，而共军第一一五师由林彪率领，拊平型关敌军侧背。林彪的机动灵活战术与傅作义正面的主力防御，配合得很好，利用有利地形，设置埋伏，以待进犯之敌。二十五日早晨，一支日军辎重部队进入伏击圈，立遭痛击，被截断首尾。至翌日中午歼敌千余，并切断日军交通，有力支援了傅作义的正面反攻，使日军第二十一旅团陷入重围。九月三十日，因板垣大举增援，各部撤离战斗。这一仗可谓国共联合抗击日军的第一仗，也是最后一仗。
从平津、淞沪，到南京失陷，中国军民虽然牺牲惨重，但抗敌的英勇确实可歌可泣。一九三八年九月二十九日保卫武汉期间，毛泽东特别托周恩来给蒋介石一封亲笔函，向蒋“领导全民族进行空前伟大的革命战争”，表示崇仰。同时鼓励蒋“团结全民，巩固与扩大抗日战线，坚持持久战争，动员新生力量，克服困难，准备反攻”。信中一再强调团结，并提醒敌人破坏团结。他相信“国共两党之长期团结，必能支持长期战争，敌虽凶顽，终必失败”（全函见《蒋总统秘录》，页七十一），十分明显地表达了两党长期合作的愿望。
武汉失守后，抗战进入相持状态，蒋介石的注意力遂转移到共党问题上来。同时，仍在继续的、秘密进行的蒋日和谈，“共同防共”一直是日方必要条件之一。然则，对付共产党成为蒋介石的一石双鸟之策，既可满足除去心腹之患，又可展示对日和谈的诚意。一九三九年元月，在重庆召开的国民党五届五中全会上，内政的主要议题便是“整理党务”。蒋介石在会场上做了报告与讲话，呼吁“唤醒党魂”，目的是要国民党警惕各地共党竞起的“艰险”，以强化国民党，并于会中通过决议案，确定“防共、限共、溶共”方针，专门设置了“防共委员会”。为了强化党，大会又决议设置国防最高委员会，以蒋为委员长，独裁党政军大权。会议开过之后，遵从会议的精神，制定了一系列对付共产党的办法，诸如《共党问题处置办法》、《沦陷区防范共产党活动办法草案》、《第八路军在华北陕北之自由行动应如何处置》、《异党问题处理办法》等等。（见《国民党五届五中全会纪录》）抗战十五个月之后，国民党再度确定了反共方针，虽不似一九二七年清党之剧烈，但毛泽东所希望的长期团结与国共合作，自然是虚有其表了。
同年三月，蒋介石又设立了精神总动员会，自兼会长，制定《国民精神总动员纲领》，提倡“精神之改造”，其中所谓“分歧错杂之思想必须纠正”（见重庆《中央日报》一九三九年三月十二日），矛头显然指向中共及共产主义。五月，蒋亲自在重庆主持精神总动员誓师大会及游行。从表面上看，全国精神总动员为了抗日救国，然观其要人民“行大孝”、“尽大忠”，而以三民主义为名，行一人一党独裁之实，达到“军政军令及行政系统之统一”等等，则骨子里防共实甚于抗日。益知抗战战场上呈现退守局面后，蒋介石已将重心由抗日转向防共矣。
这一年的十一月下旬，周恩来在延安受伤，电请重庆航空委员会派飞机送莫斯科治疗，但航委会无机可派，结果延安请莫斯科派飞机来迎。蒋介石闻之甚怒，“责令航委会一定派机去接送，不许苏联机来迎”。（见唐纵《在蒋介石身边八年》，页一○三）航委会起初不肯派机，岂非秉承蒋的意志？及见“偷鸡不着将蚀把米”，乃大发脾气，责令派机，何前倨而后恭也？这件小事足见蒋氏心事之大。
小事之后，即有大事。同年年底，蒋介石就命令胡宗南东自黄河西至甘肃西峰，构筑堡垒群，犹如第五次围剿的工事，以包围陕甘宁边区，企图进取延安。朱德、彭德怀对蒋之军事准攻，做政治性的反击，通电全国，指责枪口对内。（电文见《国民参政会实录》上册，页七二四至七二五）一九四Ｏ年三月初，中共十八集团军（即八路军）参谋长叶剑英到重庆参加会议，报告国共摩擦事实的原因，但蒋介石听后，避而不答，“一字不提”。（见唐纵《在蒋介石身边八年》，页七一九至七二○）到四月间，蒋主持国民参政会一届五次会议，才由何应钦做军事报告，指责延安自组政府，擅设银行、发行纸币、扩充军队，造成割据，以为“严厉制裁”的依据。国共关系至此，自然日见恶化，山西、河南一带竟发生大规模冲突，中共乃发动政治攻势。蒋既无法决裂，最后只好命卫立煌与朱德在洛阳谈判。朱德提出共党合法化、保护《新华日报》、释放被捕中共人员、停止进攻共军等要求。这些要求合情合理，蒋虽不可能接受，然在政治上已使他甚感被动的压力。但他绝不罢休，命陈立夫拟具对策，约有三项：
第一、统一党内同志对共产党问题之认识，使共党无所施其挑拨离间之技。第二、建立军事政治根据地，以防范共党势力之蔓延，并进而逐渐缩小其占据区域（如鲁冀边区、陕北边区等）。第三、根绝共党在后方各省之活动。（唐纵《在蒋介石身边八年》，页一三四）
蒋介石按此方案，于一九四○年七月中旬提出“提示案”，亦做“防止案”，要点有四：其一，将陕甘宁边区改称陕北行政区，限十八个县，暂隶中央政府行政院管辖；其二，