性便会如所预期的那样。达尔文并不相信他所发现其遗迹的巨大犰狳和树懒是现存更小类型的祖先。小的类型和大的类型同属一个类群，大的类型是灭绝了的那个分支，但是地质记录还表明，在大的类型生活的年代，还相伴生活了一些亲缘关系比较近的较小类型，这些小的类型生存了下来，并变成了现代一些南美动物的祖先。
的第二章论述的是生物的地理分布，当时正是通过生物的地理分布，激发了达尔文转而相信进化。他坚持认为，不可能通过宣称每一个物种占据了完美适应的区域来解释生物的地理分布。气候非常类似的地区有时候生居着不同的动植物，而有些非常类似的类型分布的地理区域却很广。理解生物地理分布的真正线索在于研究限制每一种生命类型离开其原初区域的地理隔离。这样便证实了现在的分布是一个历史过程的结果、每一种相继的类型尽可能拓展自己的区域并适应了所面临的各种环境的思想。难以逾越的区域显然是通过不寻常的方式跨越的，达尔文就记录了一系列扩散机制的尝试，比如通过鸟的脚传播种子。隔离的岛屿，比如加拉帕格斯群岛，通过这种偶然的方式接受定居者，通常它们来自最近的大陆区域。而在大陆上，根据某一地质时期气候波动的程度，可以解释现在生物分布的许多异常。达尔文强调了最近的冰期是如何使得许多北极类型向南扩展的，而且，随着气候再次转暖，有些山区又变成一片荒凉。现存的动植物分布完全符合分支进化和适应进化的理论，但是从超自然设计的角度就很难解释。
有两个被达尔文最早说服的人，他们是对植物的地理分布很感兴趣的植物学家，这很有意义。约瑟夫·道尔顿·胡克在不列颠传播这种理论中起到了领导作用（L.urrill，1963；Allan，1967）。他在世界许多地方作过考察，而且一直对于难以提供理性解释来说明植物的地理分布感到困惑。作为达尔文的早期支持者，他不久就认识到选择学说的价值。胡克关于塔斯马尼亚植物的导论性文章（，1916；George，1964；illiamsEl lis，1969；McKinney，1972；Fichman，1981）。他在1864年写的一篇有关马来群岛蝴蝶的文章（再版于allace，1870）中提出，在群岛上通常很容易发现当地的变种，而且他指出，不可能在变种和物种之间作出明确的划分。他在几部大部头著作（allace，1869，1876，1880）中指出，通过将进化论与对于限制迁徙的障碍的研究结合起来，便能够解决世界范围的地理分布问题。在东南亚的发现依然成为华莱士最好的例证，而且位于印度尼西亚群岛的划分亚洲和澳大利亚动物群的线仍然叫做“华莱士线”。这里他表明，可以通过考虑不仅可能是现在的迁徙而且是过去的迁徙来解释位于印度尼西亚群岛上的分界线，那时的地质变化可能导致海平面的上升或下降（Beddall，1969；Mayr，1954；Fichman，1977）。
除了古生物学和生物的地理分布外，还表明现在分类学和形态学的证据如何可以被视为是达尔文式进化的结果。歧化原理解释了林奈分类系统等级所依赖的某一类群从属另一类群的现象。博物学家长期寻找的自然分类系统所表现出来的是共同由来导致的关系。每一类群中“类型的统一”并不是某些奇妙的原型模式的产物，而是来自一个共同祖先的所有后裔保持了祖先最基本性状的结果。现存生物之间的关系只能理解成是历史过程的产物。没有必要试图假称每一个物种都完备地适应了其生活的方式，因为在许多同源的情况中，器官的使用似乎是和无效的。一个能干的设计者绝不能使同样的结构改变得能够适应高度不同的功能，比如蝙蝠的翼和鲸的鳍。但是进化的作用就体现在使结构发生这样的变化，而且大量的同源性就是这种机会主义的结果。在胚胎发育中，成体结构的特异性是逐渐表现出来的，因为选择所作用的变异是微小的，而且是在发育过程的后来阶段出现的。发育的早期阶段保持不变，从而通过胚胎展示出极大歧化类型的共同进化起源。最后这个学说解释了痕迹器官经常产生的现象，这些痕迹器官长的很小，不能行使其功能。然而对于古老的物种来说，它们也曾经是有用的器官，但是随着环境的变化，失去了它们的功能，正在逐渐被淘汰。
达尔文及其早期追随者提出的论据足以使多数生物学家相信应该认真对待进化。大概过了十几年，英国从事研究的生物学家中大约有五分之三的人已经接受了进化，然而奇怪的是，并没有证据表明年轻的科学家比年长的、更有成就的科学家更容易转变观念（ al.，1978）。到了19世纪80年代，科学界的一个重要特征就是形成了一个强大的达尔文学派。然而不能将这个学派的兴起简单地解释成是由于进化论在技术上具有优势。对于自然选择仍然有很大的争议，在这一章的后面，主要介绍的是对选择学说的反对意见。许多比较保守的博物学家显然更赞成建立在突然变化基础上的、并将进化过程与特定目标连续起来的理论。在19世纪的后几十