四十一年（1613年），秦良玉丈夫马千乘死于政府狱中。《明史》记载说，石柱部民状告马千乘，明廷把他逮入云阳狱，不久马千乘病死其中。但他真正的死因，其实是北京万历帝派来的监税太监丘乘云向石柱索取贿赂，马千乘自恃于朝廷有功，不予。这下可羞恼了丘公公，他指使手下捏造罪名，把马土司逮捕入狱，活活折磨而死，时年仅四十一岁。
一下子变成孤儿寡母，秦良玉含泪忍痛。她大义为重，殡敛丈夫后，未有生出任何反叛不臣之心，反而代替丈夫任石柱土司，忠于职守。《明史》中这样赞诩秦良玉：quot; （其）为人饶胆智，善骑射，兼通词翰，仪度娴雅。而双下严峻，每行军发令，戎伍肃然。quot;万历四十四年（1616年），女真酋长努尔哈赤在赫图阿拉（今辽宁新宾县）建立quot; 大金quot; （后金），开始连连发动对明朝的进攻。两年后，萨尔浒一役（战场在今辽宁抚顺以东），明军惨败，诸营皆溃。自此之后，驻辽明军几乎是闻警即逃。
东北告急，在此大背景下，明廷在全国范围内征精兵援辽。秦良玉闻调，立派其兄秦邦屏与其弟秦民屏率数千精兵先行，她自己筹马集粮，保障后勤供应。
为此，明廷授秦良玉三品官服。
沈阳之战中，秦氏兄弟率quot; 白杆兵quot; 率先渡过浑河，血战满洲兵，大战中杀辫子兵数千人，终于让一直战无不胜的八旗军知晓明军中还有这样勇悍的士兵，并长久为之胆寒。由于众寡悬殊，秦邦屏力战死于阵中，秦民屏浴血突围而出，两千多白杆兵战死。但也正是由此开始，秦良玉手下的石柱quot; 白杆兵quot; 名闻天下。
得知兄长牺牲消息后，秦良玉制一千多件冬衣，配送给远在辽地的石柱兵。
然后，她自统三千精兵，直抵榆关布防（今山海关），控扼满州兵入关咽喉。明廷兵部尚书张鹤鸣为此专门上奏天启帝，追赠死难的秦邦屏都督佥事，立祠祭祀。
不久，明廷又诏加秦良玉二品官服，封诰褒奖。
由于quot; 白杆兵quot; 战斗力强，明廷再下令征兵两千。秦良玉闻诏即行，与弟弟秦民屏驰还石柱，征调士兵准备援辽。
抵家仅一日，重庆内乱。永宁土司奢崇明借奉诏援辽的名义，率数万人马与其女婿樊龙里应外合占据了重庆，并发兵围攻成都，大有关门关皇帝的意思。由于同为quot; 土司quot; 乡亲，奢崇明派人携大笔珍宝来石柱与秦良玉quot; 通好quot;.秦良玉二话不说，立斩贼使。她派遣秦邦屏及其二子溯流西上，度渝城后，忽然抵至重庆南坪关，扼制贼兵归路。趁天黑敌军无备，quot; 白杆兵quot; 突袭贼军驻于长江和嘉陵江上的水军，尽焚其舟。同时，秦良玉分兵守忠州，驰报夔州官军密防瞿塘天险，阻遇叛军沿江东下。
正是由于这位女中丈夫的调度有方，奢崇明叛军终于难成气候，出战即败。
但当时川地有一带诸土司quot; 自治quot; 部落皆收受叛军贿赂，大多数逗留观望，惟独秦良玉率石柱兵奋勇直前，连获红崖墩大捷、观音寺大捷以及青山墩大捷。如此一来，不仅成都围解，重庆也很快得以收复，叛乱得平。
明廷叙功，秦良玉得授总兵一职，成为方面大将，她的兄弟和子侄皆获擢升。
川地底定之后，鉴于作战中明朝官军的quot; 熊包quot; 表现，秦良玉上书奏称：quot;臣率（秦）翼明、（秦）拱明（她的两个侄子）提兵裹粮，累奏红崖礅诸捷。而（明朝官军）行间诸将，未睹贼面，攘臂夸张。及乎对垒，闻风先遁。败于贼者，唯恐（别）人之胜；怯于贼者，惟恐（别）人之强。如总兵李惟新，渡河一战，败衄归营，反闭门拒（见）臣（秦良玉自称），不容一见。（李惟新）以六尺躯须眉男子，忌一巾帼妇人（自称），（其）静夜思之，亦当愧死！quot; 疏上，由于明廷正需石柱这样的地方力量，天启帝quot; 优诏报之quot; ，并下令文武大吏对待秦良玉皆要以礼相待，不得疑忌。
感动之下，秦良玉更加为明廷卖命，其弟秦邦屏不久即在陆广做战中战死沙场。
崇祯三年（1630年），皇太极攻榆关不入，便率十万辫子军绕道长城喜峰口入侵，攻陷遵化后，进抵北京城外，连克永平四城，明廷大震。
秦良玉得到十万火急的勤王诏书之后，即刻提兵赴难，星夜兼程，直抵宣武门外屯兵。当时，闻诏而至的各路勤王官军共二十万有余，但都畏惧满洲兵的狠武，无人带头出战。秦良玉quot; 白杆兵quot; 人数虽然仅有数千，但一直为满洲兵所忌惮。昔日浑河血战，让大辫子们再也忘不了这些身体矮小手持超长锐矛的士兵。
因此，quot; 白杆兵quot; 呐喊冲杀之际，满洲兵心自发怯，加上明军中又有孙承宗这样的老将作配合，最终迫使皇太极连弃滦州、永平、迁安、遵化四城，撤围而去（山海关未能攻下