和神学的解释，因为这类解释往往将进化视为向着预定目标的变化。达尔文主义之所以获得持久的成功，就是由于这种态度获得了胜利，因为直到19世纪结束时，关于自然选择本身的争论一直很激烈。人们可能依然会期望——当时达尔文本人也曾有过这种期望——进化的法则能够导致生命逐渐地向着更高等的形态攀升，不过那时利用未来的目标来解释进化趋向已不再说的过去。如果说是造物主设计了进化的法则，那么科学已不再去证实上帝的作为，而只是将上帝在宇宙中的作用当作信仰的东西来看待。达尔文主义的兴起伴随着新一代生物学家的出现，从而注定导致完全用科学的方法来研究物种的起源。在第九章中会论述在这个世纪后期许多旧的唯心论和目的论的态度又重新浮现出来，成为新拉马克主义等理论的知识基础；但是即使支持其他进化论的人也注定要表明他们所假定的趋向是由因果因素、而非超出科学研究之外的神秘因素控制的。
然而，事实上，就是在19世纪60年代，仍然有许多博物学家还是信奉设计的论据，怀疑自然选择的观点，主要因为自然选择学说的唯物论色彩太明显了。J·F·赫歇尔爵士将选择贬斥为“乱七八糟的定律”，借此来表达他对于唯物论的嘲笑，他认为唯物论将生命的历史描绘成偶然而无方向的条件组合。达尔文主义之所以取得成功，也可以认为部分原因可能是至少这些反对者难以设想出一种连贯的理论来取代选择论，而且他们反对选择论的方式比较笨拙（Desmond，1982；Bowler，1985）。到了这个世纪后期，拉马克主义成了一种替代的理论，因为它避开了选择论中的杂乱含义，这也正是人们接受拉马克主义的缘故，但是在19世纪60年代，人们仍然认为，早期的批评家，比如居维叶和赖尔，对于拉马克的进化机制给予了有力的批驳。一些反对达尔文主义的人，比如理查德·欧文和圣乔治·杰克逊·米伐特，认为除非转变是在超自然的引导下向着一定的方向进行的，才能接受转变的观点，但是这种观点看起来太像是向旧的设计论据妥协。当时难以确切地说明所谓引导的特征，在使用引导的观点时无法将其产生的效果与自然选择区分开，尤其当欧文普及了特化的概念，并以此作为理解化石记录的关键时更是如此。这样，反对达尔文主义的人便减少了反对自然选择的论据，而且未能提出任何清晰的替代理论。此外，他们似乎不能形成有效的势力。欧文虽然令人尊敬，但是比较孤僻，而米伐特却自决于科学共同体之外。因此在英国没有什么强有力的学派能够阻挡达尔文主义的发展。
英国以外地区接受达尔文主义的情况却不尽相同（Glick，1974；Koadter，1959；Persons，1956；Daniels，1968；Loet，1976）。在科学家中，信奉唯心论的老一辈科学家一般对达尔文主义持否定态度，而他们的年轻学生们则持比较肯定的态度。最知名的反对者就是美国赫赫有名的博物学家路易斯·阿加西。阿加西唯心论的世界观与任何自然进化的理论都格格不入（Lurie，1960；Mayr，1959a；i nsor，1979）。在他看来，物种是上帝创世计划中不变的因素，绝没有发生过任何程度的自然变异。最终，阿加西很荒谬地表达了他的立场。他为了尽力低估自然变异的程度，故而坚持认为每一种略微具有明显特征的形态一定是分别创造的物种，尽管多数博物学家认为其中有一些仅仅是地区性变异。如果这就是捍卫特创论的唯一方式，那么年轻的博物学家根本不会赞成，阿加西到了晚年沮丧地看着他自己的许多学生转而相信某种进化论。
阿加西的攻击力受到了植物学家阿沙·格雷的阻击（Dupree，1959）。格雷像胡克一样，站在一种比较合适的立场，来认识植物的地理分布，而且他也是在自然选择理论正式发表之前就知道了这个理论。他在论文集（1963年再版）中论述了根据美国植物分布所得到的依据。格雷虽然是坚定的进化论者，并将自己称作达尔文主义者，但是他对选择机制本身还存在着异议。作为一名虔诚的教徒，他不得不关注如何使选择的观点能够和某种自然神学协调起来。古生物学家奥瑟尼尔·C·马什对于进化论给予了更加强有力的支持（Sc a nd Levene，1940）。马什像赫胥黎一样，承认一种简化的选择论，他一直在进行从进化的角度理解化石记录的尝试，而且他作出了有助于填补化石记录空缺的重要发现。
虽然许多美国博物学家改变了观点，相信进化论，但是他们中间有些人仍在作着不懈的努力，寻找替代自然选择的理论。在某种程度上，阿加西的影响仍然很大，因为他的那些接受进化论的学生发现很难认同达尔文的随机变异加选择的理论。他们在科学共同体中的地位阻碍了达尔文主义者像在英国那样成功地取得优势。在19世纪60年代结束之前，有一些古生物学家，比如阿尔丰斯·海厄特和爱德华·德林克·科普，奠定了后来称作美国新拉马克主义学派的基础。
在欧洲大陆，达尔文主义激起