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刘瑾正在熟睡，宫廷禁卫军撞门而入，刘瑾惊起。军将也不多说，命令刘瑾立刻受逮入狱。
刘瑾倒不是特别惊惶，问：“皇上在哪里？”
军将回答：“在豹房。”（其实是和张永在一起）。
刘瑾对家人说：“这事真是可疑！”但有诏逮人，他不得不从。
转日，众臣上朝，不见了大太监刘瑾，交头结耳，似乎知道了他已经“出事”
，但没什么人敢声张。京城内情势也很紧张，巡逻士兵大批大批骑马上街，交驰于道，严防刘瑾党羽生变。
起初，明武宗并没想杀刘瑾，毕竟多年老伴当，没功劳也有苦劳，没苦劳也有疲劳。
听说要把自己发配凤阳，刘瑾写信向明武宗哀乞，说自己被捕时没穿什么衣服，想让家人回家捎两件衣服给自己，以此试探皇上意思。
明武宗见帖，顿起怜意，命人交还刘谨故衣百件。刘瑾得意，对看望的家人说：“我仍不失为一富太监矣。”
张永知道这件事，心内大惧，知道不马上重办刘瑾，哪天皇上“回心转意”
，刘公公又会卷土重来要自己的命。
于是，张永下令有司以最快速度对刘瑾家宅进行抄搜。结果，“得金二十四万锭，又五万七千八百两。元宝（白银）五百万锭，又一百五十八万三千六百两。
宝石二斗，金甲二，金钩三千，玉带四千二百六十二束，金汤盒五百，蟒衣四百七十袭……“，清单送上，这些骇人听闻的财物，并未让明武宗感到愤怒。
让他勃然大怒的，是看到下列抄家搜得的东西：盔甲三千，衣甲千余，弓弩五百。
最终要刘谨性命的，是搜得平日刘瑾在宫中陪侍皇帝时的一把扇子，让明武宗惊怒异常：扇骨内藏锋利匕首二枚！
“这王八蛋果真要造反啊！”武宗皇帝拍案顿喝。于是，他下令锦衣卫、法司把刘瑾押至午门，命朝臣廷讯。
刘瑾仍大大咧咧不在乎。在午门跪定，听闻给事中李宪也弹劾自己，他笑了，大声说：“李宪出自我门下，他也来弹劾我！”
刑部尚书刘璟素怕刘公公得紧，此时也噤口不敢开言。
见百官呆呆沉默，泥塑木偶一般，刘瑾更来了精神，大言道：“满朝公卿，皆出我门，谁敢审我？”众人闻言屏息。
此时，驸马都尉蔡震上前，扬手给了刘瑾一个嘴巴，怒喝道：“我乃国戚，不出汝门，待我审汝！”
此时，内廷又有武宗旨意传出，“打四十”。于是，五棍一换打，八名大汉轮打，一顿杀威棒，终于打消了刘瑾的嚣张气焰。
蔡震问：“为何家中藏甲？”
刘瑾：“用来保卫皇上。”
蔡震大喝：“藏甲于自己家中，如何保卫皇上！”
刘瑾语塞。这时，又有官员上前宣读抄家所得禁物，刘瑾知道事已毕露，只得承招。
由于又挨打又挨夹棍，最后画押时，刘公公连笔也拿不住，揉手半天，才颤巍巍画成一个十字，算是画招认罪。
“既上狱，（皇）上命毋覆奏，凌迟之，三日枭其首，榜狱辞、处决图于天下。”
至于刘瑾受刑挨剐的详情，正史皆略，但当时监斩官张文麟为刑部河南主事。
此人文人出身，退休后写书，详详细细记录了刘公公被剐三千三百五十七刀的经过：
（刘瑾）凌迟刀数例该三千三百五十七刀（不知是怎样“科学”计算出的如此刀数），每十刀，一歇一吆喝（类似卖肉表演），头一日，例该先剐三百五十七刀（先剐零头，后来好计数）。（所剐之肉）如大指甲片（大小），在胸膛左右起，初动刀则有血流寸许，再动刀则无血矣（刀少，血易凝结）。（旁）人言，犯人受惊，血俱入小腹小腿肚，剐毕开膛，则血皆从此出（不知是否合医理）。
至晚，押（刘）瑾至顺天府宛平县寄监，释缚数刻，（刘）瑾尚能食粥两碗（保留元气，留待慢慢剐），反贼乃如此。次日，则押至东角头（第一日在西角头）。
先日，（刘）瑾受刑，颇言内事（泄露国家机密，骂领导人），（现）以麻核桃塞口，数十刀气绝……奉圣旨，刘瑾凌迟数日剉尸免枭首……，剉尸，当胸一大斧，胸去数丈。
张文麟目见耳闻，当可足信。但就是凌迟数与天数含混，他笔记中只记录凌迟当日和次日，依理应凌迟三天。第一天剐了三百五十七刀，而他描写次日时，“数十刀气绝”，不知是如何凑算成律定的“三千三百五十七刀”，可能是漏记，也可能行刑记数另有讲究，但有一点非常可信：刘公公以近六十之年受剐，死得非常非常痛苦。但想想他从前害死那么多人，四位朝中御史犯小过也被他凌迟，就觉得这也真是上天有眼，罪有应得。
行刑之时，昔日受害家属“争买其肉啖之，有以一钱易一脔者。”生吃仇人肉，也算替亲人报仇了。刘公公日日山珍海味，身上之肉味道应该不算质量太差。
况且他又是阉人，定无膻气