国民政府明定重庆为永久陪都，重庆的政治地位空前提高。
随着国民政府迁都重庆，大量的工矿企业相继迁入重庆。据国民政府经济部1940年统计，内迁民营工厂共计448家，其中迁入重庆的有243家，占内迁厂数的54%。迁入工厂不仅数量多、门类较齐，而且规模大、设备先进、技术水平高。同时，兵工署第1、第2、第10、第21、第25、第30、第40、第50等工厂也相继迁入重庆，到1940年底，在兵工署直辖的17家兵工企业中，驻扎重庆的就有11家，重庆已成为战时中国的兵器工业中心。随着迁渝工厂的相继复工，重庆很快就建成了以兵工、机械、钢铁、煤炭、纺织、化工、电力等工业为主体的工业体系。加上新兴工厂的建立，重庆成了战时中国工业部门最齐全、工业种类最多、工业最大的惟一的综合性工业基地。此外，重庆的金融、商业、交通、文化教育和对外交往都得到了前所未有的发展，迅速成为战时中国的经济中心、文化中心和对外交往中心。战略地位的提高，使重庆开始成为日军轰炸的主要目标。
1938年2月18日，日机首次轰炸重庆市郊。10月4日，日机首次轰炸重庆市区。12月初，日本天皇发布命令，命令对中国内地实行战略轰炸，强调要“攻击敌战略及政略中枢”，“捕捉、消灭最高统帅和最高政治机关”，“坚决实施战略、政略航空战，挫败敌继续作战的意志”。十分明显，日军轰炸重庆的罪恶目的，就是要动摇中国政府的抗战决心，摧毁中国抗战的后方基地，最终迫使重庆国民政府屈膝投降。
从1938年2月到1943年8月，日本法西斯为摧毁中华民族的抗战意志，陆海军航空部队遵照天皇和最高本部指令，联合对当时中国的首都重庆进行“航空进攻作战”，开始了长达五年半惨绝人寰的轰炸，史称“重庆大轰炸”。五年多的时间里，日军总计实施轰炸218次，出动飞机9500余架次，投放了包括细菌弹在内的各类炸弹21593枚，炸死炸伤市民24万多人。这是世界战争史上，第一次有目的、有计划、有步骤的国家战事性质的战略轰炸，第一次依靠空军实施战略轰炸，第一次取消了前线与后方、交战人员与和平居民界线的“无区别轰炸”。重庆大轰炸历史之长、为害之烈、贻祸之深，世所罕见。
1938年12月26日，日军第六十、第九十八两个轰炸机队从汉口出发轰炸重庆，这是连续大轰炸重庆的开始。到1939年1月10日，通过三次试探性轰炸后，日军清楚地看出“重庆的防空态势尚未完备”，于是便开始大规模的轰炸。
1939年5月3日下午，日机20多架由东北方飞入市区，大量投掷重磅炸弹和燃烧弹，重庆最繁华的陕西路和商业场小什字一带的21条街中，有19条几乎被炸成废墟，房屋店铺熊熊燃烧，市民残缺的尸体到处都是。小什字岗亭的一个交通警正在指挥车辆，一颗炸弹落下，把他炸得粉身碎骨。太平桥下堆满了妇女儿童的尸首。中山公园的电杆上、树枝上挂着断肢残肉，楼亭残壁上溅满了斑斑血迹。长江沿岸二里长的贫民窟木板房，被炸起火，火借风势向南延烧。南区繁盛路一带落下无数枚燃烧弹，火舌吞噬着一个接一个的商店和民房，被炸断手炸破头的市民，在血泊火海中挣扎惨叫，令人目不忍视。
1939年5月4日下午5时左右，日机又来轰炸，而且比前一天的轰炸更为惨烈。从通远门到都邮街一带，许多高楼大厦变成瓦砾一堆，37家私人银行，有24家被毁，无数家铺面和民房烈焰冲天，烟尘蔽日。市民的伤亡惨重，从砖石堆中挖掘出来的死难同胞，有的头颅被压扁，有的四肢被炸断。晚上，重庆全市断水断电，在漆黑的夜幕下，除了受灾地区的火光烈焰以外，许多街巷的瓦砾堆边都闪烁着祭悼亡灵的香头烛光。<strike>ｈｔtｐ://rike>
在这两天的大轰炸中，重庆总计有1/3的房屋被毁，大火燃烧了整整三天，仅5月4日一次轰炸，死伤人数就达数千人。
1940年5月20日，日军70架飞机侵入重庆市上空，开始空前野蛮、大规模的轰炸，炸弹和燃烧弹雨点般地落下。霎时间，整个市区被黑烟烈焰所笼罩，成了一片火海。市内自来水设施遭到严重破坏，使救火工作无法进行。大火蔓延，连续烧了七八天。经过这次轰炸，半个山城被毁灭。这次轰炸后的第八天，日机又集中轰炸重庆的文教机构，北碚夏坝的复旦大学被炸，教务长孙寒冰等九名师生被炸死；沙坪坝的重庆大学中弹50余枚，大部分校舍被炸毁；法国人开办的直元堂圣母院及其附设的难民收容所也遭到轰炸，被炸死烧死的难民达100多人。
1940年8月19日，日军开始对重庆进行不间断的疲劳轰炸，力图在心理上摧垮中国人民的斗志。到月底，对重庆市区的轰炸就达37次之多，出动飞机2023架次，投下炸弹10021枚、计1405吨。