处报告了保安部门和部队整顿的情况。毛泽东听后指示：保安部队应受保安司令部统一指挥。在组建保安部队的同时，加强自卫军的建设，高岗亲自主持起草，经边区党委作出《关于改造赤卫军的决定》，指出将原来赤卫军改编为抗日自卫军。他还制定《陕甘宁边区抗日自卫军组织条例》，由边区政府和保安司令部联合发布命令，颁发了《条例》。条例明确规定，“抗日自卫军系边区内半军事性质的群众性抗日武装组织，同时是抗日的后备军。”配合保安部队或单独负责消灭汉奸、土匪，搜索零星土匪，捕捉侦探，担任警戒，设置盘查哨，侦察敌人，递送情报，进行抗战训练，战时担负有关军事工作。
自卫军组建以延安县为典型，5月间，举行了自卫军检阅，3000多名自卫军参加，高岗在检阅会上作了报告，宣布了《条例》和《决定》。
自卫军以班排连营建制，以营为最高单位。每个自卫军队员都自备一件武器。保安司令部给发一部分枪支等武器，到1938年底，参加自卫军的人数达22万之众。其中组建了3万人的模范自卫军和4万基干自卫军。全边区的村、乡、县都建立起自己的自卫军组织，并给前方部队和留守处部队输送了7000多名战士。之后，又组织起少先队28万人。参加自卫军和少先队的人数占全区总人口的四分之一，真正做到了全民皆兵，召之即来，来之能战。到抗战后的45年全区有3万人参军作战。
在大部队开赴前线的情况下，这支强大的地方人民武装力量，既是保卫边区安宁的主要支柱，又是我党独立自主、统一战线和巩固政权的基础，也是抗日武装力量的一个重要组成部分。
为了提高保安部队和自卫军的战斗力和政治素质，保安司令部加紧进行练兵习武，提出“任务重于生命，服从组织第一”的口号。采取官教兵、兵教官，互教互学的群众路线训练方法，经常整顿组织、政治教育和军事训练，不断提高军事素质和政治觉悟，加强了纪律性。在自卫军中重点培养了基干自卫军队，使之平时维持地方秩序，参加生产，战时配合部队打仗，有时完全脱产，随部队战斗，既是战斗队又是生产队。保安部队和这样一支强有力的地方“土八路”，经过整组训练，组织性、纪律性和战斗力不断提高，从抗战开始，到抗战胜利的艰苦岁月里，这支部队在配合主力部队，打击日寇，保卫边防，保卫河防，反击摩擦，保卫政权和剿匪肃特、维护地方治安等方面发挥了重大作用。保卫了大后方，支援了大前方。正如陈云说的“现在的陕甘宁边区，如果没有留守兵团和保安部队，我们也就不能在这里存在，早就被人家赶跑了。”他还说：边区的群众是有革命传统的，对党中央是全心全意拥护和支持的，有很高的政治觉悟和抗日热情。但是，“我们要注意群众的切身问题，帮助他们解决困难，这是发动群众的关键。”“群众切身利益解决不好，扩大军队就困难，甚至会影响军队的巩固。”
为了发展和巩固武装，在边区党代会和参议会上，高岗主持起草并拿到会上讨论通过了：关于根绝土匪、汉奸、扩大地方武装案、拥护八路军的决议，优待抗日军属案等法规文件，为发展和壮大武装部队提供了法规依据。
1942年5月中央军委决定在延安成立陕甘宁晋绥联防司令部，统一陕甘宁绥和晋西北两个区域的军队指挥。贺龙任司令员，高岗任副政委，代理政委(政委关向应养病)，徐向前任副司令兼参谋长，林枫任副政委。一二0师、留守兵团、晋西北新军、三五九旅、边区保安部、炮兵团等统归联司领导和指挥。保安部队编人正规部队，在边区的总兵力近4万人。6月又成立陕甘宁和晋西北两地区财政经济委员会，高岗任财委委员，主任林伯渠。中央规定联防司令部和财经委员会的职能：一、统一晋西北与陕甘宁绥两个区域的军事指挥和建设；二、统一两个区域的财政经济建设；三、统一两个区域的党政军民关系。
9月，陕甘宁边区军内着手精兵简政，统一军事指挥，中央军委决定八路军留守兵团和联防司令部合并，(对外只称留守兵团司令部)，由西北局统一领导。肖劲光任司令员，高岗任政治委员，张经武任副司令，方强任副政委，曹里怀任参谋长，莫文骅任政治部主任。毛泽东对留守兵团评价说：留守兵团在边区即抗日根据地发挥了重要作用。我们中央这些人“要靠留守兵团吃饭呐！”“鸟有窠，毛毛有摇篮，革命要有根据地。”他还对莫文骅说：“部队在边区，就要和高岗搞好关系。”
为了积蓄抗日反攻力量，留守兵团司令部管辖部队不断增加，1943年，中央军委调回边区有三五八旅、独立一旅、新四旅和抗大总校、七分校，部队人员新增加3.5万多人。10月，西北局、联防司令部召开高级将领和军事干部联席会议，毛泽东、朱德、高岗、林彪先后在会上作了报告。
1944年6月，又从前方调来教导一旅和教导二旅，统归联防司令部统一指挥。至1945年联防军发展到76000多人，成为边区强有力的部队。
陕甘宁晋绥地区部队实行统一指挥后，