学田收租，以充经费，教学以自学为主，采取自学、共同讲习和教师指导相结合的形式进行，理念是为了教育、培养人的学问和德性，而不是为了应试获取功名，后由朝廷赐敕额、书籍，并委派教官、调拨田亩和经费等，逐步变为了多为习举业而设的半民半官性质的地方教育组织。
元朝时，书院制度极为兴盛，书院遍及各路、州、府，专讲程朱之学，并供祀两宋理学家，这是元代统治者从蒙古南下入主中原后，出于缓和阶级矛盾、进行文化控制的需要，元代统治者十分重视文化教育，其表现之一便是大力提倡理学，奖励书院，因而书院在元代得到了很大发展，但另一方面，官府对书院控制严密，自由讲学风气不浓，书院充满了官学气。