暨广东省长职，仍任以陆军部长。令伍廷芳继任广东省长。寻即令诸军前进肇庆，直向三水。是晚陈炯明离广州，赴石龙，转赴惠州，其亲信部队悉退出广州，布防于石龙、虎门等处。蒋中正时为粤军第二军参谋长，建议北伐军宜留粤缓发，先清内患，再图中原。力主即时进攻石龙、惠州，消灭陈部，再行回师消灭在桂叶举等各部。先生以陈叛迹未彰，在桂粤军数年奋斗，犹欲保存，并主张亲自督师北伐，两广仍交陈办理，给以殊恩，当能感奋。且奉直战争方炽，不可失此良机。若按兵不动，则与拥兵自卫者何异？遂未纳。
这里明说蒋介石力主“即时进攻石龙、惠州，消灭陈部”，可见蓄谋之坚。当时孙中山“以陈叛迹未彰”，又专意不可先失北伐“良机”，所以反对“先清内患，再图中原”。蒋介石大不高兴，于四月二十三日“决计辞归”。他在这天还写了一封信于“轮次”，收件人是陈炯明，信中自承：
此次改道攻赣，以致内部纷纠至此，皆由中正一人隐忍贻误之咎。然当时以为反对过甚，竟无从中维持之策，故不能不顺从一时，以为权宜之变，万不料有今日之现象也。中正罪过，诚万死不能赎矣!(《蒋介石年谱初稿》页八十四至八十五)
这信在毛思诚《民国十五年以前之蒋介石先生》一书中被窜改，上面这些原文，全不见了。对照起《国父年谱》(增订本)中他“主张讨伐陈炯明”、“消灭陈部”的勇于内斗作风，这封信的写出，颇耐人寻味。蒋介石在信中后段说：“无论其结果如何，必致两败俱伤，否则败者自丧元气，徒坠令名，即胜者亦不免同室操戈，授人以残杀同志之口实，吾知其精神之痛苦，较诸败者更烈也。吾公如欲灭痕迹，免除内讧，其舍再出之外，尚有何妙法乎？”蒋介石怪陈炯明辞职不对，应该“再出”，但是陈炯明怎么“再出”呢？实际上，他是被孙中山免职了！
虽然陈炯明实际上被免职，表面上却是准他辞职的。孙中山复叶举等述准陈炯明辞职电文中却说“国家多事，非贤者高蹈之时”云云，并说：“文与竞存，始终动以至诚，而不肯稍参客气，以竞存生平大义，炳著中外，君子爱人以德，若操之过蹙，不任有回旋余地，殊非待士之道。”(《国父全集》第三册)漂亮的通电实不能掩盖重重的内幕。到了五月八日，问题来了。陈炯明的手下叶举等干脆要求恢复陈氏原职。孙中山六月一日回广州，同月十六日，发生了史册上所谓的“陈炯明叛变，炮轰观音山总统府，孙大总统广州蒙难”的事件。其实这个六一六事件是孙中山先于六月十二日，以“八英寸大炮毒气弹”相恐吓与威胁而引发的。(参阅陈定炎、高宗鲁《陈炯明联省自治的实行者》，载《传记文学》第三八一期，页一三○至一三一)孙中山称之为“叛变”，但陈炯明称之为“酿变”，胡适称之为“革命”，明言：“孙文与陈炯明的冲突是一种主张上的冲突！”(胡适《这一周》，载《努力周报》)陈炯明不相让，表示他对孙中山一直是服理不服人的。
不管如何，六一六事件导致孙中山与陈炯明公开的、全面的决裂，也给蒋介石制造了良机。蒋介石一开始就嫉恨陈炯明，现在变成了知道陈是坏人的“先知”，而且是由沪奔粤与孙中山共患难的“英雄”，并写了《孙大总统广州蒙难记》来宣传自己，并刻意恶化孙陈关系，经过一次又一次扭曲，蒋介石竟成为孙中山唯一的亲密战友，与孙共患难的惟一同志，为蒋介石是孙中山的唯一继承人造势。如董显光《蒋总统传》说到此事，有谓：
在这炮舰(永丰舰)上和国父相处的时日，划成蒋“总统”生涯的转折点。在过去十年间，他曾为革命做重要的、却不很显著的表演。国父在许久以前已重视这位青年属员的才干，但唯有在患难相处的时日中，更使国父自觉前次还未能充分认识这位矢忠而富有训练的军人所具的才能，与其所做实际的判断。从此以后，蒋“总统”在革命集团中的地位较从前远为重要。他以流星的速度而兴起，不仅使其自身成为中国的主要人物，并以其声誉遍于全球。(页四十九至五十)
不知历史就里的人，看了这段文字，脑中浮起的印象，自然是一幅蒋介石“间关赴难”“生死与共”的图画，图画中有名有姓的孙中山、蒋介石外，只有“敌人”陈炯明，至于其他人，显然都不足道矣!
《蒋总统传》中说“国父和他的亲信随从者在该炮舰上忍受了五十六日等于禁闭的痛苦”，所谓五十六日，事实上蒋介石是除外的。因为陈炯明“围攻总统府”是六月十六日，孙中山是十五日深夜三点逃走的，最后转登永丰舰。在永丰舰上和他共患难的，据黄惠龙《中山先生亲征录》，有胡毅生、林直勉、林树巍、陈策、熊秉坤、马伯麟、谢心准、杨虎、杨熙绩、周仲良、陈群、陈煊、马湘、黄惠龙。并且，“至十九日，派人秘密召集前守粤秀楼之卫士二十余人至舰，同任守卫。总理则命马湘往香港筹集军饷，余因令湘亲至海员联义社(此为革命海员团体之有最长历史者)，召集联义同志，潜来永丰。不数日，联义同志之报到者，有数十人，患难中有此两种老同志，共任保卫，殊觉可喜