弟苻雍，听闻苻登战败消息，竟然置最后的老巢于不顾，出奔而逃，致使余众迸散，不可复制。苻登还至胡空堡，无所投靠，只得逃往平凉，在马毛山中（今宁夏固原）收集余众，同时以儿子苻崇为人质，向陇西鲜卑头人乞伏乾归求救兵。乞伏乾归派二万军马来援。苻登拼死一搏，与前来追击的姚兴决战于山南。时兮命兮，不佑英雄，两军接战，苻登大败被杀，时年五十二。其诸子不久皆被杀。
至此，前秦自苻健于穆帝永和七年（351）称帝，至孝武帝太元十九年（394）苻登被杀，共五世，四十四年。
前秦淝水大败，败后，东晋诸将势如破竹，接连收复襄阳、益州、梁州等地。同时，谢玄也率大军北伐，连克彭城、鄄城、青州、邺城，迫使慕容垂逃往中山（今河北定县）以避晋军兵锋。但好景不长，东晋朝廷并无恢复中原的决心，不久就把刘牢之等人撤回江东。河北、关中地区不能恢复，河南之地也很快不保。淝水大战后，不到十年之间，黄河以南的战略要地接连失守，南燕（鲜卑慕容德）竟最后在青州（今山东东部）建起南燕王朝，可以说是对东晋一个绝大的讽刺。
于万死中逃出生天的北方汉族人民，在由北而南的逃亡途中，不仅没有受到朝廷“子弟兵”的欢迎，反而有不少被晋军当作“生口”抄掠，卖到江南各地的士家大族庄园中当奴仆。如此官军，又怎能真正博取中原汉族士庶的真心拥戴呢？
因此，淝水一战之后，北中国再堕分裂。后燕、西燕、南燕、北燕、大夏、西秦、南凉、后凉、西凉、北凉等等，你方唱罢我登场，长期混战，互相征伐不已，兵马多年，血雨不停，一直待到北魏王朝的崛起，才最终使混乱局面告一段落。