出，就像他的气候变化理论所预见的那样，只存在两种动物纲之间比例的变化，不存在从爬行动物到哺乳动物的绝对进步。如果承认了这一点，我们怎么能确定在鱼类的时代没有少数爬行动物和哺乳动物生存？化石记录的缺失使得赖尔的这种观点无法得到证实或反驳，因为赖尔可能会提出在那些尚未探索过的地方有望找到证据。因此他率先提出了化石记录不能完全表现生命历史以及由于缺乏证据我们无法发现历史中一些重要问题的观点。虽然赖尔夸大了化石缺失的程度，但是他所提出的合理观点对于解释连续变化缺乏证据支持是至关重要的。达尔文以完全不同的方式发展了赖尔的论点。
按照赖尔的稳态的生命史观，所有动物纲，无论高等还是低等，至少有少数，存在于每一个地质时期。当初，一些新的证据似乎这种过激的观点。不断挖掘出中生代的哺乳动物，而且在古生代早期的地层中也发现了爬行动物。1851年，赖尔在伦敦地质学会的讲演中还能够捍卫他的观点，但是除了中生代的哺乳动物，他的其他得意证据已经被证实是由于错误的鉴定所致。1863年，赖尔不得不承认错了，他开始接受进步是一个因素，可以使达尔文正在传播的新的进化论具有意义。
赖尔热心承认的一个进步阶段是人类的首次出现。他的宗教信仰使得他根本无法接受我们的精神特征可能只是来自于冷冰冰的物质世界（Bartholomew，1973）。因此有必要将人类的出现视为近代具有独特特征的事件。赖尔并不情愿将人类的出现贬低为只是动物进步的最后阶段，他认为，从体质上看，我们人类不一定是最高等的生命形式，我们的优越之处体现在我们具有心智和道德能力，而不体现在我们的身体结构上。他通过否定一般的进步思想，又可以加强人类与动物之间的鸿沟，因为如果在早期阶段没有真正的进展，那么就不可能将人类的最终出现与生命史的早期阶段联系起来。
赖尔对这个问题很在意，因为他否定了剧变的存在，进而也否定了那种明显捍卫通过直接的创世作用产生所有新物种的观点。剧变论者假定，继大规模的灭绝之后，新物种的大量产生只能是超自然作用的结果；但是在赖尔的系统中不存在剧变，因此灭绝并没有成为正常自然过程的组成部分。随着环境条件的逐渐变化，物种会迁往他乡，或者，如果有地理障碍的话，随着物种逐渐地越来越难以适应新的环境条件，物种慢慢地灭绝。在一个稳态系统中，随时都会发生这样的灭绝。
从哪里来的新物种才能取代灭绝的物种呢？如果灭绝是一个逐渐的过程，那么就要求不时地创造出替代物种。有人认为，地质学中的均一论迫切需要生物学中的进化论：如果物理条件缓慢地变化，为什么不能设想至少有一些物种能够发生相应的改变？这正是达尔文得出的结论，在这种结论的引导下，达尔文寻找出建立在自然原因基础上的机制，以此来解释生物变化的过程。但是赖尔则沿着不同的道路来运用他的现实主义方法。他在经过了仔细的考察后，否定了他所知道的一种自然转变理论，拉马克的理论。所有来自于家养动植物变种的证据表明，即使人为地增强，自然原因也只能产生有限的变化。从现存物种中不能观察到进化现象，因而也不应该设想在过去发生过大规模的进化。结果，赖尔解释了传统的观念：每一个物种都具有细微平衡的结构，这种平衡不能遭到重大的干扰（笔记，Lyell，1970；C oleman，1962）。为了冲破这一障碍，达尔文不得不提出（赖尔在地质学中也持这种观点），自然过程非常缓慢，以致于我们在有生之年无法观察到任何明显的变化。
赖尔自己在新物种起源的看法上，借用了前达尔文时期典型的、非常含混不清的创世思想。当然，他将连续性引入到创世过程中，提出在规则的自然进程中，新物种的出现是渐次的。1836年，他在给天文学家J·F··赫歇尔勋爵的信中宣称，他支持在新物种的起源中存在“中间原因”（K.M.Lyell，1981，I，p.467）。这个意思是说，存在着类似法则的过程，这种过程不同于“第一因”——即造物主——的直接干扰。然而赖尔已经认定自然原因不能使物种发生改变，此外，他确信每一物种对其生居环境的适应反映出造物主的智慧和仁慈。按照现代的话说，赖尔的观点表明他在脚踩两只船：新物种的创造不是一个奇迹的过程，然而这个过程的发生又是明显的具体设计的结果。赖尔显然已经暗示，造物主已经将自己的力量注入到自然界中，虽然这些力量会表现在一系列与一般的自然法则无关的不连续事件中，但是即使他不直接干涉，自然界也会满足他的愿望。在今天看来，像“创世法则”这种含糊不清的观点似乎没有什么意义，但是对于19世纪中期希望不通过奇迹来解释物种起源的许多博物学家看来，却是必须持有的观点。
按照赖尔的观点，人类的出现超出了创造新物种的特殊力量所及的范围。但是因为这时创造新物种的过程已经被视为规则而渐次的自然过程，因此如果再结合进步特创计划的思想，就会有潜在的危险。