应该参加学生运动，而是以怎样的心态参加学生运动。
1918年，蔡元培为学生刊物《国民杂志》撰稿时写道：“让学生们承担国民的义务是《国民杂志》渔扬的观点。但是如果学生的职责仅仅是读书的话，他们又怎能牺牲用于学习的时间和精力去承担平民百姓应有的义务呢？答案是：学生是被他们自己拳拳的爱国热忱所驱动。这个国家的大部分民众对国家的命运漠不关心，似乎国家的前途与他们毫无关系，但还是有一部分社会中坚把为国家服务视为己任。理解这种爱国情操并真诚地为国家强大而努力奋斗的人毕竟只占少数。如果学生不能帮助这少数爱国志士去唤醒麻木的民众，那又有谁能行呢？学生们宁愿牺牲自己的学习时间和精力来办好这个志在救国的杂志，他们的诚挚不能不令人钦佩。”显然，他肯定了学生的参与精神，并意识到在现代中国这一特定时空中，再来当隐士是不可能的了。他看到了学生身上的朝气和活力，而且被其深深地感动。
在1920年所作的一次题为（学生的责任和快乐）的演讲中，蔡元培则从另一个角度阐明自己的观点：“我再回溯到‘五四’运动以后，我们一般学子受了这种感触，其中由自觉到觉人的很不少，至若学生去岁干预政治问题，本是不对的事情，不过当此一发千钧的时候，我们一般有知识的人，如果不肯牺牲自己的光阴，去唤醒一般民众，那么，中国更无振兴的希望了。但是现在各位的牺牲，是偶然的，不得已的。若是习以为常，永荒学业，那就错了。还有一层，现在各位为社会服务，这也算分内的事情，不一定要人家知道，只要求其如何能尽自己的责任，并且不要以此为出风头，沽名誉的器具。……对于读书和做事，都要有一种诚心，凡事只要求其尽责在我，不可过于责人。”企图通过学生运动获取名利的人，先生是不以为然的。而20年代以后的学生运动，正朝着这个方向行进，最后到了用别人的鲜血来染红自己的顶子的程度。先生的担忧是有道理的，可是很少有人能够静下心来咀嚼先生话里的深刻含意。
20年代以后，中国政局风云变幻，蔡元培先生永远地离开了北大，他知道自己已经无能为力。1940年3月5日，蔡元培先生病故于香港九龙，那是抗战最艰苦的岁月。在太平洋战争爆发前夕的孤岛上，千名北大弟子为老校长执郭。
死后的世界，更不是先生所能左右的。1949年之后，蔡元培的教育思想被束之高阁。五六十年代对教育领域的若干次批判，均对蔡元培的教育思想有所冲击。直到1989年，北大有关方面还将蔡元培教育思想看作煽动学潮的罪魁祸首，是“资产阶级自由化”思潮的重要表现，一时之间，在蔡元培为之耗尽心血的北京大学里，居然人人谈“蔡”色变。有人企图创造出一个彻底清除了蔡元培及其精神的“新北大”。这种蚂蚁撼树的“努力”，当然是不可能成功的。
而蔡元培仍然安息在遥远的南国，在香港仔的“华人永远坟场”。先生的墓依山而建，山青而水秀。
但是，学子们还是忘不了老校长。近年来，一直有将蔡元培墓迁回北大，让老校长安息在未名湖畔的建议。而北大校长办公室给一位居香港的校友复信称，学校领导对建议进行了研究，答复如下：“北大现在的校园为原燕京大学旧址，1952年全国高等院校调整后，北京大学由沙滩迁到这里。校园的重要部分已于1994年3月，由北京市政府列为文物保护区，该文物保护区必须保存现有格局，一切翻修和兴建事宜，皆需遵照文物保护法的有关规定，经批准以后，才得执行，学校方面无权动土。没有列入文物保护区的校园，如学生宿舍、食堂、文体活动中心等，楼间距离甚窄，声闹喧杂，又不是安排蔡先生墓的适当场所。”理由倒是冠冕堂皇。然而，校庆期间，北大在未名湖畔新建了好几个不伦不类的现代雕塑、树起了大量的广告牌，甚至还建造了巨大的、粉刷着宝洁公司广告的。供体育锻炼用的人工攀登岩。这一切行为做起来又那么顺理成章，似乎没有经过太多的手续，也没有受到文物部门的干涉。
偌大一个校园，偏偏容不下蔡元培先生的墓。这说明，北大已经离“北大”很远了。这也从反面衬托了先生的伟大——在他逝世半个多世纪以后，还有那么多人不敢直面他。文质彬彬的他依然令那么多有愧于北大、有愧于中国教育的人心惊胆战。
先生不回来也好，省得他回来看到那么多让他伤心的事情。
蔡元培先生依然是孤独的——什么时候他不孤独了，什么时候北大就有福了。