计划的企图，都不免要提出寄生物及其他令人不快生命类型的产生是由于造物主缘故的问题。有神论进化论者试图认为自然的这个方面微不足道，但是正是这种看法本身，使得科学界疏离了有神论进化论。
最终，科学家由于考虑到这些问题，因此确信有神论进化论是一种没有意义的妥协。到了19世纪末，只有很少的保守人士，比如阿盖尔，还在倡导这种方式。职业科学家至少已经认识到寻找上帝设计的证据不是他们的工作，并且认识到任何重新引入目的论的企图都会妨害对他们理论的接受。然而，选择学说所造成的道德问题依然故我，人们提出了许多科学上说的过去的替代理论，以便在进化中可以看见目的。最有希望的就是拉马克的获得性遗传机制。这个机制避免了自然选择中的残酷含义，因为按照获得性遗传机制，可以认为每一个个体通过自己的努力就会使自己适应新的环境，并不需要淘汰不适者。可以将拉马克主义看成这种机制：由于仁慈上帝的选择确保了在不断变化的世界存在着适宜生命。同时可以认为，由于必须对变化作出反映，于是必然激发了心智功能，从而确保了整个的进步。美国的博物学家在利用拉马克主义将进化与宗教结合方面走在了前面（Pfeifer，1965；又见Moore，1979，以及第九章）。英国的巴特勒也表达了类似的观点，而且这种观点在19世纪末广泛流行开来。
美国古生物学家爱德华·德林克·科普强调的拉马克主义是其中允许生命决定自己命运的部分。生物并不是在环境中幸免遇难的机械傀儡，相反，生物能够通过选择适应新的生命方式，对任何挑战作出回应。这样，传统观念中由外在上帝挑选的成分，就转变成上帝注入到自然界中的生命力。按照科普的观点，意识本身就是进化的驱动力，这种力量通过锻炼其挑选的能力，不断地将生物抬升到新的高度。然而实际中的获得性遗传机制，即生物身体对新的生命方式的适应，似乎要满足科学自然论的要求，这样才能协调科学与神学。对于科普这样的博物学家来说，建立新形式基督教进化论的基础是，认为普遍存在生命在其自身驱动下向着造物主预定的目标前进的现象。
一般说来，拉马克主义者反对斯宾塞提出的人类行为是按照自由竞争方式调节的观点。他们也希望人类的未来是走向进步，但是他们相信，最好是通过相互协作的政治体系来实现这一点，在这个体系中，文明人最好的理想可以通过国家控制的教育传播到每一代。人应该对自己未来的发展负责，而不是盲目地遵循自然的引导。拉马克主义的进步观点与斯宾塞（他本人在生物学上赞成拉马克主义）进步观点的不同之处只是在于，拉马克主义认为人类的意识可以发现进化发展目标的真正性质。斯宾塞之所以选择了自由竞争的观点，主要是因为他认为由于人类过于迅速的干涉，不可能达到这个目标，也就是说，社会发展的过程是复杂的，最好是按照自然的缓慢过程进行。相反，一些拉马克主义者，比如科普，相信人类的意识已经达到了一个新的认识水平，人们可以认识到造物主指导进化所要实现的目标。因此人类能够通过教育方式，人为地指导后代的性状，这样来左右进化和加速实现这个目标。
拉马克主义所强调的协作，并不止是旨在反对具有自由竞争资本主义残酷性的政治纲领。强调协作也可以通过祛除自然选择对于斗争的依赖，将协作作为进步的真正驱动力，来直接与生物进化联系起来。这样，我们珍稀的道德价值就转化到自然中，从而使得对人类强化这种价值，并将其视为是进化的必然结果。那些彼此合作的动物通常能够更成功地生存下去，于是出于本能的合作就得到了强化，直至铭记在人类的意识中。美国人约翰·费斯克在他的《宇宙哲学大纲》（Fiske，1874）中倡导了这种观点。这本书的写作受到了斯宾塞的很大影响，书中提出了与斯宾塞多年观点类似的宇宙进步观。不过费斯克由于提出利他主义是人类进化的突出特征，从而对于原来的观点作出了重大的修改。在他看来，利他主义，即愿意为了他人而牺牲自己的行为，是物种最成功的进化策略，而且从根本上激发了人类文明的发展。亨利·德拉蒙德在他非常流行的作品《人类的上升》（Drummond，1894）中，从利他主义的论点中得出了明显的宗教信息，他认为，为了所有人的利益愿意与其他人合作这种形式，是所有进化的驱动力（Moore，1958b）。因此，人类中真正利他行为的出现并不违背自然法则，而是自然法则在推动所有生命中每一种成分发展中决定我们这个物种发展的直接结果。彼得·克鲁泡特金在其根据自己对野生生物的观察所写的一系列文章（后来于1906年收集成书，以《互助论》为名发表）中证实，自然界中存在的斗争迹象并不多。动物一般通过与其他动物的合作来改善生存的机遇，因此有理由宣称进化实际上通过增加每一代合作的水平而进行。有意义的是，克鲁泡特金也写过赞同拉马克主义的文章，他提出，动物群中成功发展出来的性状可以遗传给后代，并在后代中得到强化。如果是这样看的话，这种理论就