个线性的图景，那么就要按照任何看起来像是自然的方式，确立物种之间的关系。在上面的图表中，事实上猫排在狗之上仅仅是由于偶然，不同动物组成的科中，任何动物都不比其他动物明显“优越”。任何物种都不会只有两个较近的亲戚，一种在上，一种在下。尽管物种的关系在每一种情况中会有不同，但是每一物种都会有很多近亲。这样一种关系系统不能表述为一纬的链，至少要求有二纬。林奈事实上在一张地图上画出了物种关系与相应国家之间的联系。
最初有人提出，物种之间的近缘关系只不过是上帝计划的一个正式的部分，但是建立这种偶然联系程度的相似性非常明显，诱使博物学家猜测属的形成是否就是因为一种单一的原型逐渐地分成一些密切相关的类型。林奈最初坚决地否认这种看法，但是他最后则承认一个属中的种由于不同环境的作用会呈增殖这个概念。或许由于没有充分认识到这样作的全部后果，他因此动摇了关于种和变种的区分。在有些情况下，区域的条件能产生很大的作用，使变种最终成为一个明显的新种。于是，如何能说清楚哪个物种是上帝原创的，则成为一个非常棘手的问题。
通过外界条件的作用产生新物种当然是一种进化，但是当时认为物种的增殖也可能是由于其他机制，林奈更加强调这一点：杂交（Robert，1929；Glass，1959b）。物种一般产生出完全一样的类型，但是不同形态之间的类型进行杂交，产生的类型就不一样了，骡子就是最为人们所知的一个例子，当然骡子是不育的，并不是由于马和驴的杂交直接产生的一个新种。但是林奈和他的学生最后还是相信，在植物界，两个物种可以杂交，产生出本身可以生殖的一种杂种。因为这个杂种与双亲不同，因而会构成一个新种。发现的第一个例子是云兰属植物中的一个新种，这是林奈的一个学生发现的，命名为Peloria(Rudberg，1752；mann，1756)。林奈在其1756年所著“论植物的性别”（收录在Linnaeus，1749—90，卷10）一文中提出，在上帝最初的创世中，每一个属中只有一个种作基础，属中种的增殖是自然的杂交过程。
图8.林奈的杂交体系
A，B和C是最初创造的物种，而且一直保持着正常的繁衍。在某一时间，B的雌体接受来自A 的花粉而受精，产生出杂交物种B1，然后B1又正常繁衍。林奈相信，在这种杂交中，母本将决定杂种的基本性状，而父本只对一些表面性状有影响。在这个案例中，杂种属于和B属相同属中的一个新物种。后来B的雌体又与C的雄体杂交，产生出第二个杂交物种B2，B2也是B 属中的成员。当然，如果A和C的雌体与其他物种的雄体交配，也可以产生出它们自己的杂交变种。A－B－C的顺序并不代表一个存在的链条，所以，任何原初类型都可以与其他类型杂交，产生出同一属中全新的新物种系列。
其他学者则入认为，林奈所指的杂种只有略微的变化，或者是不育的形态（K？lreute r，1761—1766；Adanson，1779）。尽管人们一般都承认通过杂交有可能产生新的种，但是直到今天才真正接受这种看法。林奈探讨杂交现象作为物种数量增多的方式这个事实表明，对于18世纪涉及生命起源问题的人来说，有很多选择。他相信自然的基本结构仍然是上帝创造的最初遗传形态决定的，但是通过杂交的自然过程，无需神的干涉，就可以填补了上帝计划中细节上的空缺。至少自然的有限发展是可能的，而分类系统要反应真正的、而不是形式上的关系。
新的发生理论
虽然林奈的系统在实际应用中颇有建树，但是他试图使博物学家远离机械哲学的努力并没有取得特别的成功。一直有人热情地试图从物理学角度解释生物是如何活动的。笛卡尔的最初方案强调需要探讨宇宙中任何结构的机械起源，也有人提出了解释地球起源的理论。一些更激进的思想家注定会有野心把生命的发生也包括在机械论的纲要中，挑战上帝创造预先存在的种源学说。抛弃笛卡尔自己的物理学，赞成牛顿的物理学，这样最终对于整个笛卡尔纲要是有利的。因为牛顿已经提出了神奇的万有引力，万有引力可以通过一定的空间距离起作用，这时，这种构成“机械”系统的概念更加成熟。身体不再只是钟表上的零件，身体可以受到更复杂的（但仍然是物理学的）力量控制。一旦用牛顿的新物理学猛攻法国文化的堡垒，就会有人首次努力通过自然力解释发生。
如果生命体是由自然力、而非预先存在的种源形成的，那么就可能提出许多观点。按照邦内的理论，上帝创造出一系列种源，保证了物种的固定不变，但是假如发生是一种物质过程，这种保证就不会存在。如果亲体发生了变化，那么通过新胚胎形成的过程，是否有可能将这种变化传递下去？而且假如这种“获得性”遗传了许多代，难道不会改变整个物种的结构？除了自然转变之外，还有更令人激动的前景：解释地球上生命的起源。如果可以用物质过程解释一般的发生，难道我