设定这种机器，使它的运行根据预定计划变化。上帝可能确实在宇宙中建立了这种预定图景，从而使得日常的自然法则不断地以某种方式发生改变，这样在观察因果关系的人看来像是奇迹出现，钱伯斯提到的一系列转变很适合这样的解释；通过个体的作用使之彼此适应，从而产生出一个合理的图景。钱伯斯采纳了巴贝奇的观点，转而将上帝视为伟大的程序员，他在宇宙中建立了进步的法则，通过一系列诸如生殖等日常法则的变化，便能显示出进步。科学家无法分析这种变化的原因。他只能看到整个图景，并将其称之为“进步的法则”，但是科学家无法理解程序已定的机制本身。
既然《自然创造史的痕迹》只不过提出了一种猜想，认为造物主是通过一些神奇的发展法则而不是通过奇迹起作用，那么这种观点应该被当时的一些刻板的思想家所接受。但是钱伯斯拒绝隐瞒这种猜想的进一步含义，从而遭到多数同代人的憎恨。因为，既然创世的法则是进步的，那么人类就应该是进步过程中的最后一个阶段，是动物界中最高等的产物。钱伯斯明目张胆地提出，人类的特征并不是来源于他的精神特性，所以人与动物是有联系的，人类来源于进化过程中正在发展的特性的扩展。人类并不位于自然法则之上，因为他也是受法则控制的宇宙产物和成员。他之所以有出众的智力，是脑量增加的结果，是动物组织普通进步的必然结果。为了提出脑是思维的器官，钱伯斯利用了“骨相学”的思想，骨相学在19世纪早期很流行（Young，1970a，Cooter，1985）。像乔治·库姆这样的骨相学家就曾提出，脑决定了思维，而且有可能研究出脑的哪个部分决定了哪中心智特征。到了世纪年代，骨相学的系统已经退化成一种猜谜游戏，一个人的特征是根据他的颅骨的表面凸起来描述的，这种方法根据错误的假设，即认为凸起表示相应部分的脑发育良好。尽管如此，钱伯斯还是利用骨相学的基本概念证明他的人与动物相关的唯物主义含义。
《自然创造史的痕迹》一书销路很好，向很多人传播了作者的异端学说，但是科学界和宗教界却对这部书普遍持有异议。许多杂志上都发表了评论，贬斥这部书中粗糙的唯物主义，试图在这部书动摇宗教和社会规则的基础之前，就扼杀它。塞治威克在《爱丁堡评论》（Sedgwick，1845）上发表了一篇长达85页的批评文章，宣称需要保护“我们娴淑的少女和主妇”，使她们免受这种邪恶思想的毒害。已经在其《旧红砂岩》一书中向“发展假说”发出过挑战的修·米勒，在《创造的足迹》（Miller，新版，1861）中，否定了这一新近出现的异端观点。人类的地位显然是真正的障碍。甚至米勒也宣称，他可能会接受上帝通过法则而不是奇迹起作用的观点，前提是这种观点并非一定导致将人与动物联系起来。人类一定是独特的造物，任何旨在颠覆人类特殊地位的理论自然是真正宗教的敌人。
《自然创造史的痕迹》的第一版很容易受到攻讦，因为书中存在明显的科学错误，而且过于简单，但是对于进化论的历史来说，反对这部书的科学论点所依据的严肃观点却有着重要的意义。钱伯斯为了创立他的连续发展图景，极大地歪曲了19世纪40年代所知的化石记录。反对他人指出，表现出的生命进步是不连续的，给人的印象是新的动物纲是在某一特定时刻突然出现的。并不存在新纲中最初成员从略低等纲进化所经历的中间阶段的迹象。组织层次之所以发生这样的突然跳跃，至少有一些特殊的创造力在起作用。史学家有时将这种观点视为宗教狂妄的产物，好象一旦生命史的基本脉络清楚了，每个人都显然应该知道整个进步中间的空缺是由于地质记录不完备。但是，这样看待当时的情况是过于简单化了（Boon，1970b）。后来成为达尔文主要支持者的t·h·赫胥黎针对《自然创造史的痕迹》后来的一个版本写了一篇批评性的评论（huxley，1854），他反对了模糊的“创造法则”的观点，但是也指出了化石记录中存在的困难。化石记录确实不连续，这并不是自然神学家想象的产物。
到了19世纪50年代，随着新的化石的发现，情况有了明显的改观。部分是由于化石证据的结果，虽然还没有人公开提出转变的观点，但是创世可能是连续过程的观点得到了普及。我们已经提到，到了1849年，理查德·欧文写下了发展法则连续起作用的观点。牛津大学的几何学教授、著名的科学与宗教评论家巴登·鲍威尔嘲笑了奇妙特创的思想，并且倡导按照法则的发展观点是对造物主力量的最好说明（Poemkin，1959）。然而人们仍然不接受人类也是进化的，但是这时公众已经广泛地知道了发展受类似法则的东西控制，而且科学界也越来越接受这种观点。
然而，这时在生命史中已经认出了这种发展的一个重要的变化。钱伯斯根据平行律，基于过时的线性发展模式，率先提出了转变的思想，但是古生物学家开始发现，新的发现并不符合线性模式。可能要去发现其他新的法则才能描述这时在化石记录中所观察到的复杂趋势。我