各穷苦官兵之家，开册给付，以救其生。造册者七万余；十二月，钱米都尽，苏、杭又失，京城困紧，力不能持。秀成发家存米谷赈饥民，又变卖妇女首饰充军资，亦不济。洪家私党犹潜谮之。天王责以不谙国体。秀成密令开城门，准百姓出城逃生，十数万之众以此得生。不意洪姓所用守门之粤人，杀百姓而取其财，秀成怒，斩杀数人，乃止。
天王又令出入俱用天父天兄上字样，军称天军，民称天民，国称天国，营称天营，兵称御林兵。恣行封赏，至一城王爵者两千七百余，天王府老阍卒亦侧其列。封王既多，无可改移，乃头上加三点以为“小王”。众更不服，多有他图，人心遂离散无涯矣。
二月，湘军合围之势成。天王仍疑忌之。政事俱交洪仁达提理，城门要隘亦其发人巡掌。己则不问军民之事，闭深宫不出。凡接奏，辄言天说地。国事糜烂不可救，而城外之兵日日逼紧，守营守城，俱无人可用。妻舅宋永祺劝其降，事发，补王莫仕暌囚之。疑愈重，旦夕防之。四月，天王病重。天王之病，因甜露起，又任病任好，不好亦不服药，且喜食冷，最好油煎蜈蚣。廿一日，遂死。长子洪天贵福登基。时军粮已绝，兵又自乱。曾国荃沿城开垅，不能处处防之，神策门连被放倒二次，城不可守。
六月初五日，秀成知城破在即，夜袭曾部先锋朱洪章大营未果。初六日午时，清军以火药轰塌城墙，破紫金山龙颈，一拥而入，太平军不能敌，将士多死之。幼主并两幼弟奔朝门，抱秀成问计。秀成含泪别母，欲护幼主上清凉山暂避。于初更时分，假作清兵，突袭太平门缺口，得脱者千余人。分之为二，让坐骑于幼主，令前队护之急走，自领后队以抗追兵。血战一昼夜，马不能行，与众相失，至曙，只身走入方山顶破庙。
时方山之贫民知天京陷落，伏于山，思掩执天朝官兵取利，然一见秀成，尽皆流涕下拜，重匿之破庙中。遂取珠宝分赐之。秀成不肯剃发变装以逃，曰无以对我将士。另有奸民陶大兰贪鄙，风闻之，亦来分润，两造喧哗，为清军侦之，遂为所执。山民杀陶大兰及捕秀成之亲兵，投案自承，曾国藩义而遣之。
秀成至，曾国荃深憾于雨花台九十日之攻围，挺身离座，持锥乱刺之，势若狂犬。流血淋漓。秀成神色不变，大呼曰：“曾九！各家做各家事，何须如此！” 赵烈文探之，问将来之事。秀成曰：“有死而已。顾江南江北，数十万部众无可归依，得以尺书遣散之，则九泉无憾，欢乐归阴矣。”
曾国藩犹深惮之。时方酷暑，囚以木笼，中纳小桌，令做供状。秀成乃忍死，思有以垂诫后世，奋笔疾书，叙天朝立国丧乱之前后，凡八万言，十日而成。劝曾宽赦将士，收为己用。列天朝乱政者十：曰扫北败亡，曰临清州之败，曰湘潭之误，曰东王与北王自相残杀，曰天王与翼王君臣相忌，曰不信外臣，曰主不铨政，曰封王太滥，曰不用贤才，曰立政无章。书至“如知……”，斩决令至，乃掷笔叹曰：“人事已尽，死可无憾。”解往刑场，谈笑自若，作绝命词十句，付监刑者庞省三，叙尽忠之意，从容赴难。年四十二。
秀成既殉难，湘军于其余部，多给票遣散。清律谋逆罪至重，不问首从骈戮之。秀成之功大矣哉。
论曰：秀成于天朝诸王中以谋略称，曾国藩屡恨指其狡。观其救镇江、解京围，两破江北江南大营，多谋之名，良不虚也。其谋不成，实天数不回，屡梗于洪某。而持危扶颠，尽心效死；开城门以放百姓，让骏马以护幼主，挟湘军以全部众，其忠义仁爱，有足多者。夫慷慨成仁易，从容就义难，观其于酷暑之月，忍遍体之伤，囚系木笼，十日而成八万言，中述天朝十乱，甚有理致，其尤难者，岂足为玷邪？又何必哓哓争其为真降、假降也！