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而雌性果蝇则有一个从母亲遗传来的X染色体，以及从父亲遗传来的另一个X染色体。于是在白眼雌蝇和红眼雄蝇的交配中，所有雌性后代都有一个带着“白眼”的X染色体，以及另一个“红眼”的X染色体。正如同孟德尔的推测，后代的眼睛颜色会和父母的一方相同，在这个例子中，是红色眼睛。
控制眼睛颜色的基因和X染色体，恰好有着相同遗传模式，因此摩尔根推断，控制眼睛颜色的基因，一定就在X染色体上，他把这种遗传模式，称为“伴性遗传”。由于染色体在精子和卵子中的数目，只有在其他细胞中的一半，因此染色体就像孟德尔所假设的因子，是携带基因的最佳工具。
同样模式也发生在人类身上。每个人的细胞内都有四十六个染色体，其中四十四个是成双成对的，共有二十二对；但是性染色体X和Y却与众不同。由于Y染色体上基因很少，因此孟德尔的显性与隐性基因理论，不适用于男性。而X染色体上的任何基因，不管在女性身上是隐性或显性，都会在男性身上显现影响力。
例如，人类的色有遗传模式，就跟果蝇眼睛颜色的遗传如出一辙。如果色盲男性与正常女性结婚，生下来的孩子都不会受到影响。但是如果色盲女性和正常男性结婚，通常会把色盲遗传给儿子，而不是女儿。因为所有男性的身上，只要有不正常的X染色体，都会显示出其影响力，但是在大部分女性的身上，这个隐性基因会被另一个正常的显性基因遮蔽，因此男孩比女孩容易成为色盲。
其他的先天缺陷也有相同的遗传模式，例如杜氏持续性肌肉萎缩症（DUchennmusculardysrOPh），是一种导致肌肉组织萎缩的疾病，病童多半在三岁就出现病征，到了七岁就要在腿上加装支架，十一岁开始坐轮椅，通常都不会活到二十五岁以上。因为导致这种疾病的基因，也是跟性别遗传有关，所以跟色盲一样，也是男孩比较容易罹患这种病。看着自己儿子因为肌肉萎缩而死亡的父母，还得忍受另一番雄心刺骨之痛，因为其他儿子也有二分之一的机会，可能罹患这种遗传性疾病。
性联遗传造成两性之间一些有趣的差异。由于女性有两个X染色体，确男性只有一个，因此女性的资讯比男性多。人类对红色的感应，有两种不同接收因子，正因为这个接收因子在X染色体上，因此许多女性都有两种接收因子，各自对光谱上细微差异有不同的敏感度，而男性却只能局限在一个接收因子。所以，就颜色而言，女性比男性能获得更大范围的感官经验。
虽然女性可以用不同眼光来看这个世界，但是性联遗传也造成许多潜在问题。通常，任何人只要多了一个像X染色体这么大的染色体，就足以致命，更何况只要一个X染色体上的资讯，就足以造就一个人（至少可以造男人），那么女性又是如何适应两个X染色体呢？这个答案出人意料，女性体内几乎每个细胞的两个X染色体中，一定有一个是关闭的。这个过程最早是由遗传学家莱昂（anrywr）发现的，因此就称为“莱昂化”
（LyoniZatbo），最适合说明莱昂化过程的例子就是猫了。花斑家猫（tortoises）的斑杂毛色，是由一小撮黄毛和一小撮黑毛混在一起形成的。所有花斑家猫都是母猫，她们是从父母的一方遗传到黑毛基因，然后从另一方遗传到黄毛基因。毛色基因是性联遗传的，因此发育中的小猫，有一半的皮肤细胞，关闭带有黑毛基因的X染色体，而另一半的皮肤细胞则关闭带有黄毛基因的X染色体，结果就变成黑黄两色毛夹杂在一起。至于斑点的大小，就各有不同了。
同样情况也发生在人类身上。举例来说，如果一名妇女生了一个先天色盲的儿子，那就表示，她的基因里两个红色接收因子当中，一定有一个正常，另一个不正常。当一道细微红光或绿光，扫瞄过她的网膜时，她辨认颜色的能力，会随着光线扫过不同细胞群而改变，大约有一半的时间，可以清楚地辨别颜色，其他时候，就跟她色盲儿子一样，分不清红光与绿光，这是因为在每个颜色感官细胞中，有不同X染色体被关闭，有时候关掉正常染色体，有时候关掉带有色盲基因的染色体。
两性的遗传模式，还有另一个重要差别，是跟粒线体基因有关。当卵子受精的时候，卵细胞内的细胞质，包括粒线体在内，大部分都传送到发育中的胚胎，但是精子却没有粒线体。粒线体的DNA有一套自己的遗传模式，都是从母系遗传，包含了世界母亲的历史，完全不受男性的干扰。英国女王伊丽莎白二世的粒线体DNA，并不是从维多利亚女王（QueenVictoria）遗传来的，而是从与维多利亚女王同时期，但是比较没有名气的卡洛琳（AnneCaroline，1881年去世）遗传来的，这是因为维多利亚女王是伊丽莎白二世的父系祖先。至于一些因为粒线体基因出错，而产生的遗传疾病，如视神经损坏导致的失明，自然也是由母系遗传的。母亲把基因传给儿子和女儿，但是只有女儿会传递到下一代，这种遗传模式跟性联遗传的方式，就有很大差别。