的事传出后，根据地内上千户的群众不明真相，纷纷逃往白区。地主、富农、反革命分子乘机捣乱，根据地一天天地缩小。
就在陕北根据地面临空前危机之时，1935年10月19日，中央红军到达陕北吴起镇。10月21日，在吴起镇战役胜利结束之后，毛泽东会见了当地的干部和群众，了解到了陕北根据地的严重形势。毛泽东被“肃反”一事震怒了，立即下令“刀下留人”，“停止捕人”。他对反映情况的干部群众说：“我们刚刚到陕北，仅了解到一些情况，但我看到人民群众的政治觉悟很高，懂得许多革命道理，陕北红军的战斗力很强，苏维埃政权能巩固地坚持下来，我相信创造这块根据地的同志们是党的好干部，请大家放心，中央会处理好这个问题的”
为了尽快挽救陕北危局，毛泽东马上把国家政治保卫局的王首道、刘向三、贾拓夫等人找来，让他们组成调查组，带领一个连的士兵，携带一部电台，以最快的速度赶往瓦窑堡，代表党中央去接管戴季英控制的西北保卫局。毛泽东语重心长地对王首道等人说：“杀头不像割韭菜，韭菜割了还可以长起来，人头落地就长不拢了。如果我们杀错了人，杀了革命的同志，那就是犯罪的行为。大家要切记这一点，要慎重，要做好调查研究工作。”
调查组一行人赶到瓦窑堡，宣布了党中央的决定，由国家政治保卫局局长王首道代行西北政治保卫局局长职务。戴季英对他们的到来感到很突然，但是他仍然认为自己做得很对，理直气壮地搬出了许多卷宗，证明刘志丹等同志是货真价实的“右派”、“反革命”。调查组接受这些案卷后，按照毛泽东的指示，抓紧调查研究。
调查中，调查组发现，那些支持着刘志丹等人是所谓反革命的“口供”，极少部分是坏人故意捏造出来的，其余的都是戴季英等人通过刑讯逼供方式得到的假口供。大量事实证明刘志丹等人不是什么“右派”、“反革命”，而是一贯对革命忠贞不移，屡建奇功，经受了斗争考验的优秀共产党员。戴季英等人罗织的“罪状”，一条也不能成立。调查组质问戴季英：“如果刘志丹他们这批干部是‘反革命’，那么这块革命根据地是怎么建立和发展起来的？这里的对敌斗争是怎样坚持下来的？”
毛泽东听了王首道等人的汇报后指出：这次肃反事件是完全错误的，逮捕刘志丹完全是莫须有的诬陷，是机会主义疯狂病。戴季英不接受毛泽东对他的批评，为自己的行为狡辩，周恩来对此愤怒已极，指着他说：“像刘志丹这样的‘反革命’越多越好，像你这样的‘真革命’倒是一个没有才好！”
11月30日，为严明党纪，党中央决定处分负责肃反的戴季英、聂洪钧二人，撤销戴季英的领导职务，并给他以党内严重警告处分。
12月初，刘志丹等党、政、军领导干部100多人从牢里释放了出来，一个个又回到了各自的领导岗位。毛泽东、周恩来在瓦窑堡的窑洞里亲切地接见了刘志丹等人。
在这之后，刘志丹被任命为西北革命军事委员会副主任、北路军总指挥和二十八军军长。
与此同时，徐海东也向毛泽东汇报了鄂豫皖肃反的情况，说现在红二十五军中至今还有300多个同志蒙受冤枉。毛主席当即指示：“这些同志都跟着长征，一路吃了许多苦，为什么还当反革命？！”“要立刻给他们摘掉帽子。党员恢复党籍，团员恢复团籍。”他要徐海东代表他，去给这些人平反并进行安慰。
当徐海东向红二十五军300多个被冤枉的指战员宣布恢复他们的党团关系时，他们全都哭了，徐海东自己也流下了感动的泪水。广大红军指战员从这件事上又一次深深感受到：毛泽东是最实事求是的。如果不是毛泽东率领中央红军到来，受迫害的那些同志不知还要被冤枉多久！
一场乌云至此被驱散了，红军在陕甘边根据地的力量迅速增强。