。他最宠信的，当属吴地大族沈充和他的老乡钱凤，并对二人言听计从。凡有得罪沈、钱的官员，必死无疑。这两个人土豪出身，“大起营府，侵人田宅，发掘古墓，剽掠市道”，使得士庶怨恨，皆望其早败为幸。
公元322年年底，王敦率军还武昌（今湖北鄂州），遥制朝廷。
不久，元帝司马睿“忧愤成疾”，病重而死，时年四十七。
元帝至死，王敦也没有去朝见他。值得重点说明的是，元帝确实是病死善终，不是被毒死、刺杀、绞死或者暗杀。失势君王中，元帝也算运气比较好的一位。史家评价他“恭俭之德虽充，雄武之量不足”。最最奇怪的是，就连总为尊者讳的正统史家也明言，“恭王妃夏侯氏竟通小吏牛氏而生元帝”，也就是说司马睿其实并非司马氏的后代，而是一个姓牛的小官吏与司马睿“父亲”的王妃夏侯氏私通之子，也真是天下奇闻。东晋一百年天下，原来并非司马血脉在帝系流动，果真天道循环，以报司马家族开基者的阴毒残忍。
元帝死后，王导受遗诏摄朝政，皇太子司马绍继位，是为东晋明帝。改元太宁。