代进化论的要旨就是，无需借助超自然的目的，就可以解释现存生物的结构。达尔文设想出自然选择的机制，以表明凭借日常的自然力，生物就可以适应不断变化的环境，而无需认为预先确定的目的决定了生物变化的过程。现代生物学家认为，甚至在最基本的层次，即生物产生于非生物物质的过程，也是自然的。这是一个“化学进化”的过程，在这一过程中，产生出更复杂的物理结构最终具备了生命的特征。
重要的是要注意到，即使不依据《圣经·创世纪》中的故事，“来自设计的论据”也可以存在。许多19世纪的古生物学家都认为，新物种的起源是超自然的过程，他们援引来自设计的论据，只不过他们相信新形态的产生发生在地球历史的不同阶段。有人可能提出更为精致的看法，认为造物主试图使现存的地球结构呈现出创造宇宙时的原初形态。按照笛卡尔的“机械论哲学”的解释，地球是广延在空间的物质以自然的方式形成的——然而却是上帝创造了最初的广延和控制物质活动的法则，上帝还清楚地预见到终极结构，因而可以说，是上帝设计了物质进化过程本身。甚至达尔文也接受是上帝创建生命进化基本定律的概念，只不过达尔文被迫承认真实发生的生命进化细节不是神能预见的。真正的问题是自然选择，在一个“生存斗争”的宇宙中“适者生存”，这听起来太不像一个仁慈的上帝在确定造物结果时所能选择的机制。
放弃奇迹
《创世纪》的创世故事显然意味着要相信上帝不仅设计了宇宙中的万物，而且在控制万物的形成中起到了直接的作用。《圣经》中的奇迹概念并非要确定造物主在最初创世中的作用，而是表明上帝的干预无时不在，贯穿于世界历史的整个进程。我们注意到，为了与这种看法相呼应，早期的一些古生物学家情愿承认在每一个地质时期的开始，都存在上帝的干预，他们依此来解释新物种的产生。然而，生物进化论就是要抛弃任何对世界进行超自然干预的看法，因为生物进化论提出仅凭自然力本身就足以创造出新物种。在达尔文及其追随者看来，只有接受“自然论”的策略，才能科学地探讨物种起源的问题。只有当自然解释无法使进一步的研究得出令人满意的假说时，超自然的解释才会有吸引力。奇迹被定义为断然违反正常的自然法则，利用科学的方法无法研究奇异。在解释世界上一些结构的起源时承认奇迹的发生，就是被迫承认有些现象我们无法理解，除非我们接受超自然启示的观点。
放弃超自然观点的最直截了当的方式就是放弃上帝设计的观点。前面提到的机械论哲学除了涉及到宇宙初始的状况时，不再需要援引超自然的动因，但是，机械论哲学通过设想是造物了创造出自然法则，自然法则创造出我们观察到的万物，进而保留了上帝设计的观点。这种机械论的看法将宇宙比作一个巨大的钟表，“钟表匠上帝”造就了这个钟表，并使其准确地朝着既定目标运转。按照这种观点，上帝一俟完成了创世，就不再会介入，这种宗教哲学叫做“自然神论”。相反，许多宗教思想家都相信上帝肯定无时不介入到宇宙中，这种哲学叫做“自然神论”。甚至有人或许认为自然法则之所以连续不断地在起作用，只是因为自然法则符合上帝的意愿。在这种情况中，不太容易清楚地区分开自然法则和奇迹，因为二者都是神威的体现，一方在连续不断的起作用，另一方则不定时地进行干扰。19世纪的一些生物学家曾试图提出一定存在着特殊的“创世法则”，上帝利用这一法则不断地决定着生命的发展，因为这种法则中包涵了神的预见性。对于达尔文来说，这种法则比奇迹更糟，因为它允许非机械的超自然力量不断地干涉自然的正常运作。要使科学能够成立，就必须承认自然法则，承认只有以机械论的方式在起作用的自然法则是唯一的控制因素，承认是过去（而不是未来）以正常的因果律的形式控制着现在。援引上帝的预见来解释进化的趋向，无异于要科学家放弃探讨自然原因的责任，像头脑简单的人那样去相信奇迹的存在。
将人类纳入自然序列
《圣经》告诉我们，人类是创世中最后的产物，是上帝想象的产物，而且人类被赋予了统治其他自然物的权力。基督教强调了人类的优越性，提出在所有的动物中，只有人的生命物体中被赋予了灵魂。人类立于自然之上，而不是居于自然之中。进化论则强调人类是动物界中的一员。人类的性状发达状况可能远远超越其他物种，但是人类在其发展过程中，与其他生物建立了联系，在人类的发展过程中，并没有突然引入全新的因素。对于那些希望无论在人类的天性中是否看到明确的精神成份但仍强调人类具有更高等特征的人来说，进化论提出了一些至关重要的问题。能不能不将我们的道德和伦理信念解释为自然进化的结果？或者是否因为道德和伦理信念的存在，至少表明自然造成了一种有能力超越仅为生存斗争的生灵？社会达尔文主义之所以带来不幸影响，就是相信因为它认为人类的所有性状都是自然进化过程的产物。当社会生物学按照自然选择解释明显的利他行为时，又引发了类似的问题——难道这意味着可