至此，卢循、徐道覆折腾一年多，功败垂成，最终为刘裕所平灭。算上孙恩，“五斗米教”折腾了达十一年多，严重削弱了东晋的政权元气。虽然最终邪教被扑灭，东晋的国祚也差不多走到了尽头。同时，孙恩、卢循之乱，对王、谢这样的东晋世家大族也打击极大，子弟纷纷被杀不说，经济方面也遭受了巨大的损失，丧失田产家财无数。同时，随着他们力量的削弱，刘裕为代表的寒人阶级因军功不断窜上政权第一线，大族世家渐渐从主角变成了配角，混得好一点儿的，也只能给将军们当当师爷和谋士了。
殊勋如此，晋廷授刘裕太尉、中书监，军权、政权，齐集一人之手。面对当时豪强横行、广行兼并的现象，刘裕大行惩戒，严肃纲纪，诛杀藏匿亡命的豪族之士多人，致使“豪强肃然，远近知禁”。