开辟了无极、藁城抗日根据地，收复了白洋淀周围大片失地，打遍了整个冀中平原。1940年春，他又奉命打入深县南部。
深南地区南面是沧（州）石（家庄）公路，西面是平汉铁路，成为联结冀、晋、鲁、豫广大地区的枢纽，是日寇侵华战争的战略要地。原在此地区活动的八路军主力部队南下执行任务去了，驻此地区的日寇猖獗起来。可敌人万万没有想到，回民支队这支劲旅，以闪电之势，神不知鬼不觉地开到了深南地区。
一天早上7点钟，敌人发现衡水与安家村的电话线被掐断，估计康庄一带有八路军部队活动，派出100多日本鬼子和200多伪军，向康庄方向进行拉网“扫荡”。
敌人冲到距康庄200米远时，突然，鬼子的战马惨叫起来，纷纷四蹄腾空，乱蹦乱跳，倒在地上断了气儿。一看马肚子，不知被什么东西戳了一个血洞。鬼子目瞪口呆，惊慌失措，还没见到八路军人影，不少鬼子已被摔伤，或被惊马踩死，一下子乱了营。
这是马司令的计中计。他预先布置三中队4个班，上好刺刀，埋伏在交通沟里，敌人马队一过，便给马肚子来个刺刀见红。
马本斋趁敌人惊魂未定，把手一挥：“上！”军号声，喊杀声，响成一片。回民支队健儿们迅速将敌人团团围住。刀光闪闪，短兵相接，肉搏战才几个回合，敌人横七竖八地躺倒了一大片。100多鬼子，只有一个活着逃了出去。
1941年夏，回民支队奉命东进，再次回到子牙河两岸。他们有时出入于青纱帐里伏击敌人；有时又展开地道战、地雷战、破击战，出其不意地送鬼子回“老家”；有时则大摆迷魂阵、推磨阵、麻雀阵，搞得敌人晕头转向，到死都不知道是怎么死的。他们围景和，拿佛庄，打泊镇，攻大城，作战27次，再次歼敌500余人。敌人曾集结4000多人，对子牙河三角地带反复“扫荡”，回民支队战斗一个半月，把敌人弄得精疲力竭，最后不得不乖乖地撤回去。
日本联队长山本不服输，气急败坏地给马本斋写了恫吓信：“有你马本斋就没有我山本；有我山本就没有你马本斋……”马本斋针锋相对，回敬他一封信说：“有你山本就没我马本斋；有我马本斋，就没你山本……”
狡黠的敌人用武力不能战胜马本斋，便抓马本斋亲属作人质，逼降马本斋。他们派出一批批特务，到东辛庄侦察马本斋母亲及爱人、孩子的行踪。
1941年农历七月初五的早晨，东方初露曙光，日军和伪军500多人，从河间、献县、沙河镇出发，分三路包围了东辛庄。一部分群众来不及转移，被围在村里。敌人一进村，就直奔马本斋家，屋内空无一人。敌军把来不及转移的乡亲赶到清真寺里。然后通过汉奸传话，说是特来请马老太太进城，要大家说出马老太太在什么地方，“金票子大大的有”。乡亲们个个横眉冷对，缄口不言。
日本鬼子残忍地把一个一个乡亲拉出来拷问，当场拷问打死了3名群众。马老太太不顾个人安危生死，挺身而出，保护了群众。敌人将马老太太拉到河间城，威逼她写信给本斋劝降，马老太太严词痛斥日寇，后绝食7日而牺牲。
1942年初夏，日本鬼子对冀中地区进行疯狂的“五一”大扫荡。为了保存革命力量，马本斋带领回民支队跳出包围圈，奉命转移到范（县）观（城）濮（阳）地区，战斗在鲁西抗日根据地，配合山东根据地军民，取得了1943年夏季战役的重大胜利。这年秋天，回民支队又参加了冀鲁豫军区为粉碎敌人“蚕食”政策而发起的八公桥战斗。
马本斋带领回民支队，所向披靡，屡建奇功。不幸，1944年春天他脖子后面长毒疮，手术无效，病情恶化，随部队转移到山东莘县张鲁集，与世长辞了……
1944年3月17日，党中央在延安隆重召开马本斋烈士追悼会。陕甘宁边区政府主席林伯渠主持大会，叶剑英参谋长致悼词。
毛泽东主席挥笔疾书：
“马本斋同志不死！”
周恩来副主席郑重题词：
“民族英雄，吾党战士！”
朱德总司令挥泪撰挽联：
“壮志难移，回汉各族模范；大节不死，母子两代英雄。”
（北京军区政治部组稿刘贤齐撰写）