多数科学家和神学家试图找到一条中间道路，他们修改了达尔文主义的结构，这样就可以将进化看成是本质上进步的过程。达尔文自己的理论起源于佩利和马尔萨斯的功利主义神学，按照这种神学，即使是罪恶也是以符合上帝设计的方式对最后的善有所帮助的。这时，达尔文本人发现，很难将自然选择与上帝设计的观点协调起来，而多数人则发现，自然选择的机制太残酷，也太自私，无法将其视为仁慈的上帝造物时所选择的方式。只有在选择被能够体现造物主意图的进步所取代的情况下，进化才能被接受为造物的机制。在早期关于的争论中，许多科学家和神学家选择了一种妥协的立场，认为在某些超自然力量的引导下，导致了向着适应和进步的进化。然而，这种有神论的进化概念对科学并不利，因为这种概念依然妨碍着生物学家对于自然现象作出完全自然的解释。
在19世纪，随着时间的推移，人们越来越将拉马克的获得性遗传机制作为解决这个问题的方法，按照获得性遗传的观点，个体动物的选择可以决定整个物种的适应目标。对于许多宗教思想家来说，一种由生命指导其自己发展方向的普遍进化系统，似乎是拯救上帝设计论点的最好方式。这种浪漫主义的进化观被称作“达尔文主义论”，以区别密切追随自然选择精神的“达尔文主义”（Peckham，1959）。达尔文的名字的确常常与任何形式的进化论联系在一起，但是进化论这个词的内涵太含混，多数采纳拉马克主义观点的科学家清楚地认识到，他们与达尔文主义者之间存在着重大的分歧。有神论进化观和拉马克主义可以恰当地代表随着有意识的反达尔文主义哲学的出现而经历的一个连贯的阶段，其意图是要维护神的意志在自然中的作用。在许多方面，这种哲学是已经在钱伯斯的《自然创造史的痕迹》中勾勒出的发展观点的直接延续。
人们之所以对达尔文影响程度的看法出现混淆，是因为唯物论者及其反对者尽管意图不同、但都以相同的方式修正了达尔文的进化理论。几乎所有的维多利亚时代有影响的思想家都只能容忍进化是一种本质上进步的系统：进化一定要有一个目的，其中人类的出现起到了关键的作用，而无论是否可以将这个目的追溯到超自然的造物主那里。许多激进的思想家，比如斯宾塞，否定道德价值有任何先验的来源，而是坚持认为应该遵从自然本身的法则。这样不仅可以确保个人的幸福，而且可以确保种族的进步；进步之所以可以确保，是因为事实上自然进化本身是进步的。赫胥黎之所以批评斯宾塞的进化伦理学，主要是因为，在赫胥黎看来，真正的达尔文式宇宙中并不确保一定会发生进步，因此没有必要提出要遵从自然残酷的方式。斯宾塞通过倡导个人必须关心他自己利益的自由竞争系统，从而充分代表了维多利亚时代资本主义最糟糕的方面。赫胥黎则提出道德价值必须由人的意识来确定，而不是由自然来决定，他的思想更接近传统的伦理学渊薮，虽然他无法确定人的意识是否反映出神的道德引导。
自由主义基督教徒们，则并不坚持认为道德价值一定要有先验的来源，而是提出物质世界的进步性质是上帝精心计划中的一个部分，上帝要教导我们如何去行动。他们可能不会同意斯宾塞的伦理学，但是他们想重新确保看到他们自己的价值得到了自然界的支持（Moor e，1985a，1985b；Livingstone，1987）。有些人试图重新发扬传统的价值，他们提出，进化本身的驱动力并不是斗争，而是要求生物之间进行合作。反达尔文主义者所采纳的价值观，常常与斯宾塞的价值观没有太大的差别。拉马克主义者所信奉的个体生物的主动要求决定了进化成功路径的观点，与斯宾塞的观点非常相似，但是这种思想并太不符合斯宾塞本人的获得性遗传是进化主要机制的思想。多数拉马克主义者并不相信自由竞争的残酷道德，他们选择了可控状态的慈悲；但是他们却轻率地将“低等”种族描述成在自然中无法前进的类群（第十章）。拉马克主义者和斯宾塞都从自然界中看到了他们自己的价值，然后他们都认为他们自创的宇宙观可以确保这些价值是坚实的。唯物论者和自由主义神学家的异曲同工，可能只会使某些基督徒更加害怕那些神学家已经背叛了真正宗教的原因。
虽然有关进化论对宗教影响的争论很激烈，但是我们也应该看到，事实上，自然发展的基本观点从一开始就对于西方文化的许多方面都带来影响（t，1976；Oldroyd and Langon，1984）。乔治·艾略特的小说表明人们清楚地认识到达尔文将自然想象成一个复杂、不可预测的系统，而托马斯·哈代对于生物学控制着人类的命运，则表现出一种悲观的情绪。萨缪尔·巴特勒也认识到达尔文世界观的残酷方面，而且最后他公开发表文章支持新拉马克主义。
设计的问题
按照传统的特创论，是上帝引入了新的物种，而且是上帝设计了物种的所有性状。这时，许多博物学家开始赞同，大量这类的创造似乎不可能有什么发展的前景。钱伯斯在《自然创造史的痕迹》中已经提