多次政治纷扰，秘书丞卫恒在从事“考正”时际被杀，使整理的进度大受打击，由卫恒的好友佐著作郎束皙续成。最后负责官员把史书纪录的部份整理好，并将之命名为《竹书纪年》。《竹书纪年》多记晋国与魏国之事，一般将此书看成是魏国的史书。
由于《史记》采用纪传体来记述事件，竹书纪年的出现，可以从另一角度审视史记内容，如“夏启杀伯益”、“太甲杀伊尹”、“文丁杀季历”、“共伯和干王位”，与史书有极大差异。
如“（殷）祖乙胜即位﹐是为中宗”，与《史记·殷本纪》等以中宗为太戊不同，但与甲骨文“中宗祖乙”的称谓却完全相合，可见竹书纪年的史料价值甚高。
所以，《竹书纪年》对史学界的震撼，在于它所纪录的史料与《史记》所描述的不单只内容不同，而且价值取向相异。竹书纪年描述了从夏朝到战国时期历代所生的血腥政变和军事冲突，根据《史记》所记载，商朝太甲被伊尹囚禁年后，伊尹见太甲改过自新，便郑重的将国家交给他。太甲复位后，沉痛接受教训，成为了一个勤政爱民、励精图治的圣君。不过，《竹书纪年》对此却有不同的描述：伊尹放逐太甲后，自立为王，7年后，太甲潜回杀掉篡位的伊尹，并改立伊尹的儿子伊陟和伊奋继承伊家。
造成这个情况的原因也有很多，第一方面是孔老二一直以来就不断为人垢弊的事情，改史或者编造史书。
当然，从根本上来，孔子在写《春秋》的时候，删去了自己认为消极的记载，想以此促进社会积极展。
站在孔子的角度，要宣扬礼仪仁义，自然要写积极意义的东西，促进人们对于礼仪道德的追求。
所以相较于孔子所，上古圣皇道德高尚，乃是他认为的圣人。自然是遵从禅让制度，挑选贤能道德贤人禅位。
然而事实上以禅让为例来。禅让在儒家伦理道德治国体系中的作用十分重要，它是以礼以仁治国的典范，而实际上《竹书纪年》记载却是：“昔尧德衰，为舜所囚”，还“后稷放帝朱于丹水”后稷就是弃，周人始祖，舜的亲信，显然是舜监禁了尧，流放了尧的儿子才登上王位的，哪里有什么禅让？《韩非子·疑》一言以蔽之：“舜逼尧，禹逼舜，汤放桀，武王伐纣，此四王者，人臣弑其君者也。”
此外，很多的文臣猛将就像前面的伊尹，或者“夏启杀伯益”、“太甲杀伊尹”、“文丁杀季历”、“共伯和干王位”等事件，都是属于不利于儒家礼仪，道德展的内容，所以被他修改成那种模样。
竹书纪年的诸多记载颇为特异，与传统的正史记载不同。五帝纪，关于舜的记载，就跟史记等正史所载的有德之君舜的形象大为不同。引述如下：
昔尧德衰，为舜所囚也。
舜囚尧于平阳，取之帝位。
舜放尧于平阳。
舜囚尧，复偃塞丹朱，使不与父相见也。
…………
夏纪所载则是系统前面介绍过的情况，与《史记》只是记载“太康失国”不同，还记录了羿的事情。让羿代太康，成为夏王朝统治者的这些旧事得以重见日。
殷商最大的不同自然是在于伊尹的那一段了。
周纪最与《史记》不同的就是共和行政的记载。按照史记等正史所载，共和行政就是周厉王被国人赶走之后，周公、召公二相共同执政。而周纪则是共伯和行子之政，即共国的伯，名和者，摄行君位。这似乎更合乎“共和行政”的法。
另外，还有完整的穆子史事，以及记载了周幽王死后，两王并立的史事。乃至是穆子北征犬戎，西征昆仑丘，见西王母都是有记载的。由此可见，《穆子》的内容虽然有很多神话的内容在其中，但是刨除掉一些荒诞不经的东西以后，还是能得到一些史实内容的。
《穆子传》主要记载周穆王率领七萃之士﹐驾上赤骥﹑盗骊﹑白义﹑逾轮﹑山子﹑渠黄﹑骅骝﹑绿耳等骏马﹐由造父赶车﹐伯夭作向导﹐从成周出﹐越过漳水﹐经由河宗﹑阳纡之山﹑群玉山等地﹐西至於西王母之邦﹐和西王母宴饮酬酢的神话故事。其中的成周﹐经学者研究﹐认为是指洛邑﹔穆王的西行路线﹐当是从洛邑出﹐北行越太行山﹐经由河套﹐然后折而向西﹐穿越今甘肃﹑青海﹑新疆﹐到达帕米尔地区（西王母之邦）。
而在《竹书纪年》之中，穆子出征，造父随行驾车，会见西王母，这些内容都是切实存在的。
另一方面来，从《竹书纪年》第一次出土的情况不难看出，两汉时期乃至是汉末三国时期是没有这个流传的。
根据《晋书·卷五十一列传第二十一·束皙》记载，在晋武帝太康二年，名叫不准的汲郡人盗墓，得到墓冢的竹简数十车，皆以古文记载，史称“汲冢书”。其中有记载夏商周年间的史书十三篇，晋人初名之“纪年”（又称“汲冢纪年”）。
中书监荀勗﹑中书令和峤奉命将散乱的竹简排定次序，并用当时通用的文字考订释文，遂有初释本竹书纪年。又称“荀和本”。
若是晋朝时期有流