南京，最起码可以把东南一带富庶地区占为已有。但不知为什么，李自成走到河南内却耽误了不少时间，估计是临行前士兵们拖家带口拉金银，严重拖慢了行军速度。
不久，清军阿济格部逼近，农民军在三月中旬往湖北方向逃窜。清军边追边打，共交手八次，每次均以“大顺”军告输为结果。
李自成部队打不过清军，却渡过长江在荆河口大败左良玉部明军，吓得这个一直“养寇自重”的军阀率部移向南京。他借“北来太子案”为由，要找弘光小朝廷算帐。大敌当前，他不思同仇敌忾，反而与自己人“窝里反”，左良玉的人品可见一斑。
这样一来，“大顺”回光返照，武昌、襄阳均落入李自成之手。他集军二十万，准备攻取南京。
清军没有给李自成机会，未等农民军喘息，已经追至武昌。李自成只得弃城接着逃。
四月下旬，在江西九江附近的一次大战中，农民军大败，数万人被杀，李自成的两个堂叔以及大将刘宗敏皆被俘后剐杀，“活神仙”宋献策也投降了清军。
此前，“大顺”的“宰相”牛金星见势不妙，悄悄溜走，跑回儿子牛佺处躲蔽。
由于牛佺降附清军并被任命为黄州知府，没人追究牛金星过去“助贼”的事情，牛老爷子善终于家。满清朝廷中也有汉官惦记他，先后有两名给事中上疏多尔衮，要求清廷逮捕牛金星这个流贼宰相，把他父子处斩。多尔衮不同意，斥训道：
“流贼伪官，真心投诚者多能效力，此奏殊不合理！”如果不是牛金星在李自成“朝中”官阶太高，如果不是怕惹起前明官员反感，说不定满清还会给他大官作。
湖北、江西等地大败，农民军消耗极大，李自成身边仅剩下万把人。这时候，清军多铎部已经自河南商丘和安徽泗州分头行军直扑南京，东下水路因无船也走不了，李自成只好掉回头往西南方向跑，想穿越江西西北部转战湖南。反正流贼当惯了，逃跑对他来说不是一件辛苦事儿。
五月初四这天，农民军大队人马行至湖北通山县境。李自成命令手下军人就地扎营造饭。他胡乱吃了几口，就率二十八名亲兵在附近九宫山一带转悠，一来消遣愁绪，二来察看地形。
附近的山民听说有贼人到，而且人数不多，只有数十骑，就纠集了数十人来杀。这些农民，后来被极左御用文人们描绘成“地主团练武装”，完全是瞎掰，他们其实都是老实巴交的农民，多年遭流贼之害，一直怒气满胸。最重要的是，他们根本不知道有数千农民军在附近，只以为是一股几十人的流窜贼军，故而有胆上来厮杀。如果他们知道对方其中一人是“大顺皇帝”，如果他们知道附近有数千“贼军”，吓死他们也不敢出头。
结果，李自成正在欣赏雨后青山绿水的风景，山上的村民突然出现，纷纷抛举大石往下砸。李自成从骑受惊，人马立刻惊散。
苍猝之间，李自成拍马就跑，与手下二十多人完全失散。逃到牛背岭，慌不择路，又遇山间小气候的滂沱大雨，李自成坐骑陷于泥中走不动，他只好下马牵坐骑深一脚浅一脚前行。
农民程九伯见李自成一人，又有匹好马，勇心百倍，嗷得一声窜出来。李自成毕竟百战大将，反应自然灵敏，就徒手与手持锄头来杀的程九伯格斗起来。
两个人一打，程九伯当然不是李自成对手，被对方骑在身下。李自成压住程九伯，回手抽刀，但刀鞘中因雨水沾泥，一时间拔不出刀来。此刻，程九伯外甥金二狗赶到，他见舅舅被一个大汉骑在身下要挨宰，情急之下，抡起铁铲冲李自成砍去，忽的一声，一下子削去“大顺皇帝”半个脑袋。
至此，舅甥二人欢欢喜喜，不顾李自成血乎流烂白红脑浆泛滥的尸体，牵马而去。
后来，李自成余部被活捉，地方官府知道了山间的尸体乃李自成，就多次到山中晓谕，表示说杀李自成者受大赏。
程九伯起初不敢自认，后来听说李自成的样子和被杀地点与自己当天所遇一模一样，才大着胆子出山“认功”。由此，他不仅获赏银千两，还得到清朝总督的“亲切接见”。这时候，程九伯才由山民变为“地主阶级”。
一下岗驿卒死于一农民之手，结局充满了隐喻般的黑色幽默。
李自成残部刚刚吃饱饭，跑回的一个卫兵哭诉“万岁爷被乡民杀死”，一时间农民军满营痛哭。然后，他们化悲愤为力量，这数千农民军在附近州县毁庐杀人无数，以泄痛愤。可叹这一切，杀人“真凶”程九伯根本不知，与外甥一起在山中小屋看着草地上的大马傻笑。
至于日后流传的李自成病死或出家之说，均是野史逸闻。清初以来无数考家考证推断，确系无稽之谈，把简单之事弄复杂而已。
吃人“黄虎”天煞星张献忠一讲“变态”，现在的人都会联想到性方面。其实，从心理学角度分析，嗜杀、自虐、他虐等行为，也是“变态”的一种，是人类原始欲望的一种爆发，是人类动物性潜在留存的暴露。这些变态的人，在他自己的意念中，他不仅认为可以控制自己的生活