心智和道德能力就只不过是动物类似能力的发展。达尔文还不得不表明通过自然发展的过程，基于选择并真正借助拉马克主义的帮助，便可以改善这些能力。不应该设想超自然因素的指导，只是自然发展的盲目作用。
达尔文在努力缩小人与动物之间的表面差异时，能够借助他自己的广泛观察。他试图表明，每一种我们认为是人类独有的能力，至少在高等动物中，在一定程度上已经具备了。他提出动物可以展示出真正的智力，以及本能的行为；它们也具备所有的情感，包括愤怒、厌倦、敬畏等；它们也可以通过一种简单的语言形式与其他同类进行交流；而且它们也具有道德本能，从而使得它们可以为了同一物种中其他个体的利益而劳作。现代的观察者认为，达尔文极大地夸大了动物所具有的似人类特性；他在犹豫是否用进化来解释这个问题时，落入了明显的拟人论陷井。例如，很难找到坚实的证据来证明动物真是有意图地使用了智力。野生的黑猩猩有时候会以树棍作工具，但是在实验室，没有什么证据能够证明它们针对一个简单的问题能够想出某种解决的办法，它们通常依赖于试错法。基于面部表情而提出的情感证据——为此达尔文专门写了一部书（Darwin，1872）——很容易将人类与猿之间偶然的相似搞混。至于语言，达尔文及其追随者将许多动物的警戒式叫喊等同于更加复杂的利用声音表达抽象概念的方式，后者是真正语言的基础。他们还设想许多原始人的语言只不过汇集了一些咿呀之声，与动物发出的声音差不多。
当然，道德情感是最微妙的问题。达尔文强调认为，许多物种的亲代都愿意为了它们的子女而牺牲自己。一只狗为了保护主人，宁愿自己赴汤蹈火，这表明这样的本能甚至在动物中都是常见的。但是达尔文的反对者则认为，这种纯粹的本能行为远不及人类的利他行为能力，而且不能据此而认为道德法则具有普遍性。
达尔文感到无论他的比较是否具有恒久价值，他都必须至少证明打破人类与动物之间鸿沟的合理性。这样他就不得不去面对第二个问题：如何说明鼓励无助的自然怎么能够使人的能力上升到这样高的水平，以致于许多人认为他们的能力与动物的能力有着质的区别。此外，甚至像华莱士这样的人也认为，对于人类具有的一些纯粹体质特征，也不能从自然的角度来解释。例如，如何解释体毛的消失？这似乎没有什么生物学上的优势。达尔文将人类体毛的消失归因于性选择，性选择是他在《人类的由来》中论述的第二个主题。因为体毛消失的程度在两性之间是不同的，因此达尔文提出，这种性状与性吸引有关，并在以后的世代中得到了加强。
在人类智力的问题上，达尔文能够作出一种合理的解释：因为智力是有用的，所以自然选择会发展这种性状。但是他也认识到，他必须解释为什么这种趋势对于我们的祖先比对猿有更加强烈的影响。他假设人类的智力之所以有更大的发展，是因为我们的祖先采用了直立的姿势，这种姿势使他们的手可以解放出来用以制造工具。转为在地上直立行走便额外增加对使用智力的刺激，从而激发了人类对心智的使用。猿之所以受到限制，是因为它们继续用手来在树上运行。海克尔也认为直立姿势是人类进化中关键的一跃，而华莱士（尽管他反对完全是自然论的理论）则提出，由于气候变化的缘故，我们的祖先离开了树上的生活。达尔文及其少数追随者预先想到了一个现代的观点：转成两足类，而不是获得更大的脑，是出现人类家庭的关键一步。然而，有了这种观点后，达尔文就不得不继续论述为什么说我们心智能力的加强是自然选择的必然结果。
对于道德能力的发展也能从自然的角度来解释吗？乍一看，似乎自然选择不会发展出任何使个体为了其他个体的利益牺牲自己的本能。达尔文试图解决这个问题，他引用了华莱士首次提出的大致与现代叫做“群选择”类似的一种观点。在那些亲代必须照料幼子的动物中，家庭组织变得很重要，选择便会有利于发展这种本能去维护家庭组织和保护子代。达尔文提出，在人类中，这种本能已经得到了发展，包括了个人愿意为了他所在部落的利益而劳作。或许存在为了群体的利益而进行的生存斗争，其中那些具有密切合作本能的部落，将会战胜那些家庭松散的部落。符合拉马克主义的习性遗传效果，可能也会促进这种趋势。达尔文相信，早期人类认识到只对他所在部落的成员负有责任，正像一些野蛮部落今天做的那样。只是在人类发展出智力，并且有闲暇去使用智力来解决一些抽象问题的时候，哲学家才开始将社会的本能，通过宗教的约束，发展成一般的道德法则。
这样，达尔文使得他的追随者可以提出道德价值是人类社会进化的必然产物。因为社群生活对于许多物种来说都是自然的，所以就使得达尔文的追随者们相信进化过程本身注定会导致具有道德意义的结果。智力的发展只不过使道德的本能变得更加清晰。但是，达尔文提出，我们的智力能力只不过是由于转为两足行走的缘故，这样就动摇了那种试图将进化视为有目的过程的人的逻辑。事实上，达尔文