金朝，命岳飞退兵.岳飞给朝廷的报告说：“金人锐气丧失，气急败坏，把装备粮草全部丢弃，疾走渡河.而我军将士听命效劳，所向披靡.时不再来，机难轻失。’要求乘胜进军。秦桧深卸岳飞抗金意志不可夺，就先撤张俊、杨沂中的军队，而后说岳飞孤军不可久留，严令迅速退兵。赵构、秦桧一天之内连下十二道金字牌（用木牌朱漆黄金字，使者举牌疾驰而过，车马行人见之，都得让路，一天要走五百里，用它传送最紧急的军令诏令），紧催撤军，岳飞愤慨惋惜地哭着说：“十年之功，废于一旦！”下令忍痛退兵。人民拦马痛哭，岳飞悲泣。以赵构、秦桧为代表的南宋投降派是实权派。他们既担心抗金战争的顺利发展会激起女真贵族的不满，也忧虑岳家军的迅速壮大，会威胁他们的统治地位，因此，胜利在望之际，迫令岳飞撤退。
绍兴十一年四月，秦桧唯恐重要将领难于驾驭，就想法收他们的兵权，以扫除不利于他投降活动的障碍。于是密奏召三大将韩世忠、张俊、岳飞入朝，“论功行赏”。三将到临安，韩世忠、张俊被任命为枢密使，岳飞为副使(枢密使、枢密副使都是负责军国要政的)。明升官职，实解兵权。同时还撤销了专为对金作战而设置的三个宣抚司。
宗弼得知秦桧解除三大将兵权，自毁长城的消息后，就乘机一再对南宋进行军事威胁。他通知赵构说，各路大军水陆并进，南下问罪，示意，如肯顺降，须以淮水为界，把淮水以北土地和人民割让给金国。绍兴十一年(1141年)九、十月间，秦桧按金人授意，兴起岳飞之狱。他派谏官万俟卨收集伪证，组织狱词，罗织罪名。秦桧又串通张俊，收买、勾结岳家军重要将领张宪部将王贵、王俊等人，秉承秦桧意旨，诬告张宪欲据襄阳为变，以谋恢复岳飞兵权。张宪遂被捕入狱，将岳飞，岳云父子也送大理寺（南宋最高审判机关）。岳飞被捕后，秦桧加紧投降活动。十一月，宗弼派萧毅到临安，提出“划淮为界，岁币银绢各二十五万，割唐、邓二州’为议和条件。这就是宋金第二个和约，史称“绍兴和议”。
和约签订后，秦桧按照皇帝意图，变本加厉地迫害岳飞等人。岳飞被捕已两月有余，“罪状”还没编造好.一天，秦桧独居书室，吃了柑子，用手指划柑皮，若有所思。秦桧妻王氏素来阴险，看见秦桧的动作就讪笑着说，“老汉怎么一直没有决断呢！捉虎容易，放虎难哪！”秦桧听懂了王氏的意思，写一张小纸片送狱吏。岳飞当天就死在狱中，岳云、张宪被杀于市，这一天正是绍兴十一年十二月二十九日（1142年1月27日）。秦桧深恨岳飞多次声言和议失策，又上书赵构要求制定国家大政方针。这都与秦桧的投降政策相违背，所以秦桧总想杀掉他。岳飞被捕，有正义感的臣民愤愤不平。岳飞将被害时，韩世忠十分气愤，质问秦桧，岳飞父子究竟犯了多大罪，事实如何，有什么证据?秦桧说：“莫须有”（莫须意思是难道没有吗？并不是可能有的意思）。韩世忠说：“莫须有三字，何以服天下?”这时韩世忠已罢枢密使之职，他满腔愤患，只得骑驴载酒绕西湖了。岳飞被害后，家属流放岭南，被株连者或坐牢或流放，或死于狱中，相反，凡跟着秦桧陷害岳飞的，都各有升迁。总揽大权，排除异已。
当时秦桧既已“挟虏势以要君”，既已能把赵构玩弄于股掌之上，则其权势之伸展和渗透到政治、军事、财政、刑法各个方面。自亦是“事有必至，理有固然”。单就刑法这一方面来说，则如徐自明的《宋宰辅编年录》卷十六于秦桧死后所概括叙述的：
法寺禁系公事，并不遵用法律，唯视秦桧一时之私意，死则死之，生则生之。笞、杖、徒、流，一切希望(秦桧)风旨。故桧权益重，势益盛，天下之人益畏而忌之。
秦桧死后不久，在赵构所发布的一道诏令中，对秦桧的擅生杀之权的事也已经加以揭露了。据《建炎以来系年要录》卷一七○，绍兴二十五年十二月甲申(1156年1月5日)载：
诏：命官犯罪，勘鞫已经成，具案奏裁。比年以来，多是大臣便作“已奉特旨”，一面施行。自今后，三省将上取旨。
这里面的所谓“大臣”，当即专指秦桧而言；所谓“便作‘已奉特旨‘”，实即“假传圣旨”亦即“矫诏”的同义语。在此诏中虽则未将岳飞狱案明确指出，但其必然把这一狱案包括在内，却是断然无疑的。在《宋史·刑法志》（二）当中，就更明确地指出，岳飞父子和张宪的冤狱，完全是由皇帝所造成的。其文曰：
诏狱本以纠大奸慝，故其事不常见。……（绍兴）十一年，枢密使张俊使人诬张宪，谓收岳飞文字，谋为变。秦桧欲乘此诛飞，命万俟卨锻炼成之。飞赐死，诛其子云及宪于市。……
广西帅胡舜陟与转运使吕源有隙，源奏舜陟脏污僭拟，又以书抵桧，言舜陟讪笑朝政。桧素恶舜陟，遣大理官往治之。十三年六月，舜陟不服，死于狱。
飞与舜陟死，桧权愈炽，屡兴大狱以中异己者。名曰诏狱，实非诏旨也。其后所谓诏狱，纷纷类此，故不备录云。
与当时的许多史实联系