3军听到红六军团来，但不知道什么时候到，我们出发是过去撞红六军团去的。我们出发走了一天，六军团来了。第一次李达带二百多人找到了我们，第二次郭鹏，第三次任弼时、王震、萧克都来了。”两支历尽千辛万苦的部队会合后，好像久别重逢的亲兄弟。
会师第二天，任弼时、萧克致电中央，汇报与贺龙会师的消息。他们建议：“以目前敌情及二、六军团的力量，两个军团应集中行动。”不料10月26日军委来电，反对他们合并。电报说：
A．二、六军团合成一个单位及一起行动是绝对错误的，二、六军团应仍单独的依中央及军委指示的活动地域发展，各直受中央及军委的直接指挥。
B．六军团应速以军委累次电令向规定地域行动，勿再延误。
此时，中央红军刚刚离开苏区，开始长征。军委的命令是要六军团继续充当先遣队，为中央红军吸引和牵制敌军，以减轻中央的压力。二、六军团领导人共同研究了电报，认为军委的命令是不适宜的，于是联名复电：
我们建议二、六军团暂集中行动，以便消灭敌人一、二个支队。目前分开，敌必取各个击破之策。以一个军团力量对敌一个支队无必胜把握，集中是可以打敌任何一个支队的。且两军在军事政治上十分迫切要求互相帮助。
事实证明，贺龙、任弼时等同志的决策是正确的，中央也就没再坚持。根据军委指示，会师后的红军统一由红二军团指挥部领导。贺龙任军团长，任弼时任政委。六军团缩编为三个团，组织机构初步建立了。两军团会合后，表现出高度团结一致的精神。任弼时主持会议，严厉批判了夏曦的“左”倾机会主义路线，为受害和受打击的同志恢复名誉，驱散了蒙在干部战士心头的乌云。红军采取灵活机动的战术，在湘黔边区发展扩大苏区，很快控制了桑植、大庸、慈利、常德等县城，贺龙在家乡搞革命，如鱼得水，摆脱了“左”倾机会主义者死守一块根据地的被动局面，带领部队往返穿梭，专找敌人的弱点和空子打。贺龙生动地比喻说：“打鱼的下拖网，鱼还跳出去嘛。我们比鱼还差？我们随便可以出去嘛。我们出去如鱼得水，要怎么走就怎么走，（左倾路线）硬是把苏区吃得光光的，这家一升那家一斗。把人家埋的坛坛都吃了好，还是开大仓好？”
二、六军团会合后的一年中，形势一度发展得很顺利。但是中央红军北上后，蒋介石腾出手来，调遣四个纵队围剿湘黔苏区。国民党军大筑堡垒，封锁红军的出路。湘西大小土匪也各据一方，与红军作对。红军生活越来越困难。为了打破敌人的封锁，贺龙、任弼时等决定退离湘黔苏区，到贵州中部去开辟新根据地。1935年11月19日，红二、六军团开始转移，踏上了长征的路途。
在四支长征队伍中，红二、六军团可算是一支最奇特和富有传奇色彩的队伍。在近2万人的部队中，不仅有红军指战员，还有背着烟枪的新兵、国民党军的中将师长、高鼻子蓝眼睛的外国传教士、白发苍苍的开明绅士和不满周岁的女婴。
红军来到湘西，首要任务就是扩大红军。但这里的兵源实在不理想。萧克说：“那里遍地都种鸦片，老百姓抽鸦片的很多。地主军阀嫌一般捐税收入不多，就要百姓种鸦片，规定一亩地要交多少鸦片。老百姓不种，就收‘懒捐’。他们从买卖鸦片中发大财，于是遍地都是鸦片。人民较普遍地受到烟毒，小孩患个伤风感冒，就用鸦片烟一喷，所以十多岁的小孩也有不少抽鸦片烟的。这就给我们带来了一个问题：抽鸦片的准不准当兵？我们在江西时，说抽鸦片的是流氓，当然不要。到了湘西，抽鸦片的不要，兵源就不好办。好吧，只要是青年农民，愿意参军的就要。因此补的新兵多数都抽鸦片。红军可以抽鸦片，在江西是想也想不到的。为了动员他们戒烟，供给部准备了鸦片，定量发烟；同时讲清道理，做政治工作，然后逐渐减少发烟量，最后以蒸馏水溶化硫苦，静脉注射，个把月就戒了。这项工作是我军团卫生部长戴震华同志搞的。”
1934年10月1日，红六军团在贵州黄平县境内行军时，突然遇到一位外国传教士——鲁道夫·博萨哈特。他是英国出生的瑞士人，虔诚的新教徒。怀着美好的理想，他自愿远渡重洋，来到贫穷落后的中国贵州传教。还给自己起了个中国名字